Baltymų struktūrinė bioinformatika

Dalyko

pavadinimas

Mokslo kryptis

kodas

Kamieninis padalinys

Šakinis padalinys (-iai)

Baltymų struktūrinė bioinformatika

Biochemija N 004

Biologija N010

Informatika N009

Gyvybės mokslų centras

Biotechnologijos Institutas

Dalyko apimtis kreditais

8

Studijų būdas

Kreditų skaičius

Studijų būdas

Kreditų skaičius

paskaitos

0

konsultacijos

0

individualus

8

seminarai

0

Kurso tikslai

Pagilinti esamas ir įgyti naujų žinių apie kompiuterinių metodų taikymą baltymų sekų, struktūrų, sąveikų ir funkcijos analizei bei struktūros ir funkcijos prognozavimui.

Pagrindinės temos

Pagrindiniai biologinių sekų ir struktūrų duomenų bankai; eksperimentinių erdvinių struktūrų duomenų bazė – PDB; aminorūgščių tarpusavio panašumo samprata; baltymų homologijos samprata; giminingų baltymų paieška; informacijos apie baltymų sekų šeimą apibendrinimas naudojant sekų profilius ir paslėptus Markovo modelius; antrinė ir tretinė baltymų struktūros; baltymo sekos - erdvinės struktūros - biologinės funkcijos sąryšio tyrimai pasitelkiant kompiuterinius metodus; baltymų tarpusavio sąveikos ir jų kompleksai; baltymų ir jų kompleksų struktūrų prognozavimas kompiuteriniais metodais; struktūrinių modelių tikslumo prognozavimas.

Pagrindinė literatūra

• Structural bioinformatics/edited by Jenny Gu, Philip E. Bourne. (2nd ed., p. xxvi). (2009). Hoboken [N.J.] : Wiley-Blackwell, c2009.
• A.Lesk. Introduction to Bioinformatics, 4th editition // Oxford University Press, 2014, ISBN-13 978-0199651566.
• Understanding bioinformatics / Marketa Zvelebil & Jeremy O. Baum (2007) Garland Science, ISBN 9780815340249.
• Homology modeling : methods and protocols / edited by Andrew J.W. Orry, Ruben Abagyan. Volume 857, 2012 // Humana Press, ISBN: 978-1-61779-587-9 (Print) 978-1-61779-588-6 (Online).
• State-of-the-art web services for de novo protein structure prediction, Briefings in Bioinformatics, 2020; https://doi.org/10.1093/bib/bbaa139
• Naujausių bioinformatikos metodų straipsniai (nuolatos atnaujinamas sąrašas).

Vertinimo strategija

Vertinimo kriterijai

Pateikiama praktinė užduotis, kurią reikia atlikti ir aprašyti jos atlikimą prieš egzaminą. Egzamino metu užduoties atlikimo rezultatai pristatomi komisijai

Praktinei užduočiai atlikti skiriamas laikas nėra griežtai fiksuotas (iki kelių mėnesių). Užduoties atlikimas vertinamas pagal pateiktą aprašymą ir pristatymą egzamino metu. Vertinama pagal tai, ar panaudoti metodai yra tinkami ir pakankami užduočiai atlikti, ar doktorantas gali pagrįsti vienų ar kitų metodų panaudojimo tikslingumą, ar supranta ir gali paaiškinti pagrindinius naudotų metodų veikimo principus, ar sugeba padaryti išvadas, kurios atitiktų gautus rezultatus.

Česlovas Venclovas

Albetas Timinskas

Dr.

Dr.

Patvirtinta Gyvybės mokslų centro Doktorantūros mokyklos Tarybos posėdyje 2021-10-14, protokolo Nr. (4.10)600000-KT-...

Tarybos pirmininkė dr. Daiva Baltriukienė