VU Gyvybės mokslų centre Milda Narmontė apgynė disertaciją. Jos tema – „Didelės skiriamosios gebos genominio 5-hidroksimetilcitozino nustatymo metodas ir jo pritaikymas epigenetiniams žmogaus ligų tyrimams“ biochemijos mokslo krypties daktaro laipsniui gauti. Mokslinė konsultantė – dr. Edita Kriukienė.
Didelės skiriamosios gebos genominio 5-hidroksimetilcitozino nustatymo metodas ir jo pritaikymas epigenetiniams žmogaus ligų tyrimams 5-hidroksimetilcitozinas (5hmC) yra svarbi DNR modifikacija, dalyvaujanti genų raiškos reguliacijoje žmogaus fiziologinėse ir patologinėse būsenose.
Auksiniu standartu vadinami vienos bazės skiriamosios gebos 5hmC genolapių sudarymo metodai yra paremti bisulfitine konversija, kuri lemia DNR nuostolius ir dėl pakitusios bazių sudėties kelia iššūkius duomenų interpretacijai. Be to, dėl didelės viso genomo sekoskaitos kainos šie metodai nėra tinkami ligų ar populiaciniams tyrimams.
Šiame darbe pristatomas naujo ekonomiško 5hmC profiliavimo metodo, pagrįsto kovalentiniu DNR žymėjimu paremta sekoskaita, hmTOP-seq (angl. 5hmC-specific tethered oligonucleotide-primed sequencing) sukūrimas. Pademonstruoti pagrindiniai hmTOP-seq privalumai: didelė skiriamoji geba, specifiškumas 5hmC, geras atsikartojamumas ir koreliacija su kitais metodais bei DNR grandinei specifinės hidroksimetilinimo informacijos suteikimas. Sukurtas hmTOP-seq metodas buvo sėkmingai pritaikytas epigenetinėse žmogaus ligų, neuroblastomos (NB) ir 21-osios chromosomos trisomijos (Dauno sindromo), analizėse.
Panaudodama hmTOP-seq ir uTOP-seq, jaunoji mokslininkė atliko detalią multi-ominę (5hmC, nemodifikuotų CG sekų ir transkriptominę) skirtingų NB ląstelių tipų analizę, kuri leido nustatyti genų hidroksimetilinimo ir raiškos pokyčius hipoksijos sąlygomis bei kompleksiškai ištirti NB tarpląstelinius skirtumus.
Taip pat pademonstravo, kad hmTOP-seq metodas gali būti pritaikomas epigenetiniam neinvaziniam vaisiaus prenataliniam testavimui, nustatant vaisiaus 21-osios chromosomos trisomiją tikro laiko PGR arba sekoskaitos būdu iš besilaukiančių moterų laisvai cirkuliuojančios neląstelinės kraujo plazmos DNR.