Vilniaus universiteto (VU) bibliotekos organizuojama akcija „Rinkis MIDAS – laimėk dvigubai“ jau įpusėjo. Pirmasis etapas pasibaigė spalio 31 d. ir buvo sėkmingas keturiems VU tyrėjams. Du iš jų dirba VU GMC:

 

Andrius Merkys, jaunesnysis mokslo darbuotojas. Jis publikavo MIDAS savo mokslinio tyrimo „Kristalografinių žinių apie mažas molekules panaudojimas makromolekulių struktūrų patikslinimui: atviros mažų molekulių kristalografinės duomenų bazės pritaikymas“ duomenis, taip pat mokslinio tyrimo „COD::CIF::Parser: an error-correcting CIF parser for the Perl language“ duomenis kartu su bendraautoriais dr. Visvaldu Kairiu, Justu Butkumi, dr. Sauliumi Gražuliu, Antanu Vaitkumi ir Mykolu Okulič-Kazarinu bei mokslinio tyrimo „Computing stoichiometric molecular composition from crystal structures“ duomenis kartu su bendraautoriais dr. Sauliumi Gražuliu, Antanu Vaitkumi ir Mykolu Okulič-Kazarinu;

 

Lektorius Giedrius Trakimas. Jis publikavo MIDAS mokslinio tyrimo „Effects of biological traits on geographic range sizes in European amphibians“ duomenis kartu su bendraautoriais dr. Robertu J. Whittakeriu ir dr. Michaeliu K. Borregaard‘u. 

 

Kiekvienam laimėtojui bus skiriami prizai – asmeninės mokslometrinės analizės pagal duomenų bazių Web of ScienceTM ir ScopusTM duomenis ir 100 eurų vertės dovanų kuponai moksliniams leidiniams įsigyti. Akcijos organizatoriai su laimėtojais susisieks asmeniškai ir suderins, kaip atsiimti laimėtas dovanas.

 

Jei nesuspėjote dalyvauti pirmame akcijos „Rinkis MIDAS – laimėk dvigubai“ etape, kviečiame prisijungti prie antrojo, kuris vyksta nuo lapkričio 1 d. iki gruodžio 1 d. Taisyklės išlieka nepakitusios, t. y. už kiekvieno mokslinio tyrimo duomenų rinkinio ir (arba) jo metaduomenų publikavimą įgyjamas vienas akcijos numeris, galiojantis tuo metu vykstančio akcijos etapo metu. Kuo daugiau publikuosite, tuo didesnę tikimybę laimėti turėsite.

 

Akcija „Rinkis MIDAS – laimėk dvigubai“ jau atkreipė dalies akademinės bendruomenės narių dėmesį į mokslinių tyrimų duomenų valdymą. Sistemos administratoriaus pateiktais duomenimis (2017-10-30), MIDAS naujų vartotojų skaičius per akcijos laikotarpį išaugo daugiau kaip 37 proc., buvo registruota 29 vnt. naujų nepublikuotų tyrimų ir 5 vnt. – publikuotų.

 

Akciją globoja VU mokslo prorektorius prof. dr. Rimantas Jankauskas.

 

Daugiau informacijos

Vilniaus universiteto (VU) studentų komanda jau trečią kartą atstovaus Lietuvai prestižiniame studentų sintetinės biologijos konkurse „iGEM“ (International Genetically Engineered Machine Competition). Lapkričio 9–13 d. Bostone (JAV) vyksiantis konkurso finalas kaip ir kasmet pritrauks geriausių pasaulio universitetų studentų komandas.

 

Šiemet „Vilnius-Lithuania iGEM“ komandos tikslas – sukurti plazmidžių reguliacijos sistemą, kuri leistų vienoje ląstelėje išlaikyti skirtingas plazmides ir reguliuoti jų santykinius kiekius.

 

„Paprasčiau pristatyti projektą galima naudojantis kompiuterio ir USB rakto analogija. Jeigu USB raktus prilygintumėme plazmidėms, į kurias įrašome tam tikrą informaciją, o kompiuterį – ląstelei, tai mūsų šių metų projekto tikslas yra sugebėti padaryti taip, kad vienas kompiuteris galėtų vienu metu savyje išlaikyti daug USB raktų, o ta genetinė informacija, kuri yra įrašyta USB raktuose, kompiuteryje atsirastų tam tikrais mums reikalingais kiekiais“, – dėstė komandos vadovas, paskutinio kurso medicinos studentas Gabrielius Jakutis.

