Taryba – kolegialus Centro savivaldos organas, sudaromas ketveriems metams.
Direktorius – atsako už vadovavimą Centrui bei už Centro veiklos plano įgyvendinimą, renkamas penkeriems metams
Akademiniai padaliniai:
Institutai – šakiniai akademiniai padaliniai, turintys administracinio padalinio teises:
Sui Generis padalinys:
Neakademiniai padaliniai:
VU GMC taip pat yra:
VU GMC valdo Vilniaus universiteto Technologinio verslo inkubatorių - novatorišką darbo vietą, skirtą mažoms ar vidutinėms įmonėms ir įsikūrusią šalia pagrindinio GMC pastato.