Aktualūs renginiai
2022-06-23
14 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) GRETA BIGELYTĖ gins daktaro disertaciją „Mažosios CRISPR-Cas nukleazės: nuo charakterizavimo iki pritaikymo”. Moksliniai vadovai: Dr. Giedrius Gasiūnas, nuo 2017 10 01 iki 2021 05 21. Dr. Tautvydas Karvelis. Mokslinis konsultantas – prof. dr. Virginijus Šikšnys.
Disertacijos anotacija: Prokariotinės CRISPR-Cas – angl. clustered regularly interspaced short palindromic repeats and CRISPR associated, sistemos suteikia adaptyvią apsaugą prieš svetimas nukleorūgštis. RNR molekulėmis programuojamos CRISPR-Cas nukleazės gali būti nukreiptos perkirpti bet kurį dvigrandinį (dg) DNR taikinį, todėl šios nukleazės yra plačiai pritaikomos genomo redagavimo srityje. Vis dėl to, dažniausiai naudojamų Cas9 ir Cas12a baltymų dydis (1300 – 1500 aminorūgštys) išlieka viena didžiausių kliūčių, ribojančių jų pristatymą į tikslines ląsteles. Neseniai atrastos, perpus mažesnės nei Cas9 ir Cas12a, Cas12f nukleazės tapo patrauklia alternatyva šiai problemai išspręsti. Šioje disertacijoje pristatoma 10 išskirtinai kompaktiškų (422–603 aminorūgščių) CRISPR–Cas12f nukleazių. Taip pat pirmą kartą parodėme, kad Cas12f baltymai kerpa dgDNR nuo PAM (angl. protospacer adjacent motif) priklausomu būdu. Dvi, Syntrophomonas palmitatica (Sp) ir Acidibacillus sulfuroxidans (As), Cas12f1 nukleazės sėkmingai riboja plazmidžių transformaciją į heterologines Escherichia coli ląsteles. Todėl būtent šios, SpCas12f1 ir AsCas12f1, nukleazės buvo atrinktos tolimesniam biocheminiam charakterizavimui, kuris leido pademonstruoti sėkmingą genominių DNR taikinių kirpimą žmogaus ir augalų ląstelėse su SpCas12f1. Apibendrinant, šios savybės atveria kelią miniatiūrinių Cas12f pagrindu veikiančių genomo redagavimo įrankių kūrimui.
2022-06-17
14 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) LAURYNAS VILYS gins daktaro disertaciją „Pre-iRNR splaisingo ir jį reguliuojančių veiksnių hipoksinėje ląstelių mikroaplinkoje tyrimai”. Mokslinis konsultantas – dr. Arvydas Kanopka.
Disertacijos anotacija: Hipoksija – terminas, apibūdinantis sumažėjusį deguonies kiekį ląstelės mikroaplinkoje, kuomet jo nebepakanka normalioms ląstelės funkcijoms palaikyti. Hipoksija dažniausiai yra patologinė būsena, pasireiškianti sergant išeminėmis ligomis bei vėžiu ir turi įtakos neurodegeneracinių ligų progresavimui. Vienas iš atsako į hipoksiją kelių yra pakitusi baltymų izoformų, susidarančių alternatyvaus pre-iRNR splaisingo būdu, raiška. Pre-iRNR splaisingas yra vienas iš iRNR brendimo etapų, kuriame iš pre-iRNR pašalinami intronai ir sujungiami egzonai. Alternatyvusis splaisingas – tai procesas, kuomet iš vienos pre-iRNR gali susidaryti skirtingas ar net priešingas funkcijas atliekantys baltymai. Alternatyvusis splaisingas sukuria baltymų įvairovę, tačiau pokyčiai splaisinge taip pat gali nulemti ir ligų atsiradimą.
Šiame darbe ištirtas su neurodegeneracinėmis ligomis siejamų genų APP ir TAU alternatyvusis pre-iRNR splaisingas bei jo priklausomybė nuo hipoksinės ląstelės mikroaplinkos. Taip pat parodoma, kad ne tik splaisingo veiksnių raiškos pokyčiai reguliuoja nuo hipoksijos priklausomą FAS geno 6 egzono įtraukimą ar praleidimą į bręstančią iRNR. Labai svarbų vaidmenį alternatyvaus splaisingo reguliacijoje turi ir splaisingo veiksnių modifikacijos lygis. Šiame darbe aptariamas atrastas nuo hipoksijos priklausomo pre-iRNR splaisingo reguliavimo mechanizmas, kuris gali būti vienas iš pagrindinių, reguliuojančių šį procesą.
2022-06-08
10 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) INDRĖ ALEKNAVIČIENĖ gins daktaro disertaciją „Adsorbuotų biomolekulių tyrimas naudojant naujus Raman sklaidą stiprinančius paviršius”. Mokslinis vadovas – dr. Gintaras Valinčius.
Disertacijos anotacija: Šio disertacinio darbo tikslas buvo sukurti biomolekulių analizei tinkamus sidabrinius SERS substratus ir juos panaudoti tiriant mišrių inkarinių monosluoksnių pritaikomumą funkcionaliems paviršiuje imobilizuotų dvisluoksnių lipidinių membranų (tBLM) modeliams ant sidabro konstruoti. Darbe pristatėme naują SERS substratų paruošimo būdą, naudojant plačiai paplitusią pigią žaliavą – natrio-kalcio silikatinį stiklą. Šiuo metodu galima greitai pagaminti didelius kiekius tolygios, atsikartojančios nanostruktūros paviršių, kuriuos padengus sidabro dangą, gaunami substratai tinkami SERS matavimams. Pasiektas optimalus SERS signalo stiprinimo faktorius, kuris vidutiniškai siekia ~ 3 ´ 105 visame aktyviajame substrato plote. Naudojant šiuos SERS substratus sukūrėme ir charakterizavome naujus pasirinktus skirtingus mišrius savitvarkius monosluoksnius, kurie galėtų būti taikomi tBLM modelių konstravimui ant sidabro dangos, nesukeliant jos korozijos bei užtikrinant stabilumą laike. Pasitelkę elektrocheminio impedanso spektroskopijos (EIS) metodą, įrodėme, kad taikant mūsų pasirinktus mišrius savitvarkius monosluoknius, galime suformuoti funkcionalius ir biologiškai tikroviškus biologinių membranų modelius ant sidabro, kurie galėtų būti taikomi analitiniams biocheminiams tyrimams.
