Apie
Katedra kuruoja genetikos I ir II pakopų studijų programas, dalyvauja vykdant visas GMC biomedicininės krypties studijų programas, taip pat vykdant kitų fakuletų studijų programas – chemijos ir geomokslų (biochemija), medicinos (farmacija, sistemų biologija, medicininė genetika) ir matematikos ir informatikos (bioinformatika).
Botanikos, algologijos ir mikologijos tyrimų grupė
Tyrimų tikslai
Tirti:
sausumos ir vandens ekosistemų augalų, dumblių, kerpių ir grybų įvairovę, populiacijas ir bendrijas, jų organizacijos, būklės ir kaitos dėsningumus;
įvairių sistematinių grupių augalų, dumblių, kerpių ir grybų taksonomiją;
dumblių biotechnologinio pritaikymo galimybes;
Vilniaus universiteto Herbariumo rinkinių (kolekcijų) formavimo istoriografijos aspektus ir augalų, dumblių, grybų bei kerpių herbariumo pavyzdžių sistematinę priklausomybę šiuolaikiniais tyrimo metodais.
Pagrindiniai naudojami metodai
Taikomi įvairūs lauko tyrimų metodai, šviesinė ir skenuojanti mikroskopija, gyvų organizmų kultūrų auginimas, organizmų identifikavimas, botanikos istoriografija, etnobotanika.
Tyrimams naudojami stereoskopiniai ir šviesiniai mikroskopai su vaizdų dokumentavimo sistemomis, mikrotomas, organizmų auginimo įranga (laminaras, inkubavimo spintos), herbariumo kolekcijų paruošimo (džiovyklos, gilaus šaldymo šaldiklis ir kt.) ir saugojimo (kontroliuojamo klimato patalpos, mobilios ir stacionarios saugojimo spintos ir kt.) įranga.
Pagrindinės publikacijos
Rimgailė-Voicik R, Naujalis JR. Presence of Juvenile Club Moss (Lycopodiaceae) Sporophytes and Gametophytes in Relation to Vegetation Cover in Dry Pine Forests. American Fern Journal. 2016; 106(4):242-57 (IF=0,857; Q3)
Motiejūnaitė J, Adamonytė G, Iršėnaitė R, Juzėnas S, Kasparavičius J, Kutorga E, Markovskaja S. Early fungal community succession following crown fire in Pinus mugo stands and surface fire in Pinus sylvestris stands. European Journal of Forest Research. 2014; 133:745-56 (IF=2,218; Q1)
Dementjev A., Kostkevičienė J. Applying the method of Coherent Anti-stokes Raman microscopy for imaging of carotenoids in microalgae and cyanobacteria. Journal of Raman Spectroscopy. 2013; 44(7):973-9 (IF=2,969; Q1)
Kutorga E, Adamonytė G, Iršėnaitė R, JuzėnasS, Kasparavičius J, Markovskaja S, Motiejūnaitė J, Treigienė A. Wildfire and post-fire management effects on early fungal succession in Pinus mugo plantations, located in Curonian Spit (Lithuania). Geoderma. 2012; 191;70-9 (IF=4,163; Q1)
Augalų genetikos tyrimų grupė
prof. emeritas V. Rančelis, prof. D. Žvingila
Atliekamų tyrimų reikšmė
Augalų genomų kintamumo ir populiacijų raidos tyrimai (aplinkos genotoksiškumo tyrimai naudojant augalų test-sistemas (Vicia faba, Tradescantia klono #4430), genetinės įvairovės nykimo priežasčių nustatymas, invazinių rūšių genetikos, augalų atsparumo ligoms mechanizmų, žiedo morfogenezės tyrimai panaudojant Hordeum homeozinius viengubus ir dvigubus mutantus, molekulinių žymenų, tinkamų selekcijai, paieška ir kt.) yra svarbūs teoriniu ir taikomuoju aspektais, nes leidžia įvertinti gyvenamosios aplinkos ekologinę būklę, teikia medžiagą veislių kūrimui ir gerinimui, o taip pat yra svarbūs molekulinei taksonomijai.
Pagrindiniai naudojami metodai
Naudojami įvairūs molekulinės genetikos metodai (DNR sekoskaita, įvairios DNR ir biocheminių žymenų sistemos, diferencinis vaizdinimas, citogenetinė analizė, augalų ląstelių kultūros, statistiniai ir bioinformaciniai metodai rezultatams apdoroti).