 

„Vilnius-Lithuania iGEM“ komanda tikisi pasekti ankstesnių metų Lietuvos atstovų pėdomis ir iškovoti aukso medalius. Komandos nariai – medicinos, IT ir gamtos mokslų atstovai, tačiau šiemet prie komandos pirmą kartą prisijungė ir VU TSPMI politikos mokslų studentė Ugnė Kasperavičiūtė. „Komandai reikia finansų, įrangos, medžiagų, su kuriomis galėtų dirbti ir atlikti mokslinius tyrimus, todėl aš, turėdama tam tikrų lėšų pritraukimo ir rinkodaros įgūdžių, nusprendžiau prisijungti ir savo žiniomis padėti siekti pergalės“, – pasakojo U. Kasperavičiūtė.

 

Pasak komandos vadovo, beveik bet kuri iGEM komanda pasaulyje veikia startuolio principu. „Todėl mums reikalingi ne tik žmonės, kurie plėtoja projektą laboratorijoje, bet ir tie, kurie dirba su reklama, pritraukia lėšų, bendrauja su rėmėjais. Bet kuris iGEM projektas konkurse yra iš esmės niekinis, jeigu jis neįtraukia visuomenės“, – teigia G. Jakutis. „Vilnius-Lithuania iGEM“ komandos nariai daug dirba ir už laboratorijos ribų – jiems tenka nemažai keliauti, bendrauti su žmonėmis, lankyti mokyklas.

 

„Mūsų komandai reikalingi žmonės, kurie domisi švietimu, kuriems patinka bendrauti, mokyti, todėl komandos narių profilis toks platus. Kalbamės su vaikais, pasakojame jiems apie genų technologijas, sintetinę biologiją, skatiname domėtis gamtos, medicinos mokslais. Galimybė dalintis savo žiniomis labai džiugina – dėl to verta dirbti per naktis“, – pasakojo jau antrus metus konkurse dalyvaujanti genetikė Miglė Kalvaitytė.

 

„Vilnius-Lithuania iGEM“ komanda dirba VU GMC laboratorijose, o keturi šiųmetės komandos nariai (Auksė Gaižauskaitė, Miglė Kalvaitytė, Laurynas Karpus ir Emilija Vasiliūnaitė) studijuoja VU GMC.

 

Plačiau su šių metų projektu susipažinti galima „Vilnius-Lithuania iGEM 2017“ komandos puslapyje ir „Facebook“ paskyroje.

Lapkričio 10 d. 16 val. Vilniaus universiteto (VU) Gyvybės mokslų centre vyks finalinis fotografijų parodos „Veržli, ambicinga ir pozityvi 100-mečio Lietuva!“ renginys. Ekspozicija tris mėnesius keliavo po keturių Baltijos jūros regiono šalių sostines: Stokholmą, Kopenhagą, Oslą ir Helsinkį. Dabar ji atvyko į Vilnių.


Renginyje bus apdovanojami nuotraukų autoriai, organizatoriai dalinsis parodos kelionės įspūdžiais, koncertuos folkloro grupė „Kūjeliai“, „X Faktoriaus“ dalyvė Miglė Pivoriūnaitė, taip pat Giedrė Naruševičiūtė.


Lietuvių jaunimo bendruomenė Švedijoje kartu su Pasaulio lietuvių jaunimo sąjunga, lietuvių jaunimo organizacijomis Danijoje, Norvegijoje ir Suomijoje mūsų valstybės atkūrimo 100-mečio proga surinko pasaulio lietuvių idėjas apie mūsų šalį. Jas įprasmino keliaujančioje fotografijų parodoje, kurioje veržli, ambicinga ir pozityvi 100-mečio Lietuva atspindėta pasaulio lietuvių akimis.


