Dalyko pavadinimas

Mokslo kryptis kodas

Kamieninis padalinys

Šakinis padalinys (-iai)

Gyvūnų ekologinė fiziologija

Ekologija ir aplinkotyra N 012

Gyvybės mokslų centras

Biomokslų institutas

Dalyko apimtis kreditais

10

Studijų būdas

Kreditų skaičius

Studijų būdas

Kreditų skaičius

paskaitos

0

konsultacijos

1

individualus

9

seminarai

0

Kurso tikslai

Ugdyti individualaus darbo su moksline literatūra įgūdžius. Supažindinti su mokslinio tyrimo metodologija ir pagrindiniais ekologinės fiziologijos dėsningumais. Ugdyti įgūdžius kritiškai įvertinti ir sisteminti informaciją. Rengti savarankiškiems moksliniams tyrimams.

Pagrindinės temos

Įvadas į ekologinę fiziologiją, ryšys su ekologija, pagrindinės koncepcijos. Adaptacija. Maistas ir mityba. Metabolizmas Kūno dydžio reikšmė. Augimas, jo tipai. Izotopinė ekologija. Termoreguliacija. Vandens ir jonų apykaita, osmozės fiziologija. Temperatūra ir jos poveikis. Nervų sistema, hormonai ir cheminės kontrolės sistemos. Produkcijos koncepcija. Ribojančios maistmedžiagės ir ekologinė stechiometrija. Mikroevoliucijos komponentai: individualus kintamumas, paveldumas ir motininiai efektai. Gyvenimo ciklų evoliucija: teorija, analizė ir dėsningumai. Prisitaikymai vandens ir sausumos aplinkai.

Pagrindinė literatūra

• Karasov W.H., Martinez del Rio C., 2007. Physiological Ecology. Princeton University Press.
• Willmer P, Stone G., Johnston I., 2008. Environmental Physiology of Animals (2-nd edition). Blackwell Publishing.
• Roff D. A., 1992. The Evolution of Life Histories. Chapman and Hall.
• Mousseau T. A., Fox C. W. (eds), 1998. Maternal Effects as Adaptations. Oxford University Press.
• Sibly R.M., Brown J.H., Kodric-Brown A. (eds), 2012. Metabolic Ecology: A Scaling Approach. Wiley-Blackwell

Vertinimo strategija

Vertinimo kriterijai

Egzaminą sudaro mokslinis pranešimas ir egzamino testas. Abi egzamino dalys turi vienodą svorį galutiniam įvertinimui. Galutinis pažymys – dviejų egzamino dalių įvertinimų aritmetinis vidurkis.

Pranešimas parengiamas iš anksto suderinta tema remiantis moksliniais straipsniais ir kita moksline literatūra. Trukmė – iki 20 min, pateiktis  - PowerPoint formatas.

Egzaminą sudaro du atviro tipo klausimai. Vertinama dalyko sąvokų ir teorijų žinių gilumas ir tikslumas, sugebėjimas lyginti, kritiškai analizuoti ir paaiškinti.  Įvertinama pažymiu 10-balėje vertinimo sistemoje pateiktoje VU Studijų pasiekimų vertinimo tvarkoje.

Kęstutis Arbačiauskas

prof.

Patvirtinta Gyvybės mokslų centro Doktorantūros mokyklos Tarybos posėdyje 2021-10-14, protokolo Nr. (4.10)600000-KT-..

Tarybos pirmininkė dr. Daiva Baltriukienė

Dalyko pavadinimas

Mokslo kryptis kodas

Kamieninis padalinys

Šakinis padalinys (-iai)

Dumblių ekologija: fundamentiniai ir taikomieji aspektai

Ekologija ir aplinkotyra N 012

Gamtos tyrimų centras

Botanikos institutas

Dalyko apimtis kreditais

10

Studijų būdas

Kreditų skaičius

Studijų būdas

Kreditų skaičius

paskaitos

0

konsultacijos

2

individualus

8

seminarai

0

Kurso tikslai

Supažindinti doktorantus su dumblių ir melsvabakterių biologijos ir sistematikos pagrindais, ekologija ir dumblių pritaikymo biotechnologijoje galimybėmis.

Pagrindinės temos

Dumblių požymiai. Dumblių ir melsvabakterių ląstelės sandara, gyvenimo formos, gniužulo tipai, dauginimasis ir gyvenimo ciklai, mitybos būdai ir kt. biologijos ypatumai.

Dumblių sistematika. Sistematikos tikslai ir metodai, reikšmė, klasifikacinės sistemos, taksonominiai rangai, būdingi atstovai.