Pagrindinės publikacijos
Butkuvienė J, Sinkevičienė Z, Naugžemys D, Patamsytė J, Žvingila D. Genetic diversity of Batrachium (Ranunculaceae) species reveals the necessity of their protection in Lithuanian rivers. Aquatic Botany. 2017; 142:61-70 (IF=1,714; Q2)
Šiukšta R, Vaitkūnienė V, Kaselytė G, Okockytė V, Žukauskaitė J, Žvingila D, Rančelis V. Inherited phenotype instability of inflorescence and floral organ development in homeotic barley double mutants and its specific modification by auxin inhibitors and 2,4-D. Annals of Botany. 2015; 115: 651-63 (IF=4,041; Q1)
Rancelis V, Cesniene T, Kleizaite V, Zvingila D, Balciuniene L. Influence of cobalt uptake into Vicia faba seeds on chlorophyll morphosis induction, SOD polymorphism and DNA methylation. Environmental Toxicology. 2012; 27(1):32-41 (IF=2,937; Q2)
Rancelis V, Cesniene T, Zvingila D, Barysas D, Balciuniene L, Dapkuniene S. Polymorphism of response to cobalt excess in individual Vicia faba plants. Environmental and Experimental Botany. 2006; 55:221-34 (IF=4,369; Q1)
Kleizaite V., Cesniene T., Rancelis V. The use of cobalt-induced chlorophyll morphoses for studying Co2+ interactions with cysteine and SOD. Plant Science. 2004; 167:1249-56 (IF=3,437; Q1)
Genotoksikologijos tyrimų grupė
prof. J. Lazutka, prof. G. Slapšytė
Atliekamų tyrimų reikšmė
Genotoksiškumas – aplinkos ir endogeninių veiksnių gebėjimas sutrikdyti genomo integralumą ir funkcionalumą. Cheminių medžiagų genotoksinio aktyvumo tyrimai leidžia atrinkti mažiausiai genotoksiškus preparatus, identifikuoti antimutageninių savybių turinčius junginius.
Augalinės kilmės produktų (ekstraktų, eterinių aliejų, iš jų išskirtų veikliųjų medžiagų) tyrimai sudaro prielaidas saugiems maisto priedams atrinkti, jų maksimalioms leistinoms koncentracijoms nustatyti bei vartojimo rizikai įvertinti.
Žmogaus populiacijų citogenetinių tyrimų duomenys panaudoti atliekant bendrą Centrinės Europos kohortos analizę, kurios metu buvo patvirtinta, kad struktūrinės chromosomų pažaidos yra patikimas biologinis žymuo įvertinant susirgimo vėžiu riziką.
Pagrindiniai naudojami metodai
Citogenetiniai tyrimo metodai – chromosomų aberacijų, mikrobranduolių, seserinių chromatidžių mainų analizė žmogaus periferinio kraujo limfocituose in vitro ir graužikų kaulų čiulpų ląstelėse in vivo.
Pirminių DNR pažaidų analizė taikant pavienių ląstelių elektroforezės gelyje (kometos) metodą (žmogaus limfocitai, kiaulės akies ragenos ląstelės, drozofilos neuroblastai).
Genų mutacijų indukcijos tyrimas Ames (Salmonella/mikrosomų) testu.
Somatinių mutacijų ir rekombinacijos Drosophila melanogaster sparnų ląstelėse in vivo metodas.