Fotografijas konkursui siuntė 11–59 metų lietuviai, gyvenantys tiek įvairiose pasaulio šalyse, tiek Lietuvos miesteliuose ar kaimuose. Parodai atrinkta 18 nuotraukų. Šis skaičius simbolizuoja 1918-uosius, kai vasario 16-ąją Vilniuje pasirašytas Lietuvos Nepriklausomybės aktas ir atkurta Lietuvos valstybė.


Konkurso komisiją sudarė Lietuvos fotomenininkų sąjungos valdybos narė Vėtrė Antanavičiūtė, fotomenininkė Alma Luka, dailininkė Eglė Lipeikaitė, VU Filologijos fakulteto dėstytoja Ieva Toleikytė bei menininkas Arūnas Vaitkus.


Parodą VU Gyvybės mokslų centre galima apžiūrėti lapkričio 6–20 dienomis. Vėliau ji keliaus į Maltos pagalbos ordino tarnybos rankas. Ši organizacija pasirūpins, kad fotografijos pasiektų jų autorių gimtuosius miestus ir kaimus.


Paroda „Veržli, ambicinga ir pozityvi 100-mečio Lietuva!“ rengiama įgyvendinant projektą „Keliaujanti šimtmečio Lietuva – ambasadorė Šiaurės šalyse“. Projektą iš dalies finansuoja Lietuvos kultūros taryba ir Lietuvos Respublikos kultūros ministerija.

Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro (VU GMC) tyrėjų komanda su kolegomis iš Prancūzijos pirmą kartą pasaulyje aprašė atvejį, kai moterų lyties takų bakterija Gardnerella vaginalis sukėlė smegenų pažeidimą ir stiprius neurologinius simptomus. Be to, VU GMC mokslininkai nustatė šios bakterijos DNR seką – tai pirmasis Lietuvos mokslininkų iššifruotas pilnas bakterijos genomas.

 

Jį galima rasti Genų banke, pasaulyje pripažintoje genų duomenų bazėje. VU GMC mokslininkų nustatytam genomui priskirtas unikalus numeris CP019058.

 

Šį genomą sudaro 1,7 milijono nukleotidų. Vienas nukleotidas gali būti suvokiamas kaip viena „raidė“, vienas elementas. Tai didžiausias Gardnerella vaginalis genomas iš visų iki šiol žinomų. Jau iššifruoti penkių šios bakterijos kamienų genomai, tad VU GMC tyrėjų buvo šeštasis. Pirmą kartą pilnas Gardnerella vaginalis genomas surinktas 2010 m. Iššifruoti pilną bakterijos genomą gana sudėtinga, tai gali užtrukti ilgiau nei metus.

 

„Mūsų skyriuje tyrinėjami toksinai, kuriuos gamina bakterijos. Vienas tokių – Gardnerella vaginalis toksinas vaginolizinas. Anksčiau buvome publikavę mokslinių straipsnių apie šį toksiną ir jo veikimą, taip pat esame sukūrę antikūnus, kurie blokuoja toksišką vaginolizino poveikį. Vieną dieną sulaukėme laiško iš medicinos mikrobiologo dr. Jacques‘o Tankovico, dirbančio vienoje Prancūzijos ligoninių. Į ją pateko pacientė su stipriais neurologiniais simptomais: iš pradžių ją kamavo traukuliai, vėliau būklė sparčiai blogėjo – pacientė prarado sąmonę, tad teko prijungti dirbtinę plaučių ventiliaciją“, – pasakojo VU GMC Biotechnologijos instituto Imunologijos ir ląstelės biologijos skyriaus vedėja prof. Aurelija Žvirblienė ir vyresnioji mokslo darbuotoja dr. Milda Plečkaitytė.

 

Ligonės kraujo mėginyje mikrobiologai nustatė Gardnerella vaginalis bakteriją, todėl Prancūzijos medikai susidomėjo, kaip ji gali būti susijusi su neurologiniais simptomais. Tai buvo gana netikėta, nes paprastai ši bakterija aptinkama moterų lyties takuose. „Mums tai irgi pasirodė labai įdomu, nes mokslinėje literatūroje panašus atvejis nebuvo aprašytas. Paprašėme kolegų iš Prancūzijos atsiųsti bakterijos kamieną, nes nusprendėme jį išsamiai patyrinėti“, – tyrimų pradžią prisiminė mokslininkės.