Praėję renginiai
2022-05-16
10 val. vyks Biologijos mokslo krypties doktoranto J. Danilov disertacijos „Eulachnini Baker, 1920 (Hemiptera: Aphididae, Lachninae) biosistematiniai tyrimai Lietuvoje” svarstyme padalinyje (vadovas – prof. habil. dr. R. Rakauskas, konsultantė - dr. J. Havelka), kurį stebėti galite R-401 auditorijoje arba naudojantis šia nuoroda
2022-05-12
14 val. vyks Astos Lučiūnaitės eksternu parengtos disertacijos „Makrofagų aktyvacijos molekulinių mechanizmų tyrimai” svarstyme Biochemijos komitete (konsultantė – prof. dr. A. Žvirblienė), kurį stebėti naudojantis šia nuoroda
2022-04-29
12 val. vyks Joanos Smirnovienės parengtos disertacijos „Slopiklių atpažinimo perjungimas, panaudojant chimerinių karboanhidrazių izofermentų inžineriją” svarstymas padalinyje (vadovas – prof. dr. D. Matulis), kurį stebėti galite R-401 auditorijoje arba naudojantis šia nuoroda
2022-04-27
13 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) NERINGA DAUGELAVIČIENĖ gins daktaro disertaciją „Pirminių keratinocitų ir epidermoidinės karcinomos ląstelių atsako į fotodinaminį poveikį tyrimas”. Mokslinė vadovė – doc. dr. Aušra Sasnauskienė.
Disertacijos anotacija: Fotodinaminė (FD) terapija – veiksmingas ląstelių naikinimo būdas, taikomas gydyti ikivėžinius odos susirgimus ir odos vėžį. FD poveikis vėžinėms ląstelėms yra išsamiai ištirtas, tačiau taikant FD terapiją dažnai paveikiamos ir sveikos, naviką supančios, ląstelės.
Disertacijos gynimą stebėti galite naudodamiesi šia nuoroda.
2022-04-20
13 val. vyks Lauryno Vilio eksternu parengtos disertacijos „Nuo deguonies kiekio ląstelės mikroaplinkoje priklausomo pre-iRNR splaisingo reguliacinių veiksnių nustatymas ir jų tyrimas” svarstymas išplėstiniame komiteto posėdyje (vadovas – dr. A. Kanopka), kurį stebėti galite naudojantis šia nuoroda
2022-04-14
10 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) SIGITA MĖLYNYTĖ gins daktaro disertaciją „ Klausos stimulų sukelto elektrinio smegenų aktyvumo lytinių skirtumų įvertinimas – N2 ir P3 bangų tyrimas”. Mokslinė vadovė – dr. Inga Griškova-Bulanova.
Disertacijos anotacija: Klausos stimulų sukelti su įvykiu susiję potencialai (SĮSP) – tai elektroencefalografijos pagalba užregistruoti smegenų elektriniai atsakai į klausos stimulą tam tikros užduoties metu. SĮSP bangos P3 ir N2 leidžia įvertinti kognityviuosius gebėjimus kaip dėmesys, darbinė atmintis ir atsako slopinimas. Jos yra randamos pakitę psichikos sutrikimu metu, ir nors šių sutrikimų paplitimas, taip pat ir klausos sistemos struktūros ir funkcijos skiriasi tarp vyrų ir moterų, lyties įtaka moksliniuose tyrimuose vis dar dažnai ignoruojama. Disertacijoje norėta įvertinti, kaip lytis įtakoja sveikų tiriamųjų klausos N2 ir P3 bangas, iššauktas paprastomis užduotimis (kurios gali būti potencialiai panaudojamos psichiatrijoje). Buvo atliktas eksperimentinis tyrimas ir sisteminė straipsnių apžvalga. Eksperimento, kuriame naudota lygių tikimybių Go-NoGo užduotis, rezultatai parodė, kad moterų P3 amplitudės Go sąlygoje (kai reikėjo inicijuoti motorinį atsaką) buvo didesnės už vyrų, o NoGo (kai reikėjo slopinti norimą atlikti veiksmą) – nesiskyrė tarp lyčių; N2 amplitudėse lytinių skirtumų nerasta, o moterų N2 ir P3 latencijos buvo ilgesnės už vyrų. Taip pat buvo atlikta sisteminė mokslinių straipsnių apžvalga apie P3 bangos lytinius skirtumus. Ji atskleidė galimą lyties įtaką P3 amplitudei; visgi rezultatai nėra pilnai aiškūs, nes pusėje straipsnių amplitudės buvo didesnės moterims nei vyrams, o kitoje pusėje – vienodos. P3 latencijos tarp lyčių nesiskyrė.
Disertacijos gynimą stebėti galite naudodamiesi šia nuoroda.
2022-04-13
13 val. vyks Indrės Aleknavičienės eksternu parengtos disertacijos „Adsorbuotų biomolekulių tyrimas, naudojant naujus Raman sklaidą stiprinančius paviršius” svarstymas išplėstiniame komiteto posėdyje (vadovas – dr. G. Valinčius), kurį stebėti galite naudojantis šia nuoroda.
2022-03-30
16 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) TADAS PENKAUSKAS gins daktaro disertaciją „ Poras formuojančių toksinų fosfolipidinei membranai sukeltos pažaidos tyrimai”. Mokslinis konsultantas – dr. Gintaras Valinčius.
Disertacijos anotacija: Ląstelei ir visam organizmui gyvybiškai svarbi plazminė membrana tampa daugelio kenksmingų išorės veiksnių ar ligų sukėlėjų veikimo taikiniu. Ligas, pasižyminčias dideliu sergamumu ir mirtingumu, sukelia bakterijos, sekretuojančios poras formuojančius toksinus (PFTs), kurie pažeidžia atakuojamos ląstelės membraną. Biologinių membranų kompleksiškumas yra kliūtis jų tiesioginiam panaudojimui tyrimams, todėl dirbtiniai membranų modeliai tapo patrauklia alternatyva. Modelinių sistemų įvairovėje išsiskiria prie aukso paviršiaus prikabintos fosfolipidinės membranos (tBLMs).
Šiame darbe optimizuotos sąlygos biologiškai tikroviškų tBLM sukonstravimui ir įvertintas jų tinkamumas membraninių baltymų tyrimams elektrocheminio impedanso spektroskopijos (EIS) metodu bei praktiniam pritaikymui biojutiklių kūrime. Darbe pademonstruota galimybė nesudėtingai manipuliuoti suformuotos tBLM sudėtimi ir funkcinėmis savybėmis. Tai leido padidinti tBLM sistemos jautrumą ir gauti elektrocheminį signalą, naudojant itin mažas (pmol/L) toksinų koncentracijas. Nustatyta, kad įvairūs lipidiniai ir nelipidiniai membranos komponentai nulemia esminius struktūriškai labai panašių toksinų poveikio skirtumus. Tarpdisciplininių tyrimu metu, panaudojant matematinį modeliavimą, darbe parodyta, jog EIS metodu galima įvertinti ne tik toksinų pažaidos mastą, defektų dydį ir tankį, bet ir gauti struktūrinę informaciją apie jų pasiskirstymą membranoje. tBLM ir EIS naudojimo toksinų nustatymui paprastumas, sąlyginis pigumas ir greitumas turėtų praktinį pritaikymą ligų diagnostikoje.
Disertacijos gynimą stebėti galite naudodamiesi šia nuoroda.