Pagrindinės publikacijos
Kundrotas G, Gasperskaja E, Slapsyte G, Gudleviciene Z, Krasko J, Stumbryte A, Liudkeviciene R. Identity, proliferation capacity, genomic stability and novel senescence markers of mesenchymal stem cells isolated from low volume of human bone marrow. Oncotarget. 2016; 7:10788-802 (IF=5,168; Q1)
Jones N, Ougham H, Thomas H, Pasakinskiene I. Markers and mapping revisited: finding your gene. New Phytologist. 2009; 183(4): 935-966 (IF=7,33; Q1)
Bonassi S, Norppa H, Ceppi M, Stromberg U, Vermeulen R, Znaor A, Cebulska-Wasilewska A, Fabianova E, Fucic A, Gundy S, Hansteen IL, Knudsen LE, Lazutka J, Rossner P, Sram RJ, Boffetta P. Chromosomal aberration frequency in lymphocytes predicts the risk of cancer: results from a pooled cohort study of 22 358 subjects in 11 countries. Carcinogenesis. 2008; 29:1178-83 (IF=5,105; Q1)
Lazutka JR, Mierauskienė J, Slapšytė G, Dedonytė G. Genotoxicity of dill (Anethum graveolens L.), peppermint (Mentha ´ piperita L.) and pine (Pinus sylvestris L.) essential oils in human lymphocytes and Drosophila melanogaster. Food and Chemical Toxicology. 2001; 39:485-92 (IF=3,778; Q1)
Žmogaus genomo tyrimų grupė
prof. S. Jarmalaitė
Atliekamų tyrimų reikšmė
Taikant molekulinės genetikos metodus, siekiama identifikuoti naujus molekulinius žymenis vėžiui diagnozuoti ir / ar prognozuoti ligos eigą bei atsaką į gydymą. Analizuojama įvairios lokalizacijos navikų genominis bei epigenominis profiliai. Tyrimams naudojami onkologinių ligonių naviko audiniai, organizmo skysčiai (kraujas, šlapimas). Siekiama ne tik išsiaiškinti kancerogenezės mechanizmus, daugiažidininių navikų profilius, bet ir sukurti epigenetinius testus, kurie galėtų būti pritaikyti neinvazinei klinikinei diagnostikai.
Atliekami ir vėžinių ląstelių atsparumo vaistams įgyjimo tyrimai, taip pat tiriami žmogaus mezenchiminių kamieninių ląstelių diferenciacijos epigenetiniai mechanizmai.
Pagrindiniai naudojami metodai
Visuminei analizei pasitelkiamos mikrogardelių ir naujos kartos sekoskaitos technologijos: atliekama konkrečių taikinių DNR metilinimo (kokybinė / kiekybinė metilinimui jautri PGR, HRM, bisulfitinė sekoskaita, pirosekoskaita), hidroksimetilinimo (taikant restrikcijos endonukleazes, oksidacinę bisulfitinę sekoskaitą, TAB-seq), miRNR ir genų raiškos (kPGR) tyrimai, VNP bei mikrosatelitų polimorfizmų analizė.
Laboratorija aprūpinta modernia genetinės analizės įranga: mikrogardelių skeneriu (Agilent Technoligies), didelio našumo ir įprastinėmis realaus laiko PGR sistemomis, naujos kartos sekoskaitos ir pirosekoskaitos sistemomis, kita bazine genetinės laboratorijos įranga.
Žmogaus genomo tyrimų grupė aktyviai bendradarbiauja su Nacionaliniu vėžio institutu, Suomijos darbo sąlygų tyrimų institutu (FIOH), Tamperės universiteto Prostatos vėžio tyrimų centru ir kt.
Pagrindinės publikacijos
Demidenko R, Daniunaite K, Bakavicius A, Sabaliauskaite R, Skeberdyte A, Petroska D, Laurinavicius A, Jankevicius F, Lazutka JR, Jarmalaite S. Decreased expression of MT1E is a potential biomarker of prostate cancer progression. Oncotarget. 2017; 8:61709-18 (IF=5,168; Q1)
Daniunaite K, Dubikaityte M, Gibas P, Lazutka JR, Bakavicius A, Ulys A, Jankevicius F, Jarmalaite S. Clinical significance of microRNA host gene promoter methylation in prostate cancer. Hum Mol Genet. 2017; 26(13):2451-61 (IF=5,340; Q1)
Stuopelyte K, Daniunaite K, Bakavicius A, Lazutka JR, Jankevicius F, Jarmalaite S. The utility of urine-circulating miRNAs for detection of prostate cancer. Br J Cancer. 2016; 115(6):707-15 (IF=6,176; Q1)
Daniunaite K, Jarmalaite S Kalinauskaite N, Petroska D, Laurinavicius A, Lazutka JR, and Jankevicius F. Prognostic value of RASSF1 promoter methylation in prostate cancer. Journal Urology. 2014; 192:1-7 (IF=4,360; Q1).