 

Pasak jų, tuo metu kaip tik pasitaikė galimybė Lietuvoje atlikti bakterijos genomo sekoskaitą, nes UAB „Thermo Fisher Scientific Baltics“ rengėsi išbandyti naują DNR sekoskaitos technologiją, tad pasiūlė pasinaudoti šia paslauga. Atliekant genomo sekoskaitą, iš bakterijos genomo buvo gauti tam tikri fragmentai, nustatyta jų seka. Tačiau tai buvo tik pusė darbo. VU GMC mokslininkai turėjo šiuos fragmentus tarsi dėlionę sudėlioti į vientisą grandinę. Tai atliko bioinformatikas dr. Albertas Timinskas.

 

Jis teigia, kad šis uždavinys buvo įdomus ne tik tuo, kad bakterija unikali ir ją reikia ištirti, bet ir tuo, kad tai buvo vienas pirmųjų bandymų Lietuvoje surinkti pilną bakterinio genomo seką, įsigilinti į surinkimo problematiką. „Bandant surinkti genomą į vieną informacijos srautą matyti, kad metodų, kaip tą padaryti, yra labai daug. Tai rodo problemos sudėtingumą. Išbandžiau tris populiariausius metodus, kitaip tariant, strategijas, kaip surinkti tą „dėlionę“. Tačiau jos davė skirtingus rezultatus. Tokiais atvejais dažniausiai išrenkami tik patikimiausi rezultatai ir publikuojama nepilna genomo seka, nebesigilinant į tolesnio surinkimo problematiką. Siekėme turėti pilną informaciją“, – sakė dr. A. Timinskas.

 

Pirmiausia jis bioinformatiniais metodais patikrino, ar „dėlionėje“ netrūksta dalių. Tačiau pastebėjo, kad surenkamame genome bus daug panašių DNR fragmentų. „Tarkime, sekoskaitos metu įsivėlė klaidų ir kurios nors genomo dalies trūksta, vaizdžiai tariant, namas dėlionėje liktų be kamino. Arba matai, kad dėlionėje yra keli skirtingi namai, bet su labai panašiais kaminais. Kurį pasirinkti? Kai yra pasirinkimo laisvė, problema išsiplėtoja. Turi kaip siūlų kamuolį išvyniotą genomą, kurį dar reikia išpainioti“, – pasakojo bioinformatikas.

 

Kad pavyktų atskirus DNR fragmentus sudėlioti į vientisą DNR grandinę, bioinformatikos metodus teko derinti su eksperimentais. Dr. M. Plečkaitytė pasiūlė būdus, kaip patikrinti ir patvirtinti neaiškias genomo vietas – tam reikėjo padauginti tam tikras DNR sekas ir parodyti, ar jos tikrai savo vietoje. „Genomo surinkimo metu tokie eksperimentai buvo labai svarbūs. Šį procesą vaizdžiai galima apibūdinti taip: važiuoji keliu (nes genomas yra linijinė molekulė) ir matai, kad jis išsišakoja, nors taip neturėtų būti. Tada su Milda tariamės, kokį kelią pasirinkti. Kaip bioinformatikas matau, kur tikimybė didesnė, bet vis tiek reikia ją patvirtinti. Taigi ši procedūra išties labai sudėtinga. Tai paaiškina, kodėl genų duomenų bazėje galima rasti nedaug pilnai surinktų genomų. Šis procesas kainuoja daug laiko ir pastangų, reikia atlikti begalę eksperimentų“, – aiškina dr. A. Timinskas.

 

VU GMC profesorė A. Žvirblienė džiaugiasi, kad iš fundamentinių tyrimų atsirado praktinė nauda. Tai, kad dabar turime pilną bakterijos Gardnerella vaginalis kamieno genomą, suteikia naują įrankį ne tik ją tyrinėjantiems VU GMC mokslininkams, bet ir kitiems tyrėjams: genome užkoduota informacija gali padėti suprasti, kas lemia šios bakterijos virulentiškumą, kodėl ji ar jos gaminami toksinai įveikė kