Baltymų ir DNR sąveikos mechanizmai

Dalyko pavadinimas

Mokslo kryptis kodas

Kamieninis padalinys

Šakinis padalinys (-iai)

Baltymų ir DNR sąveikos mechanizmai

Biochemija N004

Gyvybės mokslų centras

Biotechnologijos Institutas

Dalyko apimtis kreditais

8

Studijų būdas

Kreditų skaičius

Studijų būdas

Kreditų skaičius

paskaitos

0

konsultacijos

0

individualus

8

seminarai

0

Dalyko anotacija

Kurso tikslai

Gilus supratimas apie baltymų ir nukleorūgščių kompleksų struktūras ir sąveikos mechanizmus.

Pagrindinės temos

Eksperimentiniai baltymų ir nukleorūgščių struktūros nustatymo metodai: rentgeno spindulių difrakcija, elektronų mikroskopija. Struktūrinių duomenų bankai. Struktūrinių duomenų vizualizacija. Praktinis molekulių vizualizacijos programų naudojimas. Baltymai, specifiškai sąveikaujantys su nukleorūgštimis. Baltymų ir DNR specifinės sąveikos determinantės: ką baltymas atpažįsta ("tiesioginis" ar "netiesioginis" atpažinimas). Baltymų ir DNR sąveikos kiekybinis aprašymas: sąveikos konstantos, jų nustatymo metodai, giminingumas sekai ir specifiškumas. Kiekybinis specifiškumo matas. Baltymų inžinerijos metodai ir jų taikymas specifiškumo pakeitimui. Biocheminiai metodai, taikomi baltymų ir DNR sąveikos tyrimui. Baltymai specifiškai sąveikaujantys su DNR. Fermentai, specifiškai sąveikaujantys su DNR.  Fermentų, karpančių fosfodiesterinį ryšį, struktūra ir katalizės mechanizmai. Baltymų, sąveikaujančių su nukleorūgštimis panaudojimas kryptingai genomų modifikacijai. Genomo redagavimo įrankiai. CRISPR-Cas9 genomų redagavimo technologija.

Pagrindinė literatūra

• Protein-Nucleic Acid Interactions: Structural Biology. Editors: Phoebe A Rice, Carl C Correll. RCS Publishing; Cambridge, 2008, ISBN: 978-0-85404-272-2; https://pubs.rsc.org/en/content/ebook/978-0-85404-272-2
• Rohs R, Jin X, West SM, Joshi R, Honig B, Mann RS. Origins of specificity in protein-DNA recognition. Annual Rev Biochem 2010; 79:233-69. https://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev-biochem-060408-091030?url_ver=Z39.88-2003&rfr_id=ori%3Arid%3Acrossref.org&rfr_dat=cr_pub++0pubmed
• Yang, W. Nucleases: diversity of structure, function and mechanism. Q Rev Biophys.  2011; 44(1):1- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6320257/93.
• Jiang F, Doudna JA. CRISPR-Cas9 Structures and Mechanisms. Annu Rev Biophys. 2017 May 22;46:505-529. doi: 10.1146/annurev-biophys-062215-010822. https://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev-biophys-062215-010822

Vertinimo strategija

Vertinimo kriterijai

Seminaras 

Seminaro trukmė 45-60 min, seminaro metu aptartų mokslinių straipsnių skaičius >10.

Virginijus Šikšnys

Prof.

dr.

Patvirtinta Gyvybės mokslų centro Doktorantūros mokyklos Tarybos posėdyje 2021-10-14, protokolo Nr. (4.10)600000-KT-...

Tarybos pirmininkė dr. Daiva Baltriukienė