Dumblių ekologija. Dumbliai ir melsvabakterės įvairiose buveinėse, tyrimų metodai, dumblių ekologinės grupės, paplitimą lemiantys aplinkos veiksniai. Fitoplanktono ir fitobentoso įvairovė, funkcionavimo ypatumai skirtingos ekologinės būklės gėlavandenėse ir druskėto vandens ekosistemose, sezoninė ir daugiametė kaita, vaidmuo mitybos tinkluose. Indikatorinės dumblių rūšys, taikymas aplinkos monitoringe, svetimžemės rūšys. Vandens ,,žydėjimai“, toksinės rūšys, sintetinami toksinai, poveikis biotai, cianotoksinų normatyvai.

Pagrindinė literatūra

• Barsanti L., Gualtieri P. 2014. Algae: Anatomy, Biochemistry, and Biotechnology. – CRC Press, 361 p.
• Kostkevičienė J. 2009. Algologija. – Vilniaus Universiteto leidykla, 354 p.
• Meriluoto J., Spoof L., Codd G.A. (Eds.) 2018. Handbook of Cyanobacterial Monitoring and Cyanotoxin Analysis. – John Wiley & Sons, Ltd., 576 p.
• Reynolds C.S. 2006. The ecology of phytoplankton. – Cambridge University Press, 535 p.
• Richmond A., Hu Q. (Ed.) 2013. Handbook of microalgae culture: biotechnology and applied phycology. – Wiley-Blackwell, 736 p.
• Stevenson R.J., Bothwell M.L., Lowe R.L. 1996. Algae ecology. Freshwater benthic ecosystems. – Academic Press, 753 p.
• Lee R.E. 2008. Phycology. – Cambridge University press, 547 p.
• Jankavičiūtė G. 1996. Lietuvos vandenų vyraujantys dumbliai. – Mokslo ir enciklopedijų leidykla, 264 p.
• Kavaliauskienė J. 1997. Lietuvos ežerų dumbliai. – Geografijos institutas, 171 p.

Vertinimo strategija

Vertinimo kriterijai

Pranešimas arba referatas

Pranešimas, paruoštas pagal tris pateiktus klausimus.

Trukmė – iki 2 val., vertinama doktoranto žinios, gebėjimas atskleisti temą, atsakymai į klausimus, dalyvavimas diskusijoje, prezentacijos kokybė.

Referatas, kuriame yra nagrinėjami teoriniai problemos aspektai, apžvelgiami įvairių mokslininkų tyrimų rezultatai, susiję su analizuojama tema, pateikta kas pasiekta, ištirta nagrinėjamu klausimu.

Apimtis – 15–20 psl., apžvelgiama ne mažiau 10 naujausių mokslinių straipsnių. Vertinama gebėjimas atrinkti, susisteminti ir apibendrinti medžiagą, argumentuoti, analizuoti ir gretinti įvairiuose šaltiniuose pateikiamą informaciją.

Judita Koreivienė

Patvirtinta Gyvybės mokslų centro Doktorantūros mokyklos Tarybos posėdyje 2021-10-14, protokolo Nr. (4.10)600000-KT-..

Tarybos pirmininkė dr. Daiva Baltriukienė

Dalyko pavadinimas

Mokslo kryptis kodas

Kamieninis padalinys

Šakinis padalinys (-iai)

Ląstelių technologijos

Biochemija N004

Gyvybės mokslų centras

Biochemijos institutas

Dalyko apimtis kreditais

8

Studijų būdas

Kreditų skaičius

Studijų būdas

Kreditų skaičius

paskaitos

0

konsultacijos

0

individualus

8

seminarai

0

Dalyko anotacija

Kurso tikslai

pagilinti esamas ir įgyti naujų žinių apie šiuolaikinius žinduolių ląstelių savybių tyrimo metodus bei ląstelių funkcijų reguliavimo galimybes biomedicinos technologiniuose procesuose.

Pagrindinės temos

1. Žinduolių ląstelių kultūros paruošimas, gryninimas, charakterizavimas ir vaizdinimas.
2. Ląstelių linijos – pirminės ir pastovios.
3. Ląstelių transformacija ir imortalizacija.
4. Kamieninių ląstelių šaltiniai, žymenys, savybių tyrimai.
5. Embrioninių kamieninių ląstelių tyrimo ir panaudojimo aspektai.
6. Metodai indukuotų daugiagalių ląstelių gavimui.
7. Ląstelių adhezijos, migracijos/invazijos, proliferacijos ir diferenciacijos tyrimai.
8. Ląstelių naudojimas terapijai, audinių inžinerijos tikslams, vakcinų gamybai, vaistų atrankai.
9. 3D ląstelių kultūros.
10. Organoidai.
11. Ląstelių senėjimo proceso tyrimai.
12. Ląstelių žūties būdų analizė.
13. Ląstelių inkapsuliacija.
14. Dirbtinių ląstelių kūrimas.

