Mikrobiologijos ir biotechnologijos katedra

Eukariotų molekulinės mikrobiologijos laboratorija

Grupės vadovės

Prof. Eglė Lastauskienė

Prof. Renata Gudiukaitė

Grupės nariai

Doc. dr. Audrius Gegeckas

Asist. dr. Vilius Malūnavičius

Asist. dr. Kotryna Čekuolytė

Dr. Greta Gyraitė

Justina Versockienė

Doktorantai

Gintarė Jakštienė

Veronika Mažrimaitė

Ieva Lenkaitė

Gvidas Katauskas

Justinas Kavoliūnas

Klaudijus Melys

Neda Jonutytė-Trembo

Lina Gegeckienė

Aivaras Vilutis

Antanas Padaiga

Alena Koida

 

Tyrimų kryptys

Mūsų laboratorijoje vykdomi šių krypčių moksliniai tyrimai:

• Priešmikrobinių junginių ir priemonių paieška ir jų potencialo įvertinimas
• Mikrogravitacijos poveikio mikroorganizmų fiziologijai tyrimai
• Mikroorganizmų populiacijų skirtingose aplinkose tyrimai
• Mielių prionų tyrimai
• Mikrobinių fermentų inžinerija: fenotipo-genotipo tyrimai, naujų biokatalizatorių kūrimas ir pritaikymas
• Naujų poliesterius hidrolizuojančių biokatalizatorių paieška;
• Mikroorganizmų ir/ar jų sintetinamų fermentų pritaikymas biogeotechnologijų sektoriuje
• Archėjinių mikroorganizmų kultivavimas ir pritaikymas
• Dirvožemio mikroorganizmų populiacijos, dirvožemio-augalų-mikroorganizmų santykis ir funkcijos.

Priešmikrobinių junginių ir priemonių paieška ir jų potencialo įvertinimas; Mikrogravitacijos poveikio mikroorganizmų fiziologijai tyrimai

Nuo 2015 metų yra dirbama impulsinio elektrinio lauko (PEF) pritaikymo mikroorganizmų biokontrolėje tematika. PEF yra sėkmingai taikomas tokiose srityse kaip: elektrotransformacija, elektrochemoterapija, skysčių ir aplinkos sterilinimas. Mūsų laboratorijoje sėkmingai optimizuoti elektroporacijos parametrai, kurie įgalina efektyvią G+, G- bakterijų, bei eukariotinių mikroorganizmų biokontrolę. Siekiant kuo efektyvesnio rezultato elektroporacija derinama su skirtingais cheminiais junginiais ir tai leidžia sukurti ilgalaikį mikroorganizmų eliminavimo efektą. Tiriant mikrogravitacijos poveikį mikroorganizmams buvo izoliuotas super-atsparumu priešgrybeliniams junginiams pasižymintis Candida albicans kamienas. Tai paskatino mikrogravitacijos poveikio mikroorganizmų fiziologijai tyrimus.

Mikroorganizmų populiacijų skirtingose aplinkose tyrimai

Tiriant mikroorganizmų populiacijas įvairiose aplinkose, siekiama suprasti, kaip šios populiacijos prisitaiko prie aplinkos ir sąveikauja su ja. Šioje srityje mes analizuojame mikroorganizmų įvairovę, ekologinius vaidmenis ir veiksnius, turinčius įtakos mikrobų bendruomenių sudėčiai ir dinamikai tiek natūraliose, tiek antropogeninėse ekosistemose. Laboratorijoje analizuojamos mikroorganizmų bendrijos tokiose aplinkose kaip dirvožemis, vanduo, sedimentai, nuotekos po biologinio valymo bei savartynai. Ššie tyrimai suteikia informacijos apie mikroorganizmų vaidmenį globaliuose procesuose, o žinios gali būti panaudotos siekiant ekologinio tvarumo.

Be aplinkos tyrimų, metagenominiai tyrimai sulaukia didelio dėmesio medicinos tyrimų srityje. Metagenomika apima tiesioginę genetinės medžiagos iš aplinkos mėginių analizę, suteikiančią gilių įžvalgų apie žmogaus mikrobiomą ir jo poveikį sveikatai bei ligoms. Tiriant mikrobų populiacijas su žmonėmis susijusioje aplinkoje, metagenominiai tyrimai atskleidžia sudėtingą mikrobų ir jų šeimininkų sąveiką, atverdami naujus kelius personalizuotai medicinai ir novatoriškiems gydymo metodams.

Mielių prionų tyrimai

Prionai - tai pakitusios konformacijos baltymai, kurie formuoja baltyminius agregatus – amiloidus ir aukštesniuosiuose žinduoliuose gali būti neurodegeneracinių ligų priežastimis. Mielių prionai yra puiki modelinė sistema amiloidų formavimo, dezintegravimo ir plitimo tyrimams. Mūsų tyrimo grupė aktyviai dirba analizuodama PEF ir skirtingų cheminių junginių poveikį prionų eliminavimui bei prioninių amoloidų struktūrai.

Mikrobinių fermentų inžinerija

Kitas svarbus laboratorijos tyrimų objektas – bakterijų sintetinami fermentai, kurie yra ekologiškesnė alternatyva chemijos pramonei. Mokslinės grupės vykdomų tyrimų metu siekiama atrasti, pagerinti ar sukurti naujus bakterinius fermentus (lipazės, esterazės, kutinazės, keratinazės, ureazės ir kt.), kurie būtų pritaikomi įvairiuose aktualiuose pramonės sektoriuose. Šių biokatalizatorių tobulinimui bei fundamentiniams fenotipo-genotipo tyrimams taikoma atsitiktinė ir specifinė mutagenezės, homologinei ir nehomologinei rekombinacijai skirti baltymų inžinerijos metodai (DNR maišymas, SHIPREC ir kt.), kuriami sulieti fermentai. Laboratorijoje tiriamas natyvių bei rekombinantinių mikrobinių lipolizinių fermentų taikymas biokuro, kvapiųjų esterių gamybai, peptidazių pritaikymas plunksnų degradacijai, peptidų produkcijai.

Publikacijos iliustruojančios mūsų darbus šia tema:

https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2023.127656

https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2023.128331

https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2018.03.046

https://doi.org/10.1007/s10295-017-1905-4

 

Naujų poliesterius hidrolizuojančių biokatalizatorių paieška

Pastaraisiais metais daug dėmesio skiriama tyrimams, skirtiems kovoti su pasauline plastiko tarša. Mikrobinių lipazių, kutinazių, karboksilesterazių, polietileno tereftalazių pagrindu siekiame sukurti fermentinius įrankius poliesterinių plastikų (polikaprolaktonai, pulibutilsukcinatas, polilaktinė rūgštis, polietileno tereftalatas) hidrolizei. Dirbame tiek su natyviais, tiek su rekombinantiniais mikroorganizmų fermentais.

Publikacijos iliustruojančios mūsų darbus šia tema:

https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2023.127656

Mikroorganizmų ir/ar jų sintetinamų fermentų pritaikymas biogeotechnologijų sektoriuje

Mūsų darbo grupė taip pat tiria mikroorganizmų pritaikymą biogeoteochnologijose. Šiame sektoriuje mikroorganizmai yra svarbūs biocementacijose (dar kitaip vadinama mikroorganizmų indukuota kalcio karbonato precipitacija), kuri siejama su tvirtesnių konstrukcijų kūrimu, dirvos erozijos mažinimu. Mūsų laboratorijoje ieškoma mikroorganizmų, kuriuos būtų galima taikyti biocementacijos procesuose, bendradarbiaujant su VU GMC BChI mokslininkais analizuojama biokristalizacijos dinamika, taip pat atliekami mažos skalės biokonsolidacijos (smėlio sutvirtinimo) eksperimentai.

Publikacijos iliustruojančios mūsų darbus šia tema:

https://doi.org/10.1016/j.envres.2023.116588

Archėjinių mikroorganizmų kultivavimas ir pritaikymas

Viena naujausių mūsų vykdomų tyrimų krypčių – archėjinių mikroorganizmų kultivavimo optimizavimas. Siekiame surasti ekonomiškai patraukliausias sąlygas archėjų Halobacterium salinarum kultivavimui. Vystome tyrimus, susijusius su šių mikroorganizmų sintetinamų pigmentų gamyba bei pramoninio pritaikymo galimybėmis.

Dirvožemio mikroorganizmų populiacijos, dirvožemio-augalų-mikroorganizmų santykis ir funkcijos

Pastaraisiais metais visame pasaulyje fiksuojamas dirvožemio derlingumo mažėjimas. Dirvožemio degradacija visų pirma vyksta dėl tiesioginio žmonių įsikišimo: žemės dirbimo, cheminių trąšų ir pesticidų naudojimo, kitos socialinės ir ūkinės veiklos. Pagrindiniai dirvožemio derlingumą mažinantys veiksniai - globalinė  klimato  kaita,  temperatūros  kilimas,  besikeičiantis  dirvos drėgnis, spartus augalo vystymuisi prieinamų organinių ir mineralinių medžiagų mažėjimas. Visi šie abiotiniai veiksniai daro didžiulę įtaką grūdinių augalų augimui ir derėjimui. Pati svarbiausia sveiko, derlingo ir našaus dirvožemio grandis – mikroorganizmai, kurie yra būtini maistinių medžiagų ciklui ir derlingumui palaikyti. Dirvožemyje esantys įvairūs mikroorganizmai bendradarbiauja su augalais ir sudaro asociatyvius ryšius. Esantys augalų šaknų zonoje mikroorganizmai kaupia atmosferos azotą, skatina augalų šaknis pasisavinti kuo daugiau makro bei mikroelementų, išskiria biologiškai aktyvias medžiagas, tačiau nualintuose dirvožemiuose dėl sumažėjusio mikroorganizmų gyvybingumo asociatyvūs ryšiai su augalais nutrūksta. Vykdomi tyrimai siekiant įvertinti dirvožemio mikroorganizmų populiacijas ir jų funkcionalumo įtaką augalų vegetaciniams procesams.

Projektai

Lietuvos mokslo tarybos finansuojamas konkursinės doktorantūros projektas “Vibrio Baltijos jūros ir tranziciniuose vandenyse bei sedimentuose: virulentiškumas, antimikrobinis atsparumas, paplitimas mikroorganizmų bendrijose”, S-PD-22-80, projekto vadovė prof. E. Lastauskienė, vykdytoja dr. Greta Gyraitė (2012-2024). 

Priemonės Nr. 01.2.2-MITA-K-702 „MTEP rezultatų komercinimo ir tarptautiškumo skatinimas“ (EUREKA) projektas „Nanosidabro ir grafeno oksido rašalai“, Nr. 01.2.2-MITA-K-702-12-0002. Projekto vadovė prof. E. Lastauskienė (2021-2022).

ES struktūrinių fondų lėšomis finansuojamos priemonės Nr. 01.2.2-CPVA-K-703 „Kompetencijos centrų ir inovacijų ir technologijų perdavimo centrų veiklos skatinimas“ projektas „Naujos kartos industrinių fermentų inžinerijos centras (TVIRTAS)“, Nr. 01.2.2-CPVA-K-703-03-0023. Projekto vykdytojai prof. E. Lastauskienė, doc. dr. R. Gudiukaitė, dokt. V. Malūnavičius (2020-2023).

Nacionalinės mokslo programos ,,Agro-, miško ir vandens ekosistemų tvarumas“  projektas „Intensyvios žuvininkystės poveikis vandens telkinių mikrobiomui ir rezistomui“ Nr. P-SIT-20-6. Projekto vadovas: prof. M. Ružauskas. VU projekto dalies vadovė: prof. E. Lastauskienė (2020-2021).

Lietuvos mokslo tarybos finansuojamas konkursinės doktorantūros projektas „Geobacillus sp. bakterijų sintetinamų sidabro nanodalelių veikimo mechanizmo tyrimas ir jų panaudojimas žmogaus patogeninės odos mikrobiotos biokontrolei“, Nr. KD-19142. Projekto vadovė prof. E. Lastauskienė, vykdytoja dokt. K. Čekuolytė (2019-2023).

Vilniaus universiteto Mokslo skatinimo fondo projektas “Naujų pramonei patrauklių biokatalizatorių kūrimas ir efektyvesnių baltymų inžinerijos metodų vystymas”, Nr. MSF-JM-1. Projekto vadovė dr. R. Gudiukaitė, vykdytojai dr. R. Gudiukaitė, dokt. V. Malūnavičius (2019-2020).

Lietuvos mokslo tarybos, Link ateities technologijų programos projektas „Mikrogravitacijos sąlygose suaktyvėjančių ir odos infekcijas sukeliančių mikroorganizmų biokontrolė naudojant elektro-magnetoporaciją“ projektas, Nr. LAT-02/2016. Projekto vadovas: Prof. J. Novickij. VU projekto dalies vadovė prof. E. Lastauskienė (2016-2018).

Prokariotų molekulinės mikrobiologijos ir taksonomijos laboratorija

Grupės vadovė

Prof. Nomeda Kuisienė

Grupės nariai

Dr. Raimonda Baranauskienė

Dr. Rūta Kananavičiūtė

Dr. Tatjana Kirtiklienė

Doktorantė

Kristina Tamošiūnienė

 

Tyrimų kryptys

Mūsų laboratorijoje vykdomi keturių principinių krypčių tyrimai:

• Patogeninių bakterijų molekulinė epidemiologija;
• Biotechnologiniu požiūriu svarbių prokariotų baltymų ir kitų biojunginių paieška ir tyrimai;
• Prokariotų bioįvairovės ir taksonominiai tyrimai;
• THz spinduliuotės poveikio bakterijų genų raiškai ir fiziologijai analizė.

Patogeninių bakterijų molekulinė epidemiologija

Pagrindinis dėmesys šioje tyrimų kryptyje yra skiriamas ESCAPE grupės mikroorganizmų (Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Enterococcus spp., Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa) epidemiologijai. Molekulinių genotipavimo, genomo analizės bei fenotipinių virulentiškumo ir atsparumo metodų pagalba vertinama šių bakterijų skirtingų kamienų plitimo visuomenėje ir sveikatos priežiūros įstaigose dinamika, keliai bei išplitimą skatinantys veiksniai. Siekiant prisidėti prie kliniškai ir epidemiologiškai svarbių mikroorganizmų atsparumo antimikrobiniams vaistams bei dezinfektantams stebėsenos, vertinamas patogeninių kamienų atsparumo antibiotikams ir dezinfekcinėms medžiagoms paplitimas ir atsparumą lemiantys molekuliniai veiksniai.

Biotechnologiniu požiūriu svarbių prokariotų baltymų ir kitų biojunginių paieška ir tyrimai

Daugiausia dėmesio šioje tyrimų kryptyje skiriama naujų bioaktyvių medžiagų paieškai ir jas sintetinančių fermentų (poliketidų sintazių ir neribosominių peptidų sintetazių) identifikavimui, polisacharidų (celiuliozės, ksilano ir pektino) sintezės bei skaidymo procesų tyrimams, taip pat polisacharidus skaidančių fermentų ir kitų biotechnologiškai svarbių rekombinantinių baltymų gamybai heterologinėse raiškos sistemose. Tyrimuose taikomi genomo analizės ir molekuliniai metodai leidžia identifikuoti prokariotų genomuose unikalius, anksčiau neaprašytus baltymus, nustatyti jų savybes ir įvertinti praktinio pritaikymo potencialą.

Prokariotų bioįvairovės ir taksonominiai tyrimai

Mūsų laboratorija yra vienintelė laboratorija Lietuvoje, profesionaliai užsiimanti prokariotų taksonominiais tyrimais. Taksonominės žinios yra panaudojamos tiriant mikroorganizmų įvairovę ir vaidmenį skirtingose gyvenamosiose aplinkose. Šiuo metu daug dėmesio skiriame bakterijų, dalyvaujančių kėnių bei jų kenkėjų-vabzdžių tarpusavio sąveikoje, įvairovės tyrimams. Tačiau pagrindinis mūsų tyrimų objektas yra Vilniaus miesto urbanistinis mikrobiomas, darantis įtaką visų miesto gyventojų gyvenimo kokybei. Tiriame mikroorganizmų bendrijų pokyčius, atsirandančius prisitaikant prie urbanistinės aplinkos, bei vertiname galimybę daryti poveikį šiems pokyčiams.

THz spinduliuotės poveikio bakterijų genų raiškai ir fiziologijai analizė

Šioje kryptyje bendradarbiaujant su VU Fizikos fakulteto Taikomosios elektrodinamikos ir telekomunikacijų instituto mokslininkais tiriamas THz elektromagnetinių bangų poveikis bakterijų ląstelėms. Analizuojami galimi neterminiai sąveikos mechanizmai, vertinant jų įtaką bakterijų genų transkripcijai, stresiniam atsakui ir ląstelių dalijimosi procesams. Gauti rezultatai prisideda prie fundamentalaus elektromagnetinių laukų sąveikos su gyvomis sistemomis supratimo bei padeda įvertinti THz technologijų saugumo ir taikymo biomedicinoje perspektyvas.

