Dalia Smalakytė apgynė disertaciją „III tipo CRISPR-Cas priešvirusinės apsaugos sistemos efektorių Csm6 deaktyvacijos ir Lon-SAVED veikimo mechanizmų tyrimas” ir jai buvo suteiktas biochemijos mokslo krypties daktaro laipsnis.
Mokslinis konsultantas: dr. Gintautas Tamulaitis (Vilniaus universitetas, gamtos mokslai, biochemija)
Disertacijos Gynimo tarybos sudėtis: Tarybos pirmininkė - prof. dr. Edita Sužiedėlienė (Vilniaus universitetas, gamtos mokslai, biochemija), prof. dr. Rolandas Meškys (Vilniaus universitetas, gamtos mokslai, biochemija), dr. Patrick Pausch (Vilniaus universitetas, gamtos mokslai, biochemija), dr. Constantinos Patinios (Vilniaus universitetas, gamtos mokslai, biochemija), dr. Raymond Staals (Vageningeno universitetas, Olandija, gamtos mokslai, biochemija).
CRISPR-Cas sistemos adaptyvaus imuninio atsako mechanizmai, apsaugantys prokariotus nuo juos puolančių virusų. Šios sistemos aptinka ir neutralizuoja svetimą genetinę medžiagą. Iš kitų CRISPR-Cas sistemų III tipo sistemos išsiskiria tuo, kad be virusinės RNR hidrolizės jos geba sintetinti ciklinius oligoadenilatus (cAn) – signalines molekules, kurios aktyvuoja pagalbinius efektorinius baltymus. Šioje disertacijoje nagrinėjami du tokie efektoriai: ribonukleazė Csm6 ir į trinario CalpL-CalpT-CalpS efektoriaus sudėtį įeinantis CalpL baltymas, sudarytas iš Lon ir SAVED domenų.
Csm6 baltyme cA6 molekulės prisijungimas prie CARF domeno aktyvina HEPN domeno ribonukleazinį aktyvumą. Ląstelės metabolitų analizė ir biocheminiai Csm6 baltymo tyrimai atskleidė, kad Csm6 skaido savo aktyvatorių cA6, taip sukurdamas savireguliacijos mechanizmą, ribojantį veikimo trukmę.
Trinario efektoriaus CalpL-CalpT-CalpS atveju signalinės molekulės cA4 prisijungimas aktyvina CalpL baltymą, kuris perkerpa anti-σ faktorių CalpT, pažymėdamas jį tolimesnei proteolizei, dėl kurios yra išlaisvinamas σ faktorius CalpS. CalpL taip pat riboja savo aktyvumą hidrolizuodamas savo aktyvatorių cA4. Struktūriniai CalpL tyrimai atskleidė, kad aktyvintas CalpL formuoja filamentus, kurie yra būtini jo proteaziniam ir reguliaciniam žiedo nukleaziniam aktyvumams. Šis darbas atskleidžia, kaip III tipo CRISPR-Cas pagalbiniai efektoriai koordinuoja aktyvaciją ir savireguliacijos mechanizmus.
 |