Pagrindinė literatūra

• Gary S. Stein, Maria Borowski, Mai X. Luong, Meng-Jiao Shi, Kelly P. Smith, Priscilla Vazquez, and Priscilla Vazquez. Human Stem Cell Technology & Biology: A Research Guide and Laboratory Manual. Wiley-Blackwell 2011
• R. Ian Freshney. Culture of animal cells: A manual of basic technique and specialized applications. John Wiley & Sons. Inc. 2016
• Robert Lanza, Robert Langer, and Joseph P. Vacanti. Principles of Tissue Engineering. Elsevier Inc. 2014
• Robert Lanza and Anthony Atala. Essentials of stem cell biology. 3rd edition. Elsevier Inc. 2014
• Stefan Przyborski. Technology Platforms for 3D Cell Culture: A User`s Guide. John Wiley & Sons. Inc. 2017
• Ranjna C. Dutta and Aroop K. Dutta. 3D Cell Culture : Fundamentals and Applications in Tissue Engineering and Regenerative Medicine. Pan Stanford Publishing Pte. Ltd. 2018
• Paskutinių penkerių metų straipsniai žurnaluose Cell, Molecular cell, Tissue engineering, Parts A, B, & C

Vertinimo strategija

Vertinimo kriterijai

Seminaras 

Žodinis pranešimas pasirinkta tema, pranešimo trukmė 45-60 min.

Vertinamas pranešimo išsamumas, aiškumas, nuoseklumas, gebėjimas atsakyti į klausimus, kritinis mastymas ir bendrosios žinios.

Daiva Baltriukienė

dr.

Patvirtinta Gyvybės mokslų centro Doktorantūros mokyklos Tarybos posėdyje 2021-10-14, protokolo Nr. (4.10)600000-KT-...

Tarybos pirmininkė dr. Daiva Baltriukienė 

Dalyko

pavadinimas

Mokslo kryptis

kodas

Kamieninis padalinys

Šakinis padalinys (-iai)

Baltymų ir ląstelių biotechnologija

Biochemija N 004

Chemijos inžinerija T 005

Gyvybės mokslų centras

Biochemijos Institutas

Dalyko apimtis kreditais

8

Studijų būdas

Kreditų skaičius

Studijų būdas

Kreditų skaičius

paskaitos

0

konsultacijos

0,5

individualus

7,5

seminarai

0

Kurso tikslas

Įsisavinti moderniųjų biotechnologijų principus.

Pagrindinės temos

1. Metabolizmo kelių konstravimas genų inžinerijos pagalba prokariotuose ir žemesniuose eukariotuose.
2. Augalų metabolizmo kelių konstravimo genų inžinerijos pagalba ypatumai.
3. Metabolizmo kelių konstravimas genų inžinerijos pagalba gyvūnuose bei žmogaus organizme. Genų terapija.
4. Antibiotikų biosintezės kelių modifikavimas.
5. Hibridinių antibiotikų gamyba, panaudojant modifikuotus, jų sintezėje dalyvaujančius fermentus.
6. Baltymų inžinerija. Baltymų konstravimo in vitro principai. Naujų, gamtoje neaptinkamų baltymų kūrimas. Fermentų specifiškumo, termostabilumo ir kitų savybių keitimas norima linkme.
7. Abzimų – katalitinėmis savybėmis pasižyminčių antikūnių modeliavimas, inžinerija ir gamyba.
8. Vakcinų kūrimas baltymų bei ląstelių pagrindu.
9. DNR vakcinos. Kūrimo ir panaudojimo principai. Klinikinio panaudojimo perspektyvos.
10. Kombinatoriniai polipeptidų sintezės metodais. Panaudojimas rekombinantinių baltymų kūrimui.
11. Tikslingas daugiafunkcinių baltyminių kompleksų konstravimas ir pritaikymas.
12. Fermentų panaudojimas organinėje chemijoje.
13. Stereoselektyvios sintezė.
14. Nanotechnologijos biologinių objektų pagrindu ir jų panaudojimo galimybės.
15. Transgeninių organizmų konstravimo bei panaudojimo galimybės.