Projektai

Europos Regioninės plėtros fondo lėšomis finansuojamos priemonės Nr. 01.2.2-LMT-K-718 veiklos „Aukšto lygio tyrėjų grupių vykdomi moksliniai tyrimai, skirti kurti ūkio sektoriams aktualias MTEP veiklų tematikas atitinkančius rezultatus, kurie vėliau galėtų būti komercinami“ projektas „Alzheimerio ligos gydymui skirtų vaistinių kandidatinių junginių, slopinančių BACE1 fermentinį aktyvumą ir Aβ peptido agregaciją, kūrimas“, Nr. 01.2.2-LMT-K-718-03-0003. Projekto vykdytoja dr. R. Kananavičiūtė (2020-2023).

ES struktūrinių fondų lėšomis finansuojamos priemonės Nr. 01.2.2-CPVA-K-703 „Kompetencijos centrų ir inovacijų ir technologijų perdavimo centrų veiklos skatinimas“ projektas „Naujos kartos industrinių fermentų inžinerijos centras (TVIRTAS)“, Nr. 01.2.2-CPVA-K-703-03-0023. Projekto vykdytoja dr. R. Kananavičiūtė (2020-2023).

ES fondų investicijų veiksmų programos priemonės Nr. 09.3.3-LMT-K-712 „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklos „Stažuočių podoktorantūros studijų skatinimas“ projektas „Ekstremaliose aplinkose aptinkamų bakteriofagų tyrimai“, Nr. 09.3.3-LMT-K-712-19-0102. Stažuotės vadovė prof. N. Kuisienė (2020-2023).

ES struktūrinių fondų lėšomis finansuojamo projekto „Doktorantūros studijų plėtra“ konkursinės doktorantūros projektas „Patogeninių mikroorganizmų virulentiškų kamienų charakteristikų ir plitimo dinamikos tyrimai molekulinės epidemiologijos aspektu“, Nr. KD-17072. Projekto vadovė prof. N. Kuisienė, vykdytoja T. Kirtiklienė (2017-2021).

Taikomosios mikrobiologijos laboratorija

Grupės vadovė

Doc. Dr. Alisa Gricajeva

Grupės nariai

Dr. Arnoldas Kaunietis

Dokt. Kristina Aponienė (asocijuotoji mokslininkė)

Ruslan Bikmurzin

Magistrantai

Jūratė Udraitė

Angelina Kropa

Julija Sitiajeva

 

Tyrimų kryptys

Mūsų laboratorijos tyrimų kryptys: 

• Mikrobinių piretroidus skaidančių karboksilesterazių, naujų bakteriocinų ir kitų bioaktyvių metabolitų, pasižyminčių plačiu aktyvumo spektru, paieška ir tyrimai
• Bakterinių bioplėvelių kontrolės strategijų, pagrįstų kvorumo jutimo sutrikdymu ir antimikrobine fotoinaktyvacija, kūrimas
• Žmogaus mikrobiota ir pankreatitas 

Mikrobinių piretroidus skaidančių karboksilesterazių, naujų bakteriocinų ir kitų bioaktyvių metabolitų, pasižyminčių plačiu aktyvumo spektru, paieška ir tyrimai

Viena iš pagrindinių mūsų grupės tyrimų krypčių yra mikrobinių karboksilesterazių (lipolizinių fermentų), dalyvaujančių sintetinių piretroidų (SP) degradacijoje (skaidyme), paieška, identifikavimas, charakterizavimas ir funkcinė analizė. Piretroidai yra vieni iš plačiausiai naudojamų insekticidų žemės ūkyje, visuomenės sveikatos srityje ir buityje; tačiau jų sąlyginis stabilumas po panaudojimo nulemia jų kaupimąsi aplinkoje, keliant pavojų netiksliniams organizmams. Be to, jų patekimas į žmonių maisto grandinę ir lėtinis poveikis siejamas su neigiamais padariniais sveikatai. Tai nulemia neatidėliotiną poreikį kurti aplinkai tvarias strategijas, kurios leistų efektyviai pašalinti SP likučius iš užterštų ekosistemų.

Šiame kontekste mūsų grupės tyrimai nukreipti į piretroidus skaidančių mikroorganizmų išskyrimą ir naujų esterazes ir kt. fermentus koduojančių genų identifikavimą, taikant genomų analizę, funkcinę metagenomiką ir kt. Atrandami fermentai vertinami ne tik dėl jų aktyvumo esterinius ryšius turinčių ksenobiotikų atžvilgiu, bet ir dėl jų galimo pritaikymo sintetinėms biotransformacijoms, susijusioms su pramonine, maisto biotechnologija, įskaitant biokuro ir naujų aromatinių esterių gamybą.

Grupė taip pat tiria bakterijų sintetinamus antimikrobinius peptidus ir mažus baltymus (bakteriocinus). Šios struktūriškai labai įvairios molekulės pasižymi skirtingais veikimo mechanizmais ir slopinimo spektrais, kas jas padaro itin perspektyviais kandidatais naujos kartos antimikrobinių strategijų kūrimui. Didėjant atsparumui antimikrobinėms medžiagoms, bakteriocinai yra perspektyvi alternatyva įprastiems antibiotikams, jie taip pat gali veikti kaip natūralūs maisto konservantai.

Be to, mūsų grupė tiria biologiškai aktyvius polisacharidus - iš mielių gaunamus β-gliukanus, kurie pasižymi imunomoduliacinėmis savybėmis ir turi didelį komercinį potencialą maisto produktų, kosmetikos ir farmacijos srityse. Jų struktūrinė įvairovė ir biologinis aktyvumas daro juos patraukliais kandidatais kuriant funkcines biomedžiagas, turinčias sveikatą stiprinantį poveikį.

Bakterinių bioplėvelių kontrolės strategijų, pagrįstų kvorumo jutimo sutrikdymu ir antimikrobine fotoinaktyvacija, kūrimas

Lygiagrečiai Taikomosios mikrobiologijos grupė aktyviai dalyvauja kuriant saugias ir tvarias bakterijų bioplėvelių kontrolės strategijas, pritaikytinas naudoti uždarose aplinkose. Bendradarbiaujant su VU Fizikos fakulteto Fotonikos ir nanotechnologijų institutu, kuriama nauja antimikrobinė fotoinaktyvacijos (API) technologija, pagrįsta natūraliais fotosensibilizatoriais, skirta taikyti maisto perdirbimo sistemose, sveikatos priežiūros įstaigose ir kitose jautriose aplinkose, kur įprasti dezinfekavimo metodai gali būti nesaugus ir mažai veiksmingi.

Termofilinių gramteigiamų bakterijų formuojamos bioplėvelės kelia nuolatinius higienos ir ekonominius iššūkius maisto pramonei visame pasaulyje. Šie mikroorganizmai geba išgyventi aukštos temperatūros apdorojimo sąlygas, prisitvirtinti prie abiotinių paviršių ir sudaryti struktūriškai tvirtas bioplėveles, kurios pasižymi didesniu atsparumu standartinėms sanitacijos procedūroms. Nors termofilinių bioplėvelių susidarymo aspektai yra iš dalies apibūdinti, molekulinis šio kolektyvinio fenotipo reguliavimas, ypač kvorumo jutimo (KJ) vaidmuo, vis dar išlieka neištirtas.

Todėl vienas iš šios tyrimų grupės tikslų – ištirti KJ vaidmenį, daugiausia dėmesio skiriant autoinduktoriaus-2 (AI-2) sistemai, valdomai luxS geno, bioplėvelės formavimesi su maistu susijusiose termofilinėse bakterijose. Tyrimai vykdomi projekto ThermoBioQS ribose. Projekto metu gauti rezultatai gali pakeisti pramoninės higienos paradigmas: užuot naikinę mikrobus, galime sutrikdyti jų komunikaciją, taip kontroliuojant jų kolektyvinį elgesį, kuris neretai kenkia žmogui. Šis novatoriškas, mikrobų atsparumo išvystymo galimybes mažinantis metodas turi didelį potencialą realiam pritaikymui maisto saugos srityje ir galėtų būti pritaikytas kituose su bioplėvelėmis susijusiuose pramonės sektoriuose.

Žmogaus mikrobiota ir pankreatitas

Šioje tyrimų kryptyje analizuojamos žmogaus burnos ir žarnyno mikrobiotos sąsajos su ūminiu pankreatitu (ŪP) ir jo klinikinėmis formomis. Mūsų laboratorijoje vykdome projektą „Ūmaus pankreatito ir žmogaus mikrobiomo sąsajos (MICROPANC)“, kuriame, taikant naujos kartos 16S rRNR sekoskaitą, siekiama nustatyti mikrobiotos pokyčius, susijusius su ligos sunkumu ir sisteminiu uždegimu.