2022-03-04
13 val. vyks Neringos Daugelavičienės eksternu parengtos disertacijos „Pirminių keratinocitų ir epidermoidinės karcinomos ląstelių atsako į fotodinaminį poveikį tyrimas” svarstymas išplėstiniame komiteto posėdyje (vadovė – dr. A. Sasnauskienė), kurį stebėti galite naudojantis šia nuoroda
2022-03-02
13 val. vyks Gretos Bigelytės parengtos disertacijos “Mažosios CRISPR-CAS nukleazės: nuo charakterizavimo iki pritaikymo" svarstymas padalinyje (vadovas – dr. T. Karvelis), kurį stebėti galite naudojantis šia nuoroda
2022-02-25
14 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) AISTĖ ZENTELYTĖ gins daktaro disertaciją „Vaisiaus vandenų kamieninių ląstelių diferenciacijos molekuliniai tyrimai sveikų nėštumų ir nėštumų su vaisiaus patologija atvejais”. Mokslinė vadovė – dr. Veronika Viktorija Borutinskaitė, konsultantė – prof. dr. Rūta Navakauskienė.
Disertacijos anotacija: Didėjant nėščiųjų ir gimdyvių amžiui, didėja ir chromosominių ar genetinių susirgimų bei persileidimų rizika. Kamieninės ląstelės, tarp kurių ir vaisiaus vandenų kamieninės ląstelės (VVKL), galėtų būti panaudojamos terapiniais tikslais prenataliu ar neonataliniu laikotarpiu. Disertacijoje pristatomų darbų metu vykdyti tyrimai, kurių metu tirtos ir palygintos sveikų nėštumų ir nėštumų su vaisiaus patologija VVKL, jų charakteristikos, diferenciacijos riebaline, kauline, raumenine bei nervine kryptimis potencialas. Parodėme, jog sveiko nėštumo (2-asis trimestras) bei ankstyvojo nėštumo su vaisiaus patologija (2-asis trimestras) VVKL yra panašios savo kamieniškumo savybėmis bei potencialu visomis tirtomis diferenciacijos kryptimis. Tuo tarpu ištyrus sveiko (2-asis trimestras) ir polihidramniono (vaisiaus patologija, 3-asis trimestras) nėštumų VVKL, nustatėme kamieniškumo genų ir baltymų raiškos, metabolinio ir energetinio ląstelių fenotipo bei diferenciacijos nervine kryptimi potencialo skirtumus tarp abiejų šaltinių VVKL. Taip pat parodėme, kad mažosios molekulės ir jų kombinacijos galėtų būti naudojamos VVKL nervinės diferenciacijos efektyvumui pagerinti. Atlikti tyrimai itin aktualūs, kadangi vaisiaus vandenys yra labai perspektyvus kamieninių ląstelių šaltinis, o apie nėštumų su vaisiaus patologija VVKL ir jų pritaikomumo, kaip autogeninio kamieninių ląstelių šaltinio, potencialą regeneracinėje medicinoje žinoma dar nedaug.
Disertacijos gynimą stebėti galite naudodamiesi šia nuoroda.
2022-02-09
15 val. vyks Tado Penkausko eksternu parengtos disertacijos „Poras formuojančių toksinų fosfolipidinei membranai sukeltos pažaidos tyrimai” svarstymas išplėstiniame komiteto posėdyje (vadovas – dr. G. Valinčius).
2022-02-04
14 val. VU Gyvybės mokslų centro disertantas POVILAS GIBAS gins daktaro disertaciją „Statistiniai ir kompiuteriniai metodai didelės našos epigenominių duomenų analizei” (anglų kalba). Mokslinis vadovas – prof. habil. dr. Saulius Klimašauskas.
Disertacijos anotacija: Epigenetiniai mechanizmai, tokie kaip DNR modifikacijos, atlieka svarbų vaidmenį praktiškai visuose gyvuose organizmuose. Nepaisant DNR modifikacijų svarbos, daugybė sunkumų, susijusių su epigenetinių profilių nustatymu ir apibūdinimu, atgraso tyrėjus nuo šio tyrimų kelio.
TOP-seq yra pirmasis DNR sekoskaitos metodas, naudojantis kovalentį nemodifikuotų individualių CG vietų žymėjimą, po kurio DNR polimerazė pradeda sintezę. Šis DNR sekoskaitos metodas apjungia nemodifikuotos DNR frakcijos praturtinimą, vienos bazės skiriamąją gebą ir grandinės specifiškumą. Šiuo metu yra išvystyta ir keletas kitų TOP-seq paremtų sekoskaitos metodų, kurie geba identifikuoti ir kitas DNR modifikacijas.
Tačiau norint pilnai išnaudoti visas šių metodų galimybes, reikalingas tinkamų statistinių ir kompiuterinių metodų rinkinys. Šiame darbe yra pateikiamos strategijos, kaip išspręsti naujus iššūkius, kylančius dėl labai specifinio TOP-seq duomenų tipo. Šis tyrimas paremtas trimis pagrindinėmis dalimis: projektavimas, tobulinimas, taikymas. Projektavimo dalyje pristatome duomenų apdorojimo strategiją, kuri paverčia pirminius TOP-seq epigenominius duomenis į CG pozicijų padengimo signalą. Tobulinimo dalyje pasiūlome ir integruojame tris signalo transformacijas, kurios pagerina praturtinimu paremtų epigenomikos metodų signalą. Galiausiai taikymo dalyje pateikiame kelis tyrimų atvejus, kuriuose TOP-seq signalas gali būti naudojamas biologinei informacijai gauti.
Disertacijos gynimą stebėti galite naudodamiesi šia nuoroda.
2022-02-02
10 val. vyks Manto Žiaunio parengtos disertacijos “Amiloidofilinių molekulių sąveika su baltymų amiloidinėmis fibrilėmis" svarstymas padalinyje anglų kalba (vadovas – dr. V. Smirnovas), kurį stebėti galite naudojantis šia nuoroda
2022-01-28
11 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) ALIONA AVIŽINIENĖ gins daktaro disertaciją „Bakteriofago vB_EcoS_NBD2 kilmės nanovamzdelių pritaikymas baltyminių fragmentų eksponavimui”. Mokslinis vadovas – dr. Rasa Petraitytė-Burneikienė.