Pagrindinė literatūra

• E. Smith Biotechnology (5th edition). Cambridge University Press, 2009
• E. Heinzle, A. Biwer and C. Cooney Development of Sustainable Bioprocesses. John Wiley & Sons, Ltd. 2006.
• A. Illanes (Editor). Enzyme Biocatalysis. Principles and Applications. Springer Science + Business Media B.V. 2008.
• G. Walsh Pharmaceutical Biotechnology. Concepts and Applications. John Wiley & Sons Ltd 2007.
• Enzyme Catalysis in Organic Synthesis, 3rd Edition. Edited by K. Drauz, H. Groger, and O.May.VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 2012.
• Trends in Biotechnology; Current Opinion in Biotechnology, Biotechnology and Bioengineering

Vertinimo strategija

Vertinimo kriterijai

Rolandas Meškys

Prof.

Patvirtinta Gyvybės mokslų centro Doktorantūros mokyklos Tarybos posėdyje 2021-10-14, protokolo Nr. (4.10)600000-KT-...

Tarybos pirmininkė dr. Daiva Baltriukienė

Dalyko pavadinimas

Mokslo kryptis kodas

Kamieninis padalinys

Šakinis padalinys (-iai)

Baltymų ir DNR sąveikos mechanizmai

Biochemija N004

Gyvybės mokslų centras

Biotechnologijos Institutas

Dalyko apimtis kreditais

8

Studijų būdas

Kreditų skaičius

Studijų būdas

Kreditų skaičius

paskaitos

0

konsultacijos

0

individualus

8

seminarai

0

Dalyko anotacija

Kurso tikslai

Gilus supratimas apie baltymų ir nukleorūgščių kompleksų struktūras ir sąveikos mechanizmus.

Pagrindinės temos

Eksperimentiniai baltymų ir nukleorūgščių struktūros nustatymo metodai: rentgeno spindulių difrakcija, elektronų mikroskopija. Struktūrinių duomenų bankai. Struktūrinių duomenų vizualizacija. Praktinis molekulių vizualizacijos programų naudojimas. Baltymai, specifiškai sąveikaujantys su nukleorūgštimis. Baltymų ir DNR specifinės sąveikos determinantės: ką baltymas atpažįsta ("tiesioginis" ar "netiesioginis" atpažinimas). Baltymų ir DNR sąveikos kiekybinis aprašymas: sąveikos konstantos, jų nustatymo metodai, giminingumas sekai ir specifiškumas. Kiekybinis specifiškumo matas. Baltymų inžinerijos metodai ir jų taikymas specifiškumo pakeitimui. Biocheminiai metodai, taikomi baltymų ir DNR sąveikos tyrimui. Baltymai specifiškai sąveikaujantys su DNR. Fermentai, specifiškai sąveikaujantys su DNR.  Fermentų, karpančių fosfodiesterinį ryšį, struktūra ir katalizės mechanizmai. Baltymų, sąveikaujančių su nukleorūgštimis panaudojimas kryptingai genomų modifikacijai. Genomo redagavimo įrankiai. CRISPR-Cas9 genomų redagavimo technologija.

Pagrindinė literatūra

• Protein-Nucleic Acid Interactions: Structural Biology. Editors: Phoebe A Rice, Carl C Correll. RCS Publishing; Cambridge, 2008, ISBN: 978-0-85404-272-2; https://pubs.rsc.org/en/content/ebook/978-0-85404-272-2
• Rohs R, Jin X, West SM, Joshi R, Honig B, Mann RS. Origins of specificity in protein-DNA recognition. Annual Rev Biochem 2010; 79:233-69. https://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev-biochem-060408-091030?url_ver=Z39.88-2003&rfr_id=ori%3Arid%3Acrossref.org&rfr_dat=cr_pub++0pubmed
• Yang, W. Nucleases: diversity of structure, function and mechanism. Q Rev Biophys.  2011; 44(1):1- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6320257/93.
• Jiang F, Doudna JA. CRISPR-Cas9 Structures and Mechanisms. Annu Rev Biophys. 2017 May 22;46:505-529. doi: 10.1146/annurev-biophys-062215-010822. https://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev-biophys-062215-010822

Vertinimo strategija

Vertinimo kriterijai

Seminaras 

Seminaro trukmė 45-60 min, seminaro metu aptartų mokslinių straipsnių skaičius >10.

Virginijus Šikšnys

Prof.

dr.

Patvirtinta Gyvybės mokslų centro Doktorantūros mokyklos Tarybos posėdyje 2021-10-14, protokolo Nr. (4.10)600000-KT-...