Tyrimai atliekami bendradarbiaujant su Vilniaus universiteto ligoninės Santaros klinikomis, lyginant ŪP pacientų ir kontrolinės grupės asmenų mikrobiotos profilius. Gautos įžvalgos leis geriau suprasti ligos vystymosi mechanizmus ir padės identifikuoti galimus ankstyvus, neinvazinius ŪP sunkumo biomarkerius.

Projektai

Lietuvos mokslų tarybos (LMT) finansuojamas projektas “Kvorumo jutimo vaidmuo termofilinių maisto pramonei svarbių bakterijų bioplėvelės vystymosi dinamikoje: reguliavimas ir kontrolės strategijos (ThermoBioQS)”, projekro Nr. S-MIP-25-38. Projekto vadovė dr. Alisa Gricajeva (2025-2028).

Lietuvos mokslo tarybos (LMTLT) finansuojamas projektas „Ūmaus pankreatito ir žmogaus mikrobiomo sąsajos (MICROPANC)“, projekto Nr. S‑MIP‑25‑53. Projekto vadovas dr. A. Kaunietis (2025–2028).

Vilniaus universiteto Mokslo skatinimo fondo lėšomis finansuotas projektas “Termofilinių bakterijų formuojamų bioplėvelių naikinimo strategijos, taikant mėlynąją šviesą ir kvorumo jutimą sutrikdančias medžiagas, kūrimas”, projekto nr. MSF-JM-07/2023. Projekto vadovė doc. Dr. A. Gricajeva (2023-2024).

ES struktūrinių fondų lėšomis finansuojamos priemonės Nr. 01.2.2-CPVA-K-703 „Kompetencijos centrų ir inovacijų ir technologijų perdavimo centrų veiklos skatinimas“ projektas „Naujos kartos industrinių fermentų inžinerijos centras (TVIRTAS)“, Nr. 01.2.2-CPVA-K-703-03-0023. Projekto vykdytojas dr. A. Kaunietis (2020-2023).

MITA Technologinės plėtros projektas “Antimikrobinės fotoinaktyvacijos prototipas braškių apsaugai nuo pelėsinių fitopatogenų šiltnamiuose (AFIP), Nr. TPP-04-018. Projekto vyriausioji mokslo darbuotoja prof. dr. L. Kalėdienė, pagrindinė projekto vykdytoja dr. A. Gricajeva (2021-2022).

ES fondų investicijų veiksmų programos priemonės Nr. 09.3.3-LMT-K-712 „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklos „Stažuočių podoktorantūros studijų skatinimas“ projektas „Heterologinės genų raiškos sistemos kūrimas termofilinėms bakterijoms“, Nr. 09.3.3-LMT-K-712-19-0054. Projekto vykdytojas dr. A. Kaunietis (2020-2022).

Tarptautinis Europos kosmoso agentūros (EKA) projektas. Programme for European Cooperating States. “Antimicrobial Photoinactivation Approach Based on Natural Agents for Control of Bacteria Biofilms in Spacecraft. Feasibility Study (LT5_1 ESA Contract No. 40000129495/19/NL/SSC). Projekto vyriausioji mokslo darbuotoja prof. dr. L. Kalėdienė; mokslo darbuotoja dr. A. Gricajeva (2020-2021).

Vilniaus universiteto Mokslo skatinimo fondo lėšomis finansuotas projektas „Naujo bakteriocino iš termofilinės bakterijos gryninimas ir identifikavimas“ projekto Nr. MSF-JM-17. Projekto vadovas ir vykdytojas dr. A. Kaunietis (2019-2020).

Studentų mokslinių tyrimų ir vasaros praktikų projektai

Studentų gebėjimų ugdymo vykdant tyrimus semestro metu projektai

“Termofilinių bakterijų bioplėvelių ir planktoninių ląstelių sporuliacijos efektyvumo ir genų raiškos palyginamoji analizė”, Nr. P-ST-25-219. Projekto vadovė doc. dr. A. Gricajeva (2025)

„Geobacillus bakterijų lipolizinių fermentų, turinčių cisteino katalizinę aminorūgštį, kūrimas ir Analizė“, Nr. P-ST-23-21. Projekto vadovė doc. dr. R. Gudiukaitė (2023-2024).

„Streptomyces sp. SK-91 koduojamų keratinoliziniu aktyvumu pasižyminčių baltymų sintezės optimizavimas bei tikslinių baltymų gryninimas“, P-ST-23-339 projekto vadovas doc. Dr. Audrius Gegeckas; (2023-2024);

„Bakteriocinų veikiančių prieš fitopatogenus paieška“, Nr.P-ST-23-186. Projekto vadovė doc. dr. Alisa Gricajeva (2023-2024).

„Keratinoliziniu aktyvumu pasižyminčių fermentų heterologinės raiškos sistemos sukūrimas“, P-ST-22-25 projekto vadovas doc. Dr. Audrius Gegeckas; (2022-2023).

„Sulietų biokatalizatorių, turinčių GDEst-95, GD-95 ir Kut-SP domenus, tyrimai“, Nr. 09.3.3-LMT-K-712-25-0030. Projekto vadovė doc. dr. R. Gudiukaitė (2021-2022).

„Antimikrobinės riboflavinu paremtos fotoinaktyvacijos ir bakteriocinų sinergistinio poveikio bakterijų bioplėvelių kontrolės efektyvumui tyrimai“, Nr. 09.3.3-LMT-K-712-25-0059. Projekto vadovė dr. A. Gricajeva (2021-2022).

„Fibrilinių baltymų skaidymo sistemos sukūrimas, siekiant gauti biologiškai aktyvius peptidus“, Nr. 09.3.3-LMT-K-712-25-0130. Projekto vadovas dr. A. Gegeckas (2021-2022).

„Mikrogravitacijos poveikis mielių ląstelių fiziologijai ir atsparumui cheminiams ir fizikiniams veiksniams“, Nr. 09.3.3-LMT-K-712-22-0173. Projekto vadovė prof. E. Lastauskienė (2021-2022).

„Mikrobinių kutinazių funkcionalumo tyrimai“, Nr. 09.3.3-LMT-K-712-22-0074. Projekto vadovė dr. R. Gudiukaitė (2020-2021).

 „Naujų termofilinių bakterijų bakteriocinų biosintezė“, Nr. 09.3.3.-LMT-K-712-22-0095. Projekto vadovas dr. A. Kaunietis (2020-2021).

„Eterinių aliejų ir impulsinio elektrinio lauko sinergistinis poveikis [PSI] prionui Saccharomyces cerevisiae ląstelėse“, Nr. 09.3.3-LMT-K-712-22-00172. Projekto vadovas dr. A. Gegeckas (2020-2021).

„Naujo azolo žiedus turinčio antibakterinio peptido heterologinė raiška ir analizė“, Nr. 09.3.3-LMT-K-712-22-0215. Projekto vadovė dr. A. Gricajeva (2020-2021).

„Termostabilių lipolizinių fermentų pagrindu veikiančios nepertraukiamos riebalų rūgščių esterių sintezei ir/ar hidrolizei skirtos sistemos kūrimas“, Nr.09.3.3-LMT-K-712-16-0020. Projekto vadovė dr. R. Gudiukaitė (2019-2020).

„Poliketidų ir neribosominių peptidų sintezėje dalyvaujančių genų raiškos tyrimai Paenibacillus sp. kamienuose, išskirtuose iš požeminio urvo“, Nr. 09.3.3.-LMT-K-712-16-0023. Projekto vadovė prof. N. Kuisienė (2019-2020).

„[PSI+] priono variantų įtaka mielių ląstelių augimui ir viduląstelinių baltymų kaupimui“, Nr. 09.3.3-LMT-K-712-16-0231. Projekto vadovė prof. E. Lastauskienė (2019-2020).

 

Studentų gebėjimų ugdymo dalyvaujant mokslinėse vasaros praktikose projektai

 “Piretroidus degraduojančių mikrobinių lipolizinių fermentų paieška ir analizė”, Nr. P-SV-25-272. Projekto vadovė doc. dr. Alisa Gricajeva (2025).

“Naujų bakterinių poliesterazių paieška”, Nr. S-SV-25-33. Projekto vadovė dokt. V. Mažrimaitė (2025)

“Bakterinės kutinazės struktūros-funkcijos tyrimas”, Nr. P-SV3-25-298. Projekto vadovė dokt. I. Lenkaitė (2025)

“GDEst-95 esterazės funkcionalumo tyrimai”, Nr. P-SV-24-118. Projekto vadovė doc. dr. R. Gudiukaitė (2024).

„Archėjinių mikroorganizmų kultivavimo sąlygų optimizavimas ir natyvaus lipolizinio aktyvumo tyrimas“, Nr. P-SV-24-120. Projekto vadovas dr. V. Malūnavičius (2024).

“Metagenominio esterazių/lipazių šeimos fermento funkcijos tyrimai”, Nr. P-SV-24-119. Projekto vadovė dokt. I. Lenkaitė (2024).

“Geobacillus genties bakterijų sintetinamų esterazių tyrimai”, Nr…. Projekto vadovė dokt. V. Mažrimaitė (2024)

 „Piretroidus skaidančių bakterijų lipolizinių fermentų paieška ir analizė”, Nr. P-SV-24-246. Projekto vadovė doc. dr. Alisa Gricajeva (2024).

„Piretroidinius pesticidus skaidančių bakterijų paieška, atranka ir identifikavimas“, Nr.P-SV-22-255. Projekto vadovė dr. Alisa Gricajeva (2022).

“Pieno permeato kaip alternatyvaus induktoriaus panaudojimas rekombinantinių biokatalizatorių sintezei”, Nr. P-SV-22-160. Projekto vadovė doc. dr. R. Gudiukaitė (2022).

„Rekombinantinių bakterinių kutinazių aktyvumo analizė ir taikymas poliesterių degradacijoje“, Nr. 09.3.3.-LMT-K-712-24-0002. Projekto vadovė doc. dr. R. Gudiukaitė (2021).

„EstAG1 karboksilesterazės iš Staphylococcus sp. katalizinių aminorūgščių tyrimai“, Nr. 09.3.3.-LMT-K-712-24-0054. Projekto vadovas dr. A. Kaunietis (2021).

„Sinergistinio antimikrobinės fotoinaktyvacijos ir bakteriocinų poveikio bakterinių bioplėvelių naikinimo efektyvumui tyrimai“, Nr. 09.3.3-LMT-K-712-24-0059. Projekto vadovė dr. A. Gricajeva (2021).

Verslo įmonių užsakymu vykdyti projektai

„Archėjų kultivavimo ir pigmentų karotenoidų sintezės optimizavimas, produkcijai naudojant mineralinį vandenį“; Mokslinio tyrimo sutartis su UAB „Pokyčių vertinimo institutas“, Nr. (1.57) 15600 SU-3662. Atsakinga vykdytoja prof. dr. R. Gudiukaitė (2025-2026).

„Nuotekų dumblo hidrolizės efektyvumo priklausomybė nuo temperatūros“; Mokslinio tyrimo sutartis UAB Biotik, Nr. (1.57) 15600 SU-2346. Atsakingas vykdytojas dr. V. Malūnavičius (2025).

„UV LED apšvietimo įtaka mikroorganizmų išgyvenamumui“; Mokslinio tyrimo sutartis su UAB Inta,  Nr. (1.57) 15600-INS-99. Atsakingas vykdytojas dr. V. Malūnavičius (2025).

„Mikroorganizmų įvairovė mineralinio vandens gręžiniuose“; Mikrobiologinės analizės tyrimo sutartis su UAB „Eglės sanatorija“, Nr. R. (1.57) 1560. Atsakingas vykdytojas dr. V. Malūnavičius (2025).

 „Mikrobiologiniai tyrimai (Avodės gelio poveikis bakterinėms bioplėvelėms)“; Mokslinio tyrimo sutartis su UAB „Avodės“, Nr. (1.57) 15600-INS-108. Atsakinga vykdytoja prof. E. Lastauskienė (2025).

„Avodes prototipo inkubavimas“; Mokslinio tyrimo sutartis su UAB „Avodės“, Nr. (1.57) 15600-INS-206. Atsakinga vykdytoja prof. E. Lastauskienė (2024).

„Avodes prototipų antimikrobinio aktyvumo įvertinimas“; Mokslinio tyrimo sutartis su UAB „Avodės“, Nr. (1.57) 15600-INS-175. Atsakinga vykdytoja prof. E. Lastauskienė (2024).

“Pelėsinio grybelio nustatymas ant faneros plokščių“; Mokslinio tyrimo užsakymas su UAB „Actona Lithuania“, Nr. (1.57) 15600-INS-34. Atsakinga vykdytoja doc. dr. R. Gudiukaitė (2024).

 “Ozono poveikis mielėms”; Mokslinio tyrimo užsakymas su UAB „Srovių spektras“, Nr. (1.57) 15600-INS-82. Atsakingas vykdytojas dr. A. Kaunietis (2023). 

“Dezinfekcijai skirtų robotų efektyvumo tyrimas“; Mokslinio tyrimo sutartis su UAB „R and R Technology“, Nr. (1.57) 15600-INS-180. Atsakinga vykdytoja doc. dr. R. Gudiukaitė (2021-2022).

 „Paštomatų mikrobinio švarumo įvertinimas“; Mokslinio tyrimo sutartis su UAB „Berta And“, Nr. (1.57) 15600-INS-152. Atsakinga vykdytoja doc. dr. R. Gudiukaitė (2021).

„Menstruacinių kempinėlių fungistatinio poveikio įvertinimas“; Mokslinio tyrimo sutartis su UAB „Avodės“, (1.57) 15600-INS-135. Atsakinga vykdytoja prof. E. Lastauskienė (2021)

„Paviršių mikrobiologinio švarumo tyrimas“; Mokslinio tyrimo sutartis su UAB Gravitas Partners, Nr. (1.57) 15600-INS-121. Atsakinga vykdytoja doc. dr. R. Gudiukaitė (2021).

„Bakteriocidinio poveikio įvertinimas“; Mokslinio tyrimo sutartis su UAB BOD GROUP, Nr. (1.57) 15600-INS-44. Atsakinga vykdytoja doc. dr. R. Gudiukaitė (2021).

„Kosmetikos priemonių ir jų sudedamųjų dalių priešmikrobinio potencialo įvertinimas“; Mokslinio tyrimo sutartis su UAB „ODA“, Nr. (1.57) 15600-INS-34. Atsakinga vykdytoja prof. E. Lastauskienė (2021).

„Priešgrybelinių priemonių efektyvumo įvertinimas“; Mokslinio tyrimo sutartis su UAB „Tegra“, Nr. (1.57) 15600-INS-14. Atsakinga vykdytoja prof. E. Lastauskienė (2021).

„Sidabro nanodalelių priešmikrobinio potencialo įvertinimas“; Mokslinio tyrimo sutartis su UAB „RhoNano“, Nr. (1.57) 15600-INS-67. Atsakinga vykdytoja prof. E. Lastauskienė (2020)

Eukariotų molekulinės mikrobiologijos laboratorija

Darbuotojų, doktorantų ir studentų publikacijų sąrašas

2025

Espíndola-Hernández, P., Banerjee, S., Abdulmalik, A. O., Andrade-Linares, D., Baldi, G., Berg, G., Brearley, F. Q., Flocco, C. G., Galgani, L., Gegeckienė, L., Gschwendtner, S., Hensen, T., Kostic, T., Ledesma-Amaro, R., Maier, L., Marciniak, A., Ohan, J., Overmann, J., Rito, T., … Schloter, M. (2026). A trait-based framework to identify microbial keystone taxa for microbiome engineering. Cell Reports Sustainability. https://doi.org/10.1016/j.crsus.2025.100615

Urbelienė, N., Gasparavičiūtė, R., Vaitekūnas, J., Meškienė, R., Valantinaitė, U., Kruopis, P., Gudiukaitė, R., & Meškys, R. (2025). A screening method for polyester films-degrading microorganisms and enzymes. Journal of Hazardous Materials. https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2025.137177

Kaziūnienė, J., Gegeckas, A., Lapinskienė, L., Razbadauskienė, K., Mažylytė, R., & Supronienė, S. (2025). Competitiveness and nitrogen fixation efficiency analysis of Rhizobium leguminosarum strains in different field Pea (Pisum sativum L.) genotypes. Agriculture. https://doi.org/10.3390/agriculture15161784

Megur, A., Ambrutaitytė, K., Šimoliūnas, E., Lastauskienė, E., & Burokas, A. (2025). Whole-genome sequencing and in vitro probiotic characterization of Pediococcus pentosaceus ELAB 60WB isolated from fermented cherry tomatoes. LWT-Food Science and Technology. https://doi.org/10.1016/j.lwt.2025.117547

2024

Gyraitė, G., Kataržytė, M., Espinosa, R. P., Kalvaitienė, G., & Lastauskienė, E. (2024). Microbiome and resistome studies of the Lithuanian Baltic Sea coast and the Curonian Lagoon waters and sediments. Antibiotics. https://doi.org/10.3390/antibiotics13111013

Valciukiene, J., Lastauskiene, E., Laurinaviciene, A., Jakubauskas, M., Kryzauskas, M., Valkiuniene, R. B., Augulis, R., Garnelyte, A., Kavoliunas, J., Silinskaite, U., & Poskus, T. (2025). Interaction of human gut microbiota and local immune system in progression of colorectal adenoma (MIMICA-1): a protocol for a prospective, observational cohort study. Frontiers in Oncology, 14. https://doi.org/10.3389/fonc.2024.1495635