Disertacijos anotacija: Savaime susirenkančios virusinės nanostruktūros gali būti naudojamos kaip nešikliai baltyminių fragmentų eksponavimui kuriant saugias ir efektyvias vakcinas. Disertacijoje aprašomi bakteriofago vB_EcoS_NBD2 ataugos vamzdelio baltymo gp39 formuojamų nanovamzdelių charakterizavimo ir jų pritaikymo baltyminių fragmentų eksponavimui galimybių tyrimai. Saccharomyces cerevisiae mielėse susintetintas baltymas gp39 formavo nanovamzdelius, buvo nustatytos jų savaiminiam susirinkimui svarbios gp39 dalys, įvertintas nanovamzdelių stabilumas ir imunogeniškumas. Šio tyrimo metu buvo nustatyta, kad baltymas gp39 gali formuoti nanovamzdelius kai baltyminiai fragmentai yra prijungiami prie jo C galo, tačiau chimerinių baltymų savaiminis susirinkimas į nanostruktūras priklauso nuo prijungiamo baltyminio fragmento fizikinių ir cheminių savybių visumos. Apibūdintos gp39 toleruojamų baltyminių fragmentų savybės yra svarbios pritaikant nanovamzdelius chimerinių baltymų, sėkmingai eksponuojančių prie jų prijungtas baltymų dalis, kūrimui. Baltymo gp39 nanovamzdeliai buvo pritaikyti oportunistinio patogeno Acinetobacter baumannii baltymo OmpA fragmentų eksponavimui. Atlikti tyrimai yra ypač aktualūs, nes šie chimeriniai nanovamzdeliai yra potencialus įrankis imuninio atsako sužadinimui prieš ant jų eksponuojamą OmpA fragmentą ir gali būti tinkamas vakcinos kandidatas prieš gydymo įstaigose sparčiai plintančią ir daugeliui antibiotikų atsparią A. baumannii bakteriją.
Disertacijos gynimą stebėti galite naudodamiesi šia nuoroda.
2021-12-22
14 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) RAIMONDA KUBILIŪTĖ gins daktaro disertaciją „Šviesių ląstelių inkstų karcinomos diagnostiniai ir prognostiniai DNR metilinimo žymenys”. Mokslinis vadovas – prof. dr. Sonata Jarmalaitė.
Disertacijos anotacija: Lietuvoje sergamumas inkstų vėžiu yra didžiausias pasaulyje ir sudaro 5 proc. visų vėžio atvejų. Šviesių ląstelių inkstų karcinoma yra labiausiai papilitęs inkstų vėžio potipis, pasižymintis didžiausiu mirtingumu tarp visų urogenitalinės kilmės navikų. Šio tyrimo tikslas buvo identifikuoti ir validuoti naujus šlapime aptinkamus inkstų vėžiui specifinius DNR metilinimo biožymenis, pagerinančių ankstyvą ligos diagnostiką ir eigos prognozavimą.
Visą genomą apimanti DNR metilinimo profilio analizė mikrogardelių metodu inkstų audiniuose leido identifikuoti naujus potencialius inkstų vėžiui specifinius DNR metilinimo biožymenis, turinčius vidutinį ir aukštą diagnostinį ir prognostinį potencialą. Nustatyti DNR metilinimo pokyčiai reguliacinėse baltymus koduojančių genų srityse buvo aptikti ir ligonių šlapimo mėginiuose kur jų diagnostinė ir prognostinė vertė pranoko anksčiau aprašytus potencialius inkstų vėžio biožymenis ir net kai kuriuos šiuo metu praktikoje taikomus rodiklius. Taigi, gauti rezultatai atskleidė atrinktų genų kaip neinvazinių ligos biožymenų potencialą, kurie gali būti panaudoti tolimesniam šlapimu pagrįsto inkstų vėžio testo kūrimui.
Nors papildomi validavimo etapai yra būtini, siekiant patvirtinti tirtų biožymenų klinikinę reikšmę, gauti rezultatai yra daug žadantys ir tikėtina, paskatins tolimesnius tyrimus, priartinančius šiuos žymenis prie panaudojimo klinikinėje praktikoje.
Disertacijos gynimą stebėti galite naudodamiesi šia nuoroda.
2021-12-10
10 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) MILDA MICKUTĖ gins daktaro disertaciją „Viengrandines mažąsias RNR modifikuojančių gyvūnų Hen1 metiltransferazių taikymas RNR žymėjimui ir sekoskaitai”. Mokslinis konsultantas – prof. dr. Giedrius Vilkaitis.
Disertacijos anotacija: Gyvūnų Hen1 metiltransferazės – tai iš N-galinio metiltransferazinio domeno ir nežinomos funkcijos C-galinės srities sudaryti fermentai, katalizuojantys nuo S-adenozil-L-metionino (AdoMet) priklausomą mažųjų nekoduojančių RNR 3'-galinio nukleotido 2'-O-ribozės metilinimą. Pastaroji modifikacija apsaugo mažąsias RNR nuo degradacijos, o Hen1 baltymo trūkumas jo nesintetinančiuose organizmuose sukelia nepageidaujamus fenotipinius pokyčius. Šio darbo metu pirmą kartą išsamiai aprašėme gyvūnų Hen1 metiltransferazių vykdomas fermentines reakcijas: atradome, jog Drosophila melanogaster DmHen1 ir Homo sapiens HsHen1 pasižymi nuo Co2+ ir Co3+ jonų priklausomu fermentiniu aktyvumu; nustatėme, jog in vitro sąlygomis tiriami baltymai gali pernešti už metilo grupę didesnes šonines grandines nuo sintetinių kofaktoriaus analogų ant ne tik gamtinių 22-28 nt, bet ir ilgesnių RNR substratų; parodėme, jog DmHen1 C-galinė sritis nėra būtina ir net slopina fermentinį baltymo aktyvumą. Atliktų tyrimų metu DmHen1 ir C-galinės srities neturintį baltymo variantą, DmHen1ΔC, pritaikėme viengrandinės RNR 3'-galo žymėjimui vieno ir dviejų žingsnių metodu ir po jo sekančiam RNR vizualizavimui, praturtinimui ir kopijinės DNR (kDNR) sintezei. Remdamiesi pastarąja reakcija, sukūrėme mDOT-seq (angl. methyltransferase-Directed Orthogonal Tagging and RNA sequencing) – viengrandinės RNR sekoskaitai skirtą kDNR bibliotekos paruošimo metodą. Pritaikę mDOT-seq ne tik parodėme, jog šis metodas gali būti pasitelktas mažųjų eukariotinių RNR sekoskaitai (pvz., mikroRNR ar siRNR), bet ir pirmą kartą charakterizavome 50-500 nt probiotinės Lactobacillus casei BL23 bakterijos mažąsias reguliacines RNR.
Disertacijos gynimą stebėti galite naudodamiesi šia nuoroda.
2021-11-25
14 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) ERNA DENKOVSKIENĖ gins daktaro disertaciją „Indukuojamų raiškos sistemų, skirtų griežtam Agrobacterium tumefaciens T-DNR pernašos reguliavimui augalų laikinos raiškos sistemose, konstravimas”. Mokslinė konsultantė – dr. Aušra Ražanskienė.