Tarybos pirmininkė dr. Daiva Baltriukienė 

Dalyko pavadinimas

Mokslo kryptis kodas

Kamieninis padalinys

Šakinis padalinys (-iai)

Populiacijų dinamika

Ekologija ir aplinkotyra N012

Gyvybės mokslų centras

Biomokslų Institutas

Dalyko apimtis kreditais

10

Studijų būdas

Kreditų skaičius

Studijų būdas

Kreditų skaičius

paskaitos

0

konsultacijos

1,5

individualus

8,5

seminarai

0

Kurso tikslai

• Teorinių populiacijų dinamikos koncepcijų taikymas sprendžiant konkrečius mokslinio tyrimo uždavinius;
• Gebėjimas atlikti ištirtumo analizę užduota tema ir pateikti apibendrinimą;
• Gebėjimas pristatyti apibendrinimo rezultatus specialistų auditorijai.

Pagrindinės temos

Populiacijos kaip sistemos samprata. Modelių reikšmė populiacijų ekologijoje. Modeliavimo strategija. Deterministiniai ir stochastiniai modeliai. Modelių kintamųjų įverčių problemos. Diskrečios ir tolydžios populiacijos. Eksponentinis ir logistinis populiacijų dinamikos modeliai ir jų prielaidos. Grynasis reprodukcijos greitis, vidinis populiacijos prieaugio greitis, baigtinis populiacijos prieaugio greitis. Nuo tankumo nepriklausoma ir priklausoma populiacijų dinamika. Inversinė priklausomybė nuo tankumo, Allee efektas. Populiacijų dinamikos demografinė, erdvinė ir aplinkos variacija. Populiacijų dinamikos parametrų ir modelių neapibrėžtumo problema, jų jautrumo analizė. Eksploatacijos įtaka populiacijų dinamikai. Erdvinė populiacijų struktūra. Erdvinio individų pasiskirstymo testai ir skalės problema. Metapopuliacijos ir jų dinamikos modelis, jo prielaidos. Demografinė populiacijų struktūra, jos įtaka populiacijų dinamikai. Populiacijų stacionarumas ir jo prielaidos. Demografinės lentelės ir iš jų apskaičiuojami demografiniai parametrai. Amžiaus specifinė ir kumuliatyvinė išgyvenimo tikimybės. Išgyvenimo kreivės. Populiacijos matrica ir populiacijos vektorius. Leslio modelis populiacijų dinamikoje. Leslio modelio generavimas panaudojant demografines lenteles. Populiacijų gausumo ciklai, cikliškos ir necikliškos populiacijos. Gausumo ciklų teorijos. Populiacijų reguliacija ir savireguliacija. K- ir r-startegų populiacijų reguliacija. Populiacijų tarpusavio sąveika bendrijose. Plėšrūno-aukos modelis. Populiacijų gyvybingumo analizė (PVA). Faktinis, efektyvusis ir kritinis populiacijos dydis. Efektyvųjį populiacijos dydį įtakojantys veiksniai.

Pagrindinė literatūra

• On-line Lecture Course “Quantitative Population Ecology” http://alexei.nfshost.com/PopEcol/popecol.html
• Russell Lande, Steinar Engen, and Bernt-Erik Saether. 2003. Stochastic Population Dynamics in Ecology and Conservation. Published to Oxford Scholarship Online: April 2010. DOI:10.1093/acprof:oso/9780198525257.001.0001
• Akcakaya RH, Burgman MA, Ginzburg LR. 1999. Applied population ecology. Principles and computer exercises using RAMAS Ecolab 2.0. Second edition. Setauket, New York: Applied Biomathematics.
• Moksliniai straipsniai pranešimo vertinimo seminare tema.

Vertinimo strategija

Vertinimo kriterijai

Seminaras

Doktorantas pristato 20-30 minučių trukmės pranešimą iš anksto suderinta tema. Vertinama:

• Teorinė pranešimo dalis (pranešime aptariamų rūšių populiacijų dinamikos teorinės koncepcijos) (įverčio svoris – 0,4);
• Ištirtumo apibendrinimas (mokslinių publikacijų pranešimo tema apžvalga, gali būti pristatomas ir doktoranto įdirbis) (įverčio svoris – 0,5);
• Doktoranto atsakymai į seminaro dalyvių klausimus (įverčio svoris – 0,1). 

Alius Ulevičius

Patvirtinta Gyvybės mokslų centro Doktorantūros mokyklos Tarybos posėdyje 2021-10-14, protokolo Nr. (4.10)600000-KT-..

Tarybos pirmininkė dr. Daiva Baltriukienė