Riedinger, D. J., Fernández-Juárez, V., Delgado, L. F., Sperlea, T., Hassenrück, C., Herlemann, D. P. R., Pansch, C., Kataržytė, M., Bruck, F., Ahrens, A., Rakowski, M., Piwosz, K., Stevenson, A., Reusch, T. B. H., Gyraitė, G., Schulz-Bull, D., Benterbusch-Brockmöller, H., Kube, S., Dupke, S., … Labrenz, M. (2024). Control of Vibrio vulnificus proliferation in the Baltic Sea through eutrophication and algal bloom management. Communications Earth & Environment, 5(1), 246. https://doi.org/10.1038/s43247-024-01410-x

Čekuolytė, K., Šapaitė, D., Žemgulytė, E., Gudiukaitė, R., & Lastauskienė, E. (2024). Induction of Apoptosis with Silver Nanoparticles Obtained Using Thermophilic Bacteria. Journal of Functional Biomaterials, 15(6), 142. https://doi.org/10.3390/jfb15060142

Daunoras, J., Kačergius, A., & Gudiukaitė, R. (2024). Role of Soil Microbiota Enzymes in Soil Health and Activity Changes Depending on Climate Change and the Type of Soil Ecosystem. Biology, 13(2), 85. https://doi.org/10.3390/biology13020085

Venslauskas, K., Navickas, K., Rubežius, M., Žalys, B., & Gegeckas, A. (2024). Processing of Agricultural Residues with a High Concentration of Structural Carbohydrates into Biogas Using Selective Biological Products. Sustainability, 16(4), 1553. https://doi.org/10.3390/su16041553

Kaziūnienė, J., Pini, F., Shamshitov, A., Razbadauskienė, K., Frercks, B., Gegeckas, A., Mažylytė, R., Lapinskienė, L., & Supronienė, S. (2024). Genetic Characterization of Rhizobium spp. Strains in an Organic Field Pea (Pisum sativum L.) Field in Lithuania. Plants, 13(14), 1888. https://doi.org/10.3390/plants13141888

Gyraitė, G., Kataržytė, M., Bučas, M., Kalvaitienė, G., Kube, S., Herlemann, D. P. R., Pansch, C., Andersson, A. F., Pitkanen, T., Hokajärvi, A.-M., Annus-Urmet, A., Hauk, G., Hippelein, M., Lastauskienė, E., & Labrenz, M. (2024). Epidemiological and environmental investigation of the ‘big four’ Vibrio species, 1994 to 2021: a Baltic Sea retrospective study. Eurosurveillance. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2024.29.32.2400075

Gyraitė, G., Kataržytė, M., Espinosa, R. P., Kalvaitienė, G., & Lastauskienė, E. (2024). Microbiome and Resistome Studies of the Lithuanian Baltic Sea Coast and the Curonian Lagoon Waters and Sediments. Antibiotics, 13(11), 1013. https://doi.org/10.3390/antibiotics13111013

Megur, A., Lastauskienė, E., & Burokas, A. (2024). Draft genome sequence data of Lactiplantibacillus plantarum 33C isolated from Lithuanian fermented food. Data in Brief. https://doi.org/10.1016/j.dib.2024.110750

Malunavicius, V., Vaskevicius, L., Gusaite, A., & Gudiukaite, R. (2024). Rational and random mutagenesis of GDEst-95 carboxylesterase: New functionality insights. International Journal of Biological Macromolecules, 256, 128331. https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2023.128331

Mažylytė, R., Kailiuvienė, J., Mažonienė, E., Orola, L., Kaziūnienė, J., Mažylytė, K., Lastauskienė, E., & Gegeckas, A. (2024). The Co-Inoculation Effect on Triticum aestivum Growth with Synthetic Microbial Communities (SynComs) and Their Potential in Agrobiotechnology. Plants, 13(12), 1716. https://doi.org/10.3390/plants13121716

2023

Malunavicius, V., Padaiga, A., Stankeviciute, J., Pakalniskis, A., & Gudiukaite, R. (2023). Engineered Geobacillus lipolytic enzymes – Attractive polyesterases that degrade polycaprolactones and simultaneously produce esters. International Journal of Biological Macromolecules, 253, 127656. https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2023.127656

Kačergius, A., Sivojienė, D., Gudiukaitė, R., Bakšienė, E., Masevičienė, A., & Žičkienė, L. (2023). Comparison of the Structure of Soil Microbial Communities of Different Ecosystems Using the Microbiome Sequencing Approach. Soil Systems, 7(3), 70. https://doi.org/10.3390/soilsystems7030070

Venckus, P., Endriukaitytė, I., Čekuolytė, K., Gudiukaitė, R., Pakalniškis, A., & Lastauskienė, E. (2023). Effect of Biosynthesized Silver Nanoparticles on the Growth of the Green Microalga Haematococcus pluvialis and Astaxanthin Synthesis. Nanomaterials, 13(10), 1618. https://doi.org/10.3390/nano13101618

Vaskevicius, L., Malunavicius, V., Jankunec, M., Lastauskiene, E., Talaikis, M., Mikoliunaite, L., Maneikis, A., & Gudiukaite, R. (2023). Insights in MICP dynamics in urease-positive Staphylococcus sp. H6 and Sporosarcina pasteurii bacterium. Environmental Research, 234, 116588. https://doi.org/10.1016/j.envres.2023.116588

Aučinaitė, R., Trumpaitė-Vavagienė, R., Versockienė, J., & Lastauskienė, E. (2023). Evaluation of the Antibacterial Activity Against Streptococcus mutans and Solubility of Different Dental Luting Cements In Vitro. Materials Science, 29(1), 111–118. https://doi.org/10.5755/j02.ms.31132

Cekuolyte, K., Gudiukaite, R., Klimkevicius, V., Mazrimaite, V., Maneikis, A., & Lastauskiene, E. (2023). Biosynthesis of Silver Nanoparticles Produced Using Geobacillus spp. Bacteria. Nanomaterials, 13(4), 702. https://doi.org/10.3390/nano13040702

2022

Gyraitė, G., Kataržytė, M., Bučas, M., Kalvaitienė, G., Kube, S., Herlemann, D. P., Pansch, C., Andersson, A. F., Pitkanen, T., Hokajärvi, A.-M., Annus-Urmet, A., Ianevski, A., Yao, R., Simonsen, R. M., Myhre, V., Ravlo, E., Kaynova, G. D., Zusinaite, E., White, J. M., Polyak, S. J., Oksenych, V., Windisch, M. P., Pan, Q., Lastauskienė, E., Vitkauskienė, A., Matukevičius, A., Tenson, T., Bjørås, M., & Kainov, D. E. (2022). Mono- and combinational drug therapies for global viral pandemic preparedness. IScience, 25(4), 104112. https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.104112

Greicius, A., Baliutavicius, T., Lastauskiene, E., & Gudiukaite, R. (2022). Application of Milk Permeate as an Inducer for the Production of Microbial Recombinant Lipolytic Enzymes. Fermentation, 9(1), 27. https://doi.org/10.3390/fermentation9010027

Kaziūnienė, J., Mažylytė, R., Krasauskas, A., Toleikienė, M., & Gegeckas, A. (2022). Optimizing the Growth Conditions of the Selected Plant-Growth-Promoting Rhizobacteria Paenibacillus sp. MVY-024 for Industrial Scale Production. Biology, 11(5), 745. https://doi.org/10.3390/biology11050745

Mažylytė, R., Kaziūnienė, J., Orola, L., Valkovska, V., Lastauskienė, E., & Gegeckas, A. (2022). Phosphate Solubilizing Microorganism Bacillus sp. MVY-004 and Its Significance for Biomineral Fertilizers’ Development in Agrobiotechnology. Biology, 11(2), 254. https://doi.org/10.3390/biology11020254

Gricajeva, A., Nadda, A. K., & Gudiukaite, R. (2022). Insights into polyester plastic biodegradation by carboxyl ester hydrolases. Journal of Chemical Technology & Biotechnology, 97(2), 359–380. https://doi.org/10.1002/jctb.6745

2021

Gudiukaite, R., Nadda, A. K., Gricajeva, A., Shanmugam, S., Nguyen, D. D., & Lam, S. S. (2021). Bioprocesses for the recovery of bioenergy and value-added products from wastewater: A review. Journal of Environmental Management, 300, 113831. https://doi.org/10.1016/j.jenvman.2021.113831

Ianevski, A., Yao, R., Zusinaite, E., Lello, L. S., Wang, S., Jo, E., Yang, J., Ravlo, E., Wang, W., Lysvand, H., Løseth, K., Oksenych, V., Tenson, T., Windisch, M. P., Poranen, M. M., Nieminen, A. I., Nordbø, S. A., Fenstad, M. H., Grødeland, G., … Lastauskiene, E. … Kainov, D. E. (2021). Synergistic Interferon-Alpha-Based Combinations for Treatment of SARS-CoV-2 and Other Viral Infections. Viruses, 13(12), 2489. https://doi.org/10.3390/v13122489

Jurgelevičiūtė, J., Bičkovas, N., Sakalauskas, A., Novickij, V., Smirnovas, V., & Lastauskienė, E. (2021). Effects of Pulsed Electric Fields on Yeast with Prions and the Structure of Amyloid Fibrils. Applied Sciences, 11(6), 2684. https://doi.org/10.3390/app11062684

Lastauskienė, E., Valskys, V., Stankevičiūtė, J., Kalcienė, V., Gėgžna, V., Kavoliūnas, J., Ružauskas, M., & Armalytė, J. (2021). The Impact of Intensive Fish Farming on Pond Sediment Microbiome and Antibiotic Resistance Gene Composition. Frontiers in Veterinary Science, 8. https://doi.org/10.3389/fvets.2021.673756

Ruzauskas, M., Armalytė, J., Lastauskienė, E., Šiugždinienė, R., Klimienė, I., Mockeliūnas, R., & Bartkienė, E. (2021). Microbial and Antimicrobial Resistance Profiles of Microbiota in Common Carps (Cyprinus carpio) from Aquacultured and Wild Fish Populations. Animals, 11(4), 929. https://doi.org/10.3390/ani11040929

Savickaite, A., Druteika, G., Sadauskas, M., Malunavicius, V., Lastauskiene, E., & Gudiukaite, R. (2021). Study of individual domains’ functionality in fused lipolytic biocatalysts based on Geobacillus lipases and esterases. International Journal of Biological Macromolecules, 168, 261–271. https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2020.12.026

Savickaite, A., Sadauskas, M., & Gudiukaite, R. (2021). Immobilized GDEst-95, GDEst-lip and GD-95RM lipolytic enzymes for continuous flow hydrolysis and transesterification reactions. International Journal of Biological Macromolecules, 173, 421–434. https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2021.01.133

2020

Druteika, G., Sadauskas, M., Malunavicius, V., Lastauskiene, E., Statkeviciute, R., Savickaite, A., & Gudiukaite, R. (2020). New Engineered Geobacillus Lipase GD-95RM for Industry Focusing on the Cleaner Production of Fatty Esters and Household Washing Product Formulations. World Journal of Microbiology and Biotechnology, 36(3), 41. https://doi.org/10.1007/s11274-020-02816-3

Druteika, G., Sadauskas, M., Malunavicius, V., Lastauskiene, E., Taujenis, L., Gegeckas, A., & Gudiukaite, R. (2020). Development of a New Geobacillus Lipase Variant GDlip43 via Directed Evolution Leading to Identification of New Activity-Regulating Amino Acids. International Journal of Biological Macromolecules, 151, 1194–1204. https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2019.10.163

Kumar, A., Gudiukaite, R., Gricajeva, A., Sadauskas, M., Malunavicius, V., Kamyab, H., … Pant, D. (2020). Microbial Lipolytic Enzymes – Promising Energy-Efficient Biocatalysts in Bioremediation. Energy, 192, 116674. https://doi.org/10.1016/j.energy.2019.116674

 

Prokariotų molekulinės mikrobiologijos ir taksonomijos laboratorija

Darbuotojų, doktorantų ir studentų publikacijų sąrašas

2025

Bagdonas, M., Stančaitis, L., Urniežius, E., Zakšauskas, A., Mickevičiūtė, A., Kananavičiūtė, R., Rukšėnaitė, A., Juozapaitienė, V., Matulienė, J., Kairys, V., Meyer-Almes, F.-J., Zubrienė, A., & Matulis, D. (2025). Design, synthesis, and binding analysis of target-specific covalent inhibitors of SARS-CoV-2 papain-like protease. European Journal of Medicinal Chemistry Reports. https://doi.org/10.1016/j.ejmcr.2025.100306

Slavinska, A., Jauneikaite, E., Meškytė, U., Kirkliauskienė, A., Misevič, A., Petrutienė, A., & Kuisienė, N. (2025). Genomic characterization of Listeria monocytogenes isolated from normally sterile human body fluids in Lithuania from 2016 to 2021. Microbial Genomics. https://doi.org/10.1099/mgen.0.001410

2024

Slavinska, A., Kowalczyk, M., Kirkliauskienė, A., Vizuje, G., Siedlecki, P., Bikulčienė, J., Tamošiūnienė, K., Petrutienė, A., & Kuisiene, N. (2024). Genetic characterization of Neisseria meningitidis isolates recovered from patients with invasive meningococcal disease in Lithuania. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 14. https://doi.org/10.3389/fcimb.2024.1432197

2023

Šimoliūnas, E., Šimoliūnienė, M., Laskevičiūtė, G., Kvederavičiūtė, K., Skapas, M., Kaupinis, A., Valius, M., Meškys, R., & Kuisienė, N. (2023). Characterization of Parageobacillus Bacteriophage vB_PtoS_NIIg3.2—A Representative of a New Genus within Thermophilic Siphoviruses. International Journal of Molecular Sciences, 24(18), 13980. https://doi.org/10.3390/ijms241813980

Šimoliūnas, E., Šimoliūnienė, M., Laskevičiūtė, G., Kvederavičiūtė, K., Skapas, M., Kaupinis, A., Valius, M., Meškys, R., & Kuisienė, N. (2023). Geobacillus Bacteriophages from Compost Heaps: Representatives of Three New Genera within Thermophilic Siphoviruses. Viruses, 15(8), 1691. https://doi.org/10.3390/v15081691

Bagdonas, M., Čerepenkaitė, K., Mickevičiūtė, A., Kananavičiūtė, R., Grybaitė, B., Anusevičius, K., Rukšėnaitė, A., Kojis, T., Gedgaudas, M., Mickevičius, V., Matulis, D., Zubrienė, A., & Matulienė, J. (2023). Screening, Synthesis and Biochemical Characterization of SARS-CoV-2 Protease Inhibitors. International Journal of Molecular Sciences, 24(17), 13491. https://doi.org/10.3390/ijms241713491

2022

Kirtikliene, T., Mierauskaitė, A., Razmienė, I., & Kuisiene, N. (2022). Genetic Characterization of Multidrug-Resistant E. coli Isolates from Bloodstream Infections in Lithuania. Microorganisms, 10(2), 449. https://doi.org/10.3390/microorganisms10020449

2021

Kirtikliene, T., Mierauskaitė, A., Razmienė, I., & Kuisiene, N. (2021). Multidrug-Resistant Acinetobacter baumannii Genetic Characterization and Spread in Lithuania in 2014, 2016, and 2018. Life, 11(2), 151. https://doi.org/10.3390/life11020151

Lebedeva, J., Jukneviciute, G., Čepaitė, R., Vickackaite, V., Pranckutė, R., & Kuisiene, N. (2021). Genome Mining and Characterization of Biosynthetic Gene Clusters in Two Cave Strains of Paenibacillus sp. Frontiers in Microbiology, 11, 612483. https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.612483

Lukoseviciute, L., Lebedeva, J., & Kuisiene, N. (2021). Diversity of Polyketide Synthases and Nonribosomal Peptide Synthetases Revealed Through Metagenomic Analysis of a Deep Oligotrophic Cave. Microbial Ecology, 81(1), 110–121. https://doi.org/10.1007/s00248-020-01554-1

Voitechovič, E., Stankevičiūtė, J., Vektarienė, A., Vektaris, G., Jančienė, R., Kuisienė, N., Razumienė, J., Meškys, R. (2021). Bioamperometric Systems with Fructose Dehydrogenase From Gluconobacter japonicus for D‐tagatose Monitoring. Electroanalysis, 33(6), 1393–1397. https://doi.org/10.1002/elan.202060573

2020

Kananavičiūtė, R., Kvederavičiūtė, K., Dabkevičienė, D., Mackevičius, G., & Kuisienė, N. (2020). Collagen-like Sequences Encoded by Extremophilic and Extremotolerant Bacteria. Genomics, 112(3), 2271–2281. https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2019.12.023

Taikomosios mikrobiologijos laboratorija

Darbuotojų, doktorantų ir studentų publikacijų sąrašas

2025

Aponienė K., Gricajeva, A., Žarkov, A., Dobužinskas, R., Vitta, P. (2025). Evaluation of visible-light-activated ZnO nanoparticles for sustainable postharvest protection of strawberries. Food Control. https://doi.org/10.1016/j.foodcont.2025.111935

Gruškienė, R., Gricajeva, A., & Sereikaitė, J. (2025). Evaluation of the antimicrobial efficacy of nisin-loaded particles with different surface charges. Probiotics and Antimicrobial Proteins. https://doi.org/10.1007/s12602-025-10737-6

2024

Gricajeva, A., Buchovec, I., Kalėdienė, L., Badokas, K., & Vitta, P. (2024). Evaluation of visible light and natural photosensitizers against Staphylococcus epidermidis and Staphylococcus saprophyticus planktonic cells and biofilm. Heliyon, 10(7), e28811. https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2024.e28811

2023

Bikmurzin, R., Maršalka, A., & Kalėdienė, L. (2023). Solid-State 13C Nuclear Magnetic Resonance Study of Soluble and Insoluble β-Glucans Extracted from Candida lusitaniae. Molecules, 28(24), 8066. https://doi.org/10.3390/molecules28248066

Gricajeva, A., & Kalėdienė, L. (2023). Investigation of amino acids related to Staphylococcus saprophyticus AG1 EstAG1 carboxylesterase catalytic function revealed a new family of bacterial lipolytic enzymes. International Journal of Biological Macromolecules, 235, 123791. https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2023.123791

Koniuchovaitė, A., Petkevičiutė, A., Bernotaitė, E., Gricajeva, A., Gegeckas, A., Kalėdienė, L., & Kaunietis, A. (2023). Novel leaderless bacteriocin geobacillin 6 from thermophilic bacterium Parageobacillus thermoglucosidasius. Frontiers in microbiology. https://doi.org/10.3389/fmicb.2023.1207367.s002 

2022

Bikmurzin, R., Bandzevičiūtė, R., Maršalka, A., Maneikis, A., & Kalėdienė, L. (2022). FT-IR Method Limitations for β-Glucan Analysis. Molecules, 27(14), 4616. https://doi.org/10.3390/molecules27144616

Gricajeva, A., Buchovec, I., Kalėdienė, L., Badokas, K., & Vitta, P. (2022). Riboflavin- and chlorophyllin-based antimicrobial photoinactivation of Brevundimonas sp. ESA1 biofilms. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 12. https://doi.org/10.3389/fcimb.2022.1006723

Gricajeva, A., Nadda, A. K., & Gudiukaite, R. (2022). Insights into polyester plastic biodegradation by carboxyl ester hydrolases. Journal of Chemical Technology & Biotechnology, 97(2), 359–380. https://doi.org/10.1002/jctb.6745

2021

Gudiukaite, R., Nadda, A. K., Gricajeva, A., Shanmugam, S., Nguyen, D. D., & Lam, S. S. (2021). Bioprocesses for the Recovery of Bioenergy and Value-Added Products from Wastewater: A Review. Journal of Environmental Management, 300, 113831. https://doi.org/10.1016/j.jenvman.2021.113831

2020

Buchovec, I., Gricajeva, A., Kalėdienė, L., & Vitta, P. (2020). Antimicrobial Photoinactivation Approach Based on Natural Agents for Control of Bacteria Biofilms in Spacecraft. International Journal of Molecular Sciences, 21(18), 6932. https://doi.org/10.3390/ijms21186932

Kumar, A., Gudiukaite, R., Gricajeva, A., Sadauskas, M., Malunavicius, V., Kamyab, H., … Pant, D. (2020). Microbial Lipolytic Enzymes – Promising Energy-Efficient Biocatalysts in Bioremediation. Energy, 192, 116674. https://doi.org/10.1016/j.energy.2019.116674

 

Mokslo komunikacija visuomenei

Smart FM radio laida „Ateities kompasas“ – interviu apie Mikrobiologijos bakalauro studijų programą su dr. Renata Gudiukaite ir dr. Alisa Gricajeva (2025)
https://open.spotify.com/episode/4KVqg3k1lhFVY5wMJvggXB?si=8DQMtl9QRT-XiSORrbQ6BQ

LRT laida „Smalsumo genas“ – interviu apie bakterijų kvorumo jutimą su dr. Alisa Gricajeva (2025)
https://www.lrt.lt/mediateka/video/smalsumo-genas?episode=2000381775&season=%2Fmediateka%2Fvideo%2Fsmalsumo-genas%2F2025&page=2

LRT radio laida “10-12” – interviu apie fermentaciją ir jos svarbą su dr. Renata Gudiukaite (2024):
Laidos įrašas: https://www.lrt.lt/mediateka/irasas/2000352960/rauginimo-patarimais-pasidalinusi-mokslininke-gerai-paruostas-produktas-gali-zudyti-ligas
Laidos santraukos publikacija: https://www.lrt.lt/naujienos/gyvenimas/13/2332100/mokslininke-apie-rauginta-maista-valgome-mikroorganizmu-pasalintus-produktus?

RadioVilnius laida “Mink mitą” – interviu apie fermentaciją su dr. Alisa Gricajeva (2024)
https://radiovilnius.live/apie-fermentacija-su-dr-alisa-gricajeva/

Interviu apie maisto išsaugojimą Maisto Bankui su dr. Alisa Gricajeva (2024)
https://www.maistobankas.lt/turite-daug-vaisiu-ir-darzoviu-mokslininke-atskleide-kaip-islaikyti-juos-ilgiau-neprarandant-vitaminu/
https://www.lrytas.lt/skonis/virtuves-gudrybes/2024/07/31/news/turite-daug-vaisiu-ir-darzoviu-mokslininke-atskleide-kaip-islaikyti-juos-ilgiau-neprarandant-vitaminu-33290367

Publikacija “Archėjos – ypatingos mikroorganizmų pasaulio atstovės (2024)
https://www.lrytas.lt/it/laboratorija/2024/09/03/news/archejos-ypatingos-mikroorganizmu-pasaulio-atstoves-34011294

2017-dabar – dalyvavimas Mokslo festivalyje Erdvėlaivis Žemė:

• Tarptautinė mikroorganizmų diena 2025; „Mikroorganizmų mugė: mus supantis pasaulis iš arčiau“, https://www.mokslofestivalis.eu/renginys/2025/mikroorganizmu-muge-mus-supantis-pasaulis-is-arciau/
• Tarptautinė mikroorganizmų diena 2024; Praktiniai užsiėmiai “Mikroorganizmai iš arčiau”, https://www.mokslofestivalis.eu/renginys/2024/mikroorganizmai-is-arciau-2/
  https://www.mokslofestivalis.eu/xxi-mokslo-festivalis-erdvelaivis-zeme-pristato-doc-dr-renata-gudiukaite/

iGEM komandos renginiai:

• „Mokslas ir menas: bakterijos, saugančios istoriją“ 2025
  https://www.facebook.com/photo?fbid=1090408696411254&set=gm.1906537376579255&idorvanity=1884192545480405
• SynFolk renginys „Rūgutis“, diskusija “Fermentacijos ABC” 2024
  https://www.facebook.com/photo/?fbid=808588034593323&set=gm.421934830891050&idorvanity=409413135476553&locale=lt_LT

Digigreen konferencija 2024
https://www.gmc.vu.lt/apie-gmc/naujienos/3723-vu-gyvybes-mokslu-centro-mokslininkai-digigreen-2024-konferencijoje-pristate-inovatyvius-sprendimus-plastiko-tarsai-mazinti
https://naujienos.vu.lt/vu-gmc-mokslininkai-digigreen-2024-konferencijoje-pristate-fermentus-poliesteriniams-plastikams-skaidyti/

2024-dabar – dalyvavimas VU Alumnų festivalyje (praktinės veiklos dalyviams)

2022-dabar – dalyvavimas COINS konferencijoje (veiklos visuomenei ir moksleiviams)

Studijų ir karjeros krypties pristatymas bei veiklos su moksleiviais

2022-dabar – Ekskursijos moksleiviams
https://www.gmc.vu.lt/gmc-jums/edukacija-moksleiviams/susipazink-su-institutais

2019-dabar – dalyvavimas Aukštųjų mokyklų mugėje „Karjera & Studijos“

2018-dabar – studijų pažinimo diena “Studentas vienai dienai” (paskaitos, laboratoriniai darbai)

2018-dabar – veiklos ir paskaitos Jaunųjų biochemikų mokyklos dalyviams

Švietimo specialistų kvalifikacijos stiprinimas

2024-dabar – rengiami mokymai STEAM mokytojams-metodininkams (kartu su Lietuvos mikrobiologų draugija (LMD):

• „Mikroorganizmų biocheminiai ypatumai“ (2025), https://mikrobiologija.lt/steam-centru-metodininku-mokymai-copy
• “Mikroorganizmai iš arčiau“ (2024)
  https://mikrobiologija.lt/mokymai-steam-centru-metodininkams