Disertacijos anotacija: Augalai yra pripažinti rekombinantinių baltymų raiškos šeimininkai. Vienas iš baltymų gamybos augaluose būdų yra Agrobacterium tumefaciens bakterijų tarpininkaujama laikina transgenų raiška augalų audiniuose. Nors augalų transfekcija agrobakterijomis plačiai taikoma uždarose patalpose, jos naudojimas transfekcijai atviruose laukuose būtų ekonomiškai efektyvesnis. Tačiau susiduriama su biosaugumo problemomis, nes naudojamos genetiškai modifikuotos A. tumefaciens bakterijos, galinčios paplisti gamtoje, transfekuoti netikslinius augalus. Transfekcijos biosaugumą galima padidinti kontroliuojant DNR fragmentų pernašą iš agrobakterijų į augalus. Disertacijos tyrimų tikslas buvo sukonstruoti ir įvertinti indukuojamos raiškos sistemas, skirtas T-DNR pernašos kontrolei. Sukonstravome chemiškai indukuojamas agrobakterijų virulentiškumo veiksnio virE2 ir toksino pemK ir antitoksino pemI, priklausančių toksino-antitoksino (TA) moduliui pemIK, raiškos sistemas agrobakterijose. Šiose sistemose reguliuodami genų raišką, pasiekėme griežtą T-DNR pernašos kontrolę iš A. tumefaciens į modelinius Nicotiana benthamiana augalus. Indukuojamai genų raiškai įvertinome kelių IPTG ir kumine rūgštimi indukuojamų promotorių aktyvumą ir kontrolę agrobakterijose, sukonstravome naujus aktyvius ir mažai pralaidžius kumine rūgštimi indukuojamus promotorius. Taip pat A. tumefaciens genome nustatėme naujus TA modulius, patvirtinome jiems priklausančių toksinų Dead, PIN, VapC ir PemK aktyvumą prieš agrobakterijas.
Disertacijos gynimą stebėti galite naudodamiesi šia nuoroda.
2021-11-22
15 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) ŽANA KAPUSTINA gins daktaro disertaciją „Modifikuotų nukleotidų taikymas plataus masto nukleorūgščių analizei”. Mokslinis vadovas – prof. dr. Arvydas Lubys.
Disertacijos anotacija: Sintetiniai modifikuoti nukleotidai plačiai taikomi įvairiose srityse. Šioje disertacijoje buvo tiriamos oligonukleotidais modifikuotų 2′,3′-dideoksiribonukleozidų 5′-trifosfatų savybės ir pritaikomumo nukleorūgščių analizei galimybės, ypatingą dėmesį skiriant DNR ir kDNR molekulių žymėjimui NKS paremtiems taikymams. Parodyta, kad oligonukleotidines modifikacijas turintys ddNTP yra tinkami substratai A, B ir X šeimų DNR polimerazėms, taip pat atvirkštinėms transkriptazėms. In vitro evoliucijos būdu atrinktas T7 RNR polimerazės mutantas, pasižymintis mažesniu selektyvumu substratams, gebėjo sintetinti chimerines nukleorūgštis, žymėtas modifikuotais terminatoriais. Taip pat identifikuotos DNR polimerazės, gebančios vykdyti sintezę per nenatūralią jungtį tarp modifikacijos ir ddNTP nukleobazės. Chemofermentinius metodus jau anksčiau buvo bandoma pritaikyti nukleorūgščių paruošimui NKS, tačiau prastos išeigos ir komplikuotos procedūros trukdo jų platesniam pripažinimui. Šiame darbe modifikuoti terminatoriai atliko iškart dvi NKS bibliotekų paruošimui svarbias funkcijas – generavo atsitiktinėse vietose terminuotus DNR ir kDNR fragmentus ir žymėjo visus fragmentus sekoskaitos adapteriais. Tai leido sukurti naujus DNR ir RNR sekoskaitos metodus, kurių protokolai yra greiti ir paprasti, o gaunami duomenys yra aukštos kokybės. Darbe pristatomi du pagrindiniai modifikuotų terminatorių pagrindu sukurti metodai: naujas mikrobiomo analizės metodas st16S-seq ir naujas genų raiškos analizės metodas MTAS-seq. Taigi, šis darbas siūlo oligonukleotidais modifikuotus ddNTP kaip patrauklų įrankį plataus masto nukleorūgščių analizei.
Disertacijos gynimą stebėti galite naudodamiesi šia nuoroda.
2021-11-19:
lapkričio nuo 11 val. vyks Aistės Zentelytės disertacijos "Vaisiaus vandenų kamieninių ląstelių diferenciacijos molekuliniai tyrimai sveikų nėštumų ir nėštumų su vaisiaus patologija atvejais" svarstymas.
Disertacijos svarstymą stebėti galite naudodamiesi šia nuoroda.
2021-11-15
10 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) INGA SONGAILIENĖ gins daktaro disertaciją „Bakterijų gynybinės salos: CRISPR-Cas ir toksino-antitoksino sistemos”. Mokslinis konsultantas – prof. dr. Virginijus Šikšnys.
Disertacijos anotacija: Dėl pastovaus evoliucinio spaudimo bakterijos įgijo gynybos sistemas prieš jas atakuojančių virusų (bakteriofagų) DNR ir RNR molekules. Fundamentaliųjų šių gynybos sistemų tyrimų metu buvo atrasti tokie genomų inžinerijos įrankiai kaip restrikcijos endonukleazės, bakterijų argonautai ir CRISPR-Cas sistemos. CRISPR-Cas sistemos yra aptinkamos genomų regionuose, vadinamuose „gynybinėmis salomis“, kur aptinkama dauguma priešvirusinių sistemų. Disertacijoje pristatomų tyrimų tikslas yra suprasti I tipo CRISPR-Cas ir su CRISPR-Cas asocijuotų toksino-antitoksino sistemų veikimą. Pirmoje disertacijos dalyje aprašomi fundamentalūs 1 klasės, I-E ir I-F tipo sistemų tyrimai siekiant atskleisti jų dgDNR taikinio atpažinimo ir skaidymo etapus. Panaudojant biocheminius ir pavienių molekulių tyrimų metodus parodyta, jog I-E ir I-F tipo sistemos atpažįsta savo dgDNR taikinius vienkrypčiu DNR išvyniojimo mechanizmu pradedant nuo PAM sekos motyvo. Be to, I-E ir I-F tipo sistemų Cas baltymai geba formuoti efektorinius kompleksus ant skirtingo ilgio crRNR molekulių ir tuomet šie atpažįsta dgDNR taikinius panaudodami mechanizmą, būdingą ir laukinio tipo kompleksams. Antroji šios disertacijos dalis yra skirta su I-D CRISPR-Cas sistema susijusios toksino-antitoksino sistemos HEPN-MNT tyrimams. Parodoma, jog toksiška HEPN ribonukleazė yra neutralizuojama, kuomet MNT antitoksinas prie jos kovalentiškai prijungia di-AMP grandinę. Tiriant nemodifikuotos aktyvios HEPN ribonukleazės veikimą, atskleidžiama, jog HEPN nuo įvairių tRNR nukerpa 4 nt nuo 3′-tRNR akceptorinio stiebo, nustatant naują mechanizmą kaip gali būti karpomos tRNR molekulės.
Disertacijos gynimą stebėti galite naudodamiesi šia nuoroda.
