Struktūrų lyginimas ir analizė
- CAD-score – baltymų, nukleorūgščių ir jų kompleksų struktūrų bei saveikos paviršių lyginimas
- GTalign – aukšto našumo biologinių makromolekulių struktūrų ir jų kompleksų paieška ir lyginimas
- PPI3D – baltymų-baltymų, baltymų-peptidų ir baltymų-nukleorūgščių sąveikų paieška, analizė ir modeliavimas trimačių struktūrų lygmenyje
- VoroContacts – interaktyvus įrankis, skirtas analizuoti tarpatominius kontaktus makromolekulių struktūrose
- VoroMQA – baltymų 3D struktūrų kokybės vertinimas naudojant tarpatominių kontaktų plotus
- Voronota – greitas ir patikimas programinis įrankis makromolekulių 3D struktūroms analizuoti naudojant Voronojaus diagramą
- VoroIF-GNN – programinis įrankis saveikos paviršių tikslumui baltymų kompleksų struktūrose vertinti
- FTDMP – programinė įranga, skirta makromolekulių struktūrų dokinimui bei multimerinių modelių vertinimui/reitingavimui
Baltymų sekų paieška ir analizė
- COMER serveris – jautri baltymų homologijos paieška ir analizė, paremta sekų profilių lyginimu
- COMER2 – tiksli ir greita tolimų homologijos ryšių tarp baltymų paieškos programa
- PDEXK – metodas naujoms PD-(D/E)XK baltymų šeimoms nustatyti (serveris nebepalaikomas, bet programos kodas yra prieinamas)
- TemStaPro – baltymų termostabilumo prognozavimas iš jų sekų, naudojant baltymų kalbų modelius