Molekulinė sistematika

Dalyko pavadinimas

Mokslo kryptis kodas

Kamieninis padalinys

Šakinis padalinys (-iai)

Molekulinė sistematika

Biologija N 010

Zoologija N 014

Gyvybės mokslų centras

Biomokslų Institutas

Dalyko apimtis kreditais

10

Studijų būdas

Kreditų skaičius

Studijų būdas

Kreditų skaičius

paskaitos

0

konsultacijos

1

individualus

9

seminarai

0

Kurso tikslai

Pagilinti žinias apie molekulinės biologijos ir duomenų analizės metodus, naudojamus biologinėje sistematikoje, ir patobulinti jų pritaikymo įgūdžius.

Pagrindinės temos

1. Molekulinės sistematikos raida ir ryšiai su kitomis biologinės sistematikos sritimis. Molekulinės biologijos ir bioinformatikos svarba sistematikai. Molekulinė evoliucija. Molekuliniai ir morfologiniai duomenys.
2. Molekulinės biologijos metodai, naudojami sistematikoje, ir jų taikymas. Molekulinė citogenetika. FISH. PGR. Fragmentų ir restrikcijos vietų analizė. Mikrosatelitai. Fragmentų klonavimas. Sekoskaita.
3. Duomenų analizė ir rezultatų interpretacija. Sekų sulyginimas. Pakaitų modeliai. Filogenetinių medžių sudarymo metodai. Medžių patikimumo įvertinimas. Vidurūšiniai ir tarprūšiniai skirtumai. Rūšių atskyrimo metodai. Programinė įranga ir jos taikymas.
4. Tyrimų planavimas, duomenų paieška ir deponavimas duomenų bazėse. Mėginių rinkimas, dokumentavimas ir saugojimas. Genų bankai. Filogenetinių duomenų bazės. BLAST.

Pagrindinė literatūra

• Choudhuri S. 2014. Bioinformatics for beginners: Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Elsevier
• Higgs P. G., Attwood T. K. 2005. Bioinformatics and Molecular Evolution. Blackwell Science Ltd
• Hillis D.M., Moritz G., Mable B.K. (ed.) 1996. Molecular Systematics. 2nd ed., Sinauer Associates, Inc.
• Schuh R. T., Andrew V. Z. Brower A. V. Z. 2009. Biological Systematics: Principles and Applications. 2nd Edition, Cornell University Press
• Wiley E. O., Lieberman B. S. 2011. Phylogenetics: theory and practice of phylogenetic systematics. John Wiley & Sons

Vertinimo strategija

Vertinimo kriterijai

Seminaras

Seminare (30 min.) aptariama sistematikos ar taksonomijos problema pasirinktoje organizmų grupėje ir jos sprendimas naudojant molekulinės biologijos metodus. Vertinimas:

10 (puikiai): Pristatymas parengtas pagal moksliniam darbui keliamus reikalavimus. Daromos išvados pagrįstos.

9 (labai gerai): Pastebėtas vienas iš žemiau paminėtų trūkumų.

8 (gerai): Pastebėti du iš žemiau paminėtų trūkumų.

7 (vidutiniškai): Pastebėti trys iš žemiau paminėtų trūkumų.

6 (patenkinamai): Pastebėti keturi iš žemiau paminėtų trūkumų.

5 (silpnai): Pastebėti penki iš žemiau paminėtų trūkumų.

4 (nepatenkinamai): Pastebėti visi iš žemiau paminėtų trūkumų.

Trūkumai, pastebėti pristatymo metu: neišsami literatūros šaltinių analizė; neaiškūs pristatymo tikslas ir uždaviniai; išvados nepagrįstos; neteisingai ar visai neatsakyta į pristatymo metu pateiktus klausimus; pristatymas neatitinka moksliniam darbui keliamų reikalavimų; painiojamos esminės sąvokos.

Jekaterina Havelka

Patvirtinta Gyvybės mokslų centro Doktorantūros mokyklos Tarybos posėdyje 2021-10-14, protokolo Nr. (4.10)600000-KT-...

Tarybos pirmininkė dr. Daiva Baltriukienė