2021-11-08:
lapkričio 8 d. nuo 13 val. išplėstiniame biologijos mokslo krypties komiteto posėdyje bus svarstoma Raimondos Kubiliūtės disertacija “Šviesių ląstelių inkstų karcinomos diagnostiniai ir prognostiniai DNR metilinimo žymenys” (vadovė - prof. dr. Sonata Jarmalaitė).
Prie posėdžio galima prisijungti naudojantis šia nuoroda.
2021-09-30
10 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) DOMINYKA DAPKUTĖ gins daktaro disertaciją “Mezenchiminių kamieninių ir vėžinių ląstelių atsakas į teranostinių nanodalelių poveikį – ląstelių terapijos link”. Mokslinis vadovas – prof. Ričardas Rotomskis.
Disertacijos anotacija: Ankstyvosios diagnostikos trūkumas ir prastas chemoterapinių vaistų selektyvumas yra vieni pagrindinių onkologijos iššūkių. Fotosensibilizatorių ir nanodalelių kompleksai gali tapti teranostine platforma, sprendžiančia dabartines vėžio diagnostikos ir gydymo problemas, kombinuodami diagNOSTINES ir TERApines savybes. Vis dėlto, pačios nanodalelės ir jų kompleksai neužtikrina pakankamo specifiškumo navikams, todėl įgimtą onkotropizmą turinčios mezenchiminės kamieninės ląstelės (MKL) gali atlikti teranostinių nanodalelių transportavimo funkciją. Šio darbo tikslas – ištirti odos MKL gebėjimą selektyviai nugabenti į navikus teranostines nanodaleles, užtikrinant terapinį poveikį ir diagnostinį potencialą. Teranostinis nanokompleksas suformuotas iš unikalias optines savybes turinčių fotoliuminescuojančių nanodalelių kvantinių taškų (KT), sujungtų su fotosensibilizatoriumi chlorinu e6 (Ce6). Vykdant disertacinį darbą buvo nustatyta, kad pasyvus nanodalelių pristatymas į navikus yra nespecifiškas ir neefektyvus, taip pagrindžiant MKL naudojimo būtinybę. Taip pat buvo įvertinta, kad tinkamiausi komplekso su Ce6 formavimui yra amfifiliniu polimeru dengti ir karboksilo grupėmis funkcionalizuoti KT. Mūsų tyrimai parodė, kad toks kompleksas efektyviai generuoja singuletinį deguonį sužadinus kompleksui specifiška 470 nm bangos ilgio šviesa, tačiau pirmieji parodėme, kad serumo baltymai greitai destabilizuoja kompleksą ir ženkliai sumažina jo efektyvumą. Atlikdami in vitro tyrimus gavome, kad nanodalelės yra biosuderinamos ir kaupiasi odos MKL viduje endocitinėse pūslelėse, kuriose KT-Ce6 kompleksas yra apsaugomas nuo neigiamo serumo baltymų poveikio bei išlieka stabilus. In vitro ir in vivo tyrimais parodėme, kad MKL geba transportuoti teranostines nanodaleles selektyviai iki vėžinių ląstelių, pažymi navikus akimi matoma fotoliuminescencija ir dvigubo švitinimo procedūros metu sukelia vėžinių ląstelių žūtį. Kombinuota MKL, KT-Ce6 komplekso ir netoksiškos šviesos terapija reikšmingai didina išgyvenamumą, lėtina navikų augimą, mažina metastazių atsiradimą ir vėžio progresavimą. Mūsų rezultatai patvirtina, kad MKL, žymėtos KT-Ce6 kompleksu, gali būti pritaikomos vėžio teranostikoje.
Disertacijos gynimą stebėti galite naudodamiesi šia nuoroda.
2021-09-28
11 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) EGIDIJUS ŠIMOLIŪNAS gins daktaro disertaciją “Molekulinių mechanizmų tyrimai ląstelėse, sąveikaujančiose su dirbtiniais karkasais”. Vadovė – dr. Daiva Baltriukienė.
Disertacijos anotacija: Skirtingų audinių ląstelėms būdinga labai savita augimo aplinka, kuri vaidina svarbų vaidmenį palaikant audinio homeostazę. Net nedideli nukrypimai gali sukelti negrįžtamus pokyčius, nulemti įvairių ligų vystymąsi. Dėl to, šiame darbe buvo ištirta, kaip mechaninė aplinka veikia sveikas bei vėžinio audinio ląsteles. Sveiko audinio modeliu pasirinktos mezenchiminės kamieninės ląstelės (MKL) išskirtos iš žmogaus dantenų audinio. Šios ląstelės pasižymi plačiu diferenciacijos potencialu, imunomoduliacinėmis ir oksidacinio streso (OS) slopinimo funkcijomis, kas leidžia jas taikyti regeneracinės medicinos srityje. Todėl įvertinome, kaip mechaninė aplinka veikia šių ląstelių atsparumą OS. Nustatėme, kad mechaninės aplinkos savybės turi įtakos įvairiems MKL procesams, bei netgi lėmė jų jautrumą OS, kuo kietesnė aplinka buvo, tuo ląstelės buvo atsparesnės jo poveikiui. Vėžinių ląstelių modelis buvo krūties vėžio ląstelių linija – MCF-7. Krūties vėžys yra dažniausiai diagnozuojama vėžio forma, o MCF-7 ląstelių linija atitinka net 70 % atvejų vėžinio susirgimo fenotipą. Vėžio vystymosi metu stebimas audinio kietėjimas. Dėl to ištyrėme, ar mechaninė aplinka daro įtaką šių ląstelių jautrumui priešvėžiniam chemoterapiniam vaistui doksorubicinui. Vėžinių ląstelių atveju, mechaninės aplinkos savybės beveik neturėjo įtakos MCF-7 linijos jautrumui chemoterapiniam vaistui doksorubicinui, tačiau lėmė morfologijos, adhezijos, proliferacijos ir netgi signalinių molekulių raiškos ir aktyvinimo pokyčius. Taip pat, šių tyrimų metu buvo sukurtas metodas, leidžiantis įvertinti ląstelių skaičių tiek 2D, tiek 2,5D ir net 3D aplinkose.
Disertacijos gynimą stebėti galite naudodamiesi šia nuoroda.
2021-08-31
12 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) ROBERTAS GALINIS eksternu gins daktaro disertaciją “Mikrodalelių, susidedančių iš DNR ir magnio pirofosfato, sintezė ir jų panaudojimas in vitro baltymų ekspresijai”. Mokslinis konsultantas – dr. Linas Mažutis.
Disertacijos anotacija: Šiame darbe aprašytas naujas metodas, kurio tikslas yra pritaikyti magnio pirofosfato ir DNR daleles baltymų sintezei mikrolašeliuose. Pavienės DNR molekulės buvo inkapsuliuojamos ir padauginamos 4 µl tūrio lašeliuose. DNR padauginimo sąlygos buvo optimizuotos taip, kad iš vienos molekulės buvo susintetinama ~1 µm dydžio dalelė, sudaryta iš magnio pirofosfato ir DNR. Taip pat parinktos tokios sąlygos, kuriose yra sumažinamas DNR molekulių praradimas dėl nespecifinės adsorbcijos ant paviršių. Gautos dalelės buvo atskirtos nuo viso reakcijos mišinio. Tuomet šios dalelės buvo panaudotos žaliai fluorescuojančio baltymo ir β galaktozidazės sintezei mikroplokštelėje ir mikroskysčių lašeliuose.
Disertacijos gynimą stebėti galite naudodamiesi šia nuoroda.
2021-07-15
12 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) Agnė Janonienė gins disertaciją Karboanhidrazės IX slopiklio įtakos ląstelių migracijai ir priešvėžinio poveikio nanosistemų tiksliniam pristatymui įvertinimas. Mokslinė vadovė – dr. Vilma Petrikaitė.
Disertacijos anotacija: Vėžiniai susirgimai išlieka viena didžiausių pasaulinio lygio sveikatos problemų, kasmet nusinešančių milijonus žmonių gyvybių, ir jos gydymui reikia naujų strategijų. Baltymas karboanhidrazė IX (CA IX) yra patrauklus taikinys naujų priešvėžinių vaistų kūrime, randamas daugelyje rūšių kietųjų navikų.
Be savo pagrindinės funkcijos, katalizuojant grįžtamą anglies dioksido hidratacijos reakciją, CA IX taip pat dalyvauja ir vėžinių ląstelių metastazavime. Todėl disertacijoje tiriamas slopiklio VD11-4-2, pasižyminčio itin dideliu afiniškumu CA IX, poveikis krūties vėžio ląstelių migracijai. Tyrimai buvo atliekami sekant pavienių ląstelių judėjimą, vertinant jų greitį ir judėjimo kryptingumą. Toks tyrimo modelis buvo pirmą kartą taikomas CA IX slopiklių antimigraciniam poveikiui tirti.
Taip pat disertacijoje pirmą kartą tirtas slopiklio VD11-4-2, kaip CA IX ląstelėse atpažįstančios dalies, taikymas nanosistemose. CA IX yra patrauklus taikinys tikslinėms vaistus pristatančioms sistemoms, nes yra transmembraninis baltymas su aktyviuoju centru, nukreiptu į išorinę ląstelės pusę. VD11-4-2 buvo prijungtas prie porėto silicio ir cinko-vario oksido pagrindu pagamintų nanodalelių paviršiaus, įvertintas nanosistemų jungimais su CA IX bei priešvėžinis poveikis krūties vėžio ląstelėms. Kadangi VD11-4-2 pasižymi fluorescencinėmis savybėmis, taip pat tirtas porėto silicio nanodalelių pagrindu pagamintų nanosistemų patekimas į krūties vėžio ląsteles ir priešvėžinio vaisto atsipalaidavimas jose.
Apibendrinant, disertacijoje aprašomas darbas atskleidžia CA IX, kaip priešvėžinio taikinio, privalumus bei praplečia slopiklio VD11-4-2 pritaikymo galimybes.
Disertacijos gynimą stebėti galite naudodamiesi šia nuoroda.
2021-07-01
11 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) Lina Aitmanaitė gins disertaciją Virusų suderinamumo tyrimai Saccharomyces cerevisiae LA ir M virusinėse sistemose. Mokslinis vadovas – prof. dr. Saulius Serva.
Disertacijos anotacija: Saccharomyces cerevisiae ir kitose Saccharomyces genties mielėse aptinkama keletas įvairių RNR virusų. Itin didelio susidomėjimo sulaukę Totiviridae šeimai priskiriami dgRNR LA ir nuo jų priklausomi satelitiniai M virusai. Šių virusų sistema suteikia mielėms šeimininkėms žudymo fenotipą. Įprastai gamtoje tam tikro tipo M virusas palaikomas jam savito LA viruso. Tiek LA virusų tarpusavio sąveikos, tiek ir sąveikos su M virusais nėra suprastos, o jų determinantės nežinomos. Šių sąveikų atskleidimas yra svarbus ne tik biocidinio mielių fenotipo supratimui, bet ir bendriems virusų ontogenezės mechanizmams išaiškinti. Disertacijoje aprašomi skirtingų LA virusų rekombinantinių baltymų sudaromų kapsidžių sąveikos su natyviomis LA ir M virusinėmis sistemomis tyrimai. Pristatomas universalus LA ir M virusų eliminacijos iš ląstelių-šeimininkių metodas. Šiame darbe sistematikai įvertintos skirtingų LA virusų kapsidinių baltymų sąveikos su visoms iki šiol žinomomis S. cerevisiae aptinkamomis LA ir M virusų sistemomis, bei viena S. paradoxus LA ir M virusų sistema. Nustatyta, jog LA virusų koduojamų baltymų sąveikos su endogeniniais LA ir M virusais specifiškumas gali būti susietas su rekombinantinių baltymų gebėjimu atpažinti konkrečius M virusus ir taip užtikrinti jų genomo replikaciją. Įvertinta LA virusų baltymų variabilių sekų reikšmė baltymų funkcijų palaikymui bei specifinių sąveikų su satelitiniais virusais susidarymui.
Disertacijos gynimą stebėti nuotoliniu būdu naudojantis šia nuoroda https://tinyurl.com/3knmyxpw
2021-07-01
13 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) Aušrinė Nestarenkaitė gins disertaciją Imuninio atsako storosios žarnos vėžio mikroaplikoje vertinimas skaitmeninės patologijos analitikos metodais. Mokslinė vadovė – dr. Aida Laurinavičienė. Mokslinė konsultantė – prof. dr. Sonata Jarmalaitė.
Disertacijos anotacija: Naviką infiltruojantys limfocitai (NIL) siejami su pacientų klinikine ligos eiga ir išgyvenamumu, sergant skirtingo tipo vėžiais. Automatizuotam kiekybiniam NIL pasiskirstymo audinyje vertinimui taikomi skaitmeninės imunohistochemijos (IHC) metodai. Šiame darbe pristatoma nauja skaitmeninės vaizdo analizės duomenų apdorojimu erdvinės šešiakampių gardelės analitikos principais pagrįsta metodika, kuria nustatoma naviko ir stromos sąveikos zona ir joje matuojami NIL tankio profiliai. Sukurti naujo tipo imuninio atsako rodikliai, išreiškiantys absoliutų NIL tankį ir jų tankio gradientą (imunogradientą) kryptimi iš stromos į naviką sąveikos zonoje. Rodiklių prognozinė vertė tirta dviejose nepriklausomose storosios žarnos vėžiu sirgusių pacientų, gydytų Vilniaus ir Notingamo (Jungtinė Karalystė) sveikatos priežiūros institucijose, imtyse. Citotoksinių T ląstelių (CD8) imunogradientas (abiejose imtyse), B ląstelių (CD20) imunogradientas ir histologinis naviko augimo pobūdis (Notingamo imtyje) buvo nepriklausomi prognoziniai pacientų bendrojo išgyvenamumo veiksniai, informatyvesni negu absoliutaus NIL tankio naviko mikroaplinkoje rodikliai ir standartiniai klinikiniai, patologiniai ir molekuliniai rodikliai. Pasiūlyti keli kombinuoti prognoziniai įverčiai: 1) CD8–CD20 imunogradiento įvertis, pagrįstas tik CD8 ir CD20 IHC žymenimis, 2) imuninės sąveikos įvertis, kuris integruoja CD8, CD20 IHC žymenis ir histologinį naviko augimo pobūdžio kriterijų. Šie įverčiai buvo nepriklausomi nuo storosios žarnos vėžio mikrosatelitų nestabilumo požymių.
Disertacijos gynimą stebėti nuotoliniu būdu galite naudodamiesi šia nuoroda.
2021-06-30
10 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) Arūnas Krikštaponis gins disertaciją 7-Hidroksikumarino katabolizmo Pseudomonas mandelii 7HK4 bakterijose tyrimas. Mokslinis vadovas prof. dr. Rolandas Meškys.
Disertacijos anotacija: Kumarinai yra gerai žinomi antriniai metabolitai, kurių yra gausu įvairiuose augaluose. Tačiau šių junginių skaidymo keliai dirvožemio mikroorganizmuose nėra detaliai ištirti. Iš dirvožemio išskirta Pseudomonas mandelii 7HK4 padermė geba skaidyti 7-hidroksikumariną (umbeliferoną), tačiau jo transformacijas katalizuojantys fermentai nėra žinomi. Norėdami išaiškinti 7-hidroksikumarino katabolizmo kelią, RT-PGR ir baltymų MS-MS analizių metodais buvo nustatyti 7-hidroksikumarinu indukuojami genai hcdA, hcdB, hcdC, hcdD, hcdE, hcdF ir hcdG. Genominės DNR fragmentas, koduojantis tariamą alkoholio dehidrogenazę HcdE, buvo klonuotas ir nustatyta, jog rekombinantinis baltymas katalizuoja nuo NADPH priklausomą 7-hidroksikumarino redukciją tiek in vivo, tiek in vitro. Reakcijos produktas buvo išskirtas ir apibūdintas kaip 7-hidroksi-3,4-dihidrokumarinas. Tačiau pastarasis junginys toliau hidrolizuojasi vandeniniame tirpale, susidarant 3-(2,4-dihidroksifenil) propano rūgščiai, remiantis HPLC-MS ir BMR analizėmis. Taip pat, bioinformatinė analizė parodė, kad hcdABC genai koduoja flaviną rišančią hidroksilazę (HcdA), ekstradiolio dioksigenazę (HcdB) ir tariamą hidroksimukoninę semialdehido hidrolazę (HcdC). Rekombinantinio HcdA aktyvumo in vitro analizė patvirtino, kad šis fermentas priklauso ipso-hidroksilazių grupei. Baltymų HcdB ir HcdC aktyvumas buvo analizuojamas naudojant rekombinantines E. coli ląsteles. Nustatyti tarpiniai metabolitai leido patvirtinti numatomas fermentų funkcijas ir apibūdinti 7-hidroksikumarino skaidymo kelią Pseudomonas mandelii 7HK4 bakterijose per tarpinį 3-(2,4-dihidroksifenil) propano rūgšties junginį. HcdA katalizuoja 3-(2,4-dihidroksifenil) propano rūgšties konversiją į 3-(2,3,5-trihidroksifenil) propano rūgštį, atliekant hidroksilinimą ipso pozicijoje, po kurio vyksta vidinis alkilo fragmento (1,2-C,C) poslinkis. Tada, dalyvaujant HcdB fermentui, įvyksta paskesnis oksidacinis aromatinio žiedo meta skėlimas, susidarant atitinkamam linijiniam produktui (2E,4E) -2,4-dihidroksi-6-oksonona-2,4-dieno dirūgščiai. Šiame darbe aprašytas Pseudomonas mandelii 7HK4 bakterijos, galinčios skaidyti 7-hidroksikumariną per 3-(2,4-dihidroksifenil) propano rūgšties tarpinį produktą.
Disertacijos gynimą stebėti nuotoliniu būdu galite naudodamiesi šia nuoroda.
2021-06-04
11 val.VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) Martynas Simanavičius gins disertaciją Hepatito E viruso diagnostika ir paplitimo tyrimai. Mokslinė vadovė dr. Indrė Kučinskaitė-Kodzė.
Disertacijos anotacija: Hepatitas E yra infekcinė liga, kurią sukelia hepatito E virusas (HEV). HEV genotipas 1 (HEV-1) ir HEV-2 infekuoja tik žmones, o HEV-3 ir HEV-4 – žmones ir kitus žinduolius, pavyzdžiui, kiaules, šernus, elnius, triušius. Ekonomiškai silpnai išsivysčiusioms šalims būdingos HEV-1 ir HEV-2 infekcijos, kurios plinta per užterštą vandenį. HEV-3 yra zoonotinis virusas, jis būdingas ekonomiškai išsivysčiusioms šalims. Šio viruso infekcijos pagrindinis šaltinis yra blogai termiškai apdoroti mėsos produktai. Neseniai buvo nustatytas žiurkių HEV kaip naujas hepatito E sukėlėjas žmonėms. Todėl šio viruso tyrimams reikalingų specifinių įrankių poreikis turėtų išaugti. Disertacijoje aprašytas monokloninių antikūnų (MAk) kūrimas panaudojant mielėse susintetintus HEV-3 ir žiurkių HEV kapsidės baltymus, kurie formuoja virusą primenančias daleles. MAk detaliai apibūdinti ištiriant jų savybes. Tokia MAk prieš HEV kolekcija aprašyta pirmą kartą. Tai suteikia galimybę modeliuoti ir išbandyti potencialiai našesnes ir plačiau pritaikomas HEV tyrimo metodikas. MAk ir rekombinantiniais HEV kapsidės baltymai pritaikyti HEV paplitimo tyrimams laukinių žiurkių, kiaulių ir žmonių mėginiuose. Disertacijos metu pirmą kartą buvo ištirtas HEV paplitimas žmonėse bei laukinėse žiurkėse Lietuvoje.
Disertacijos gynimą stebėti nuotoliniu būdu galite naudodamiesi šia nuoroda.
2021-03-16
15 val., Gediminas Drabavičius gins disertaciją “CRISPR-Cas sistemų tyrimai ir taikymai”, moksliniai vadovai – dr. Giedrius Gasiūnas ir prof. dr. Dirk Daelemans. Disertacija rengta jungtinėje Vilniaus universiteto ir Leveno katalikiškajo universiteto doktorantūroje įgyvendinant individualų doktoranto darbo planą.
Disertacijos gynimą stebėti nuotoliniu būdu naudodamiesi šia nuoroda: https://tinyurl.com/y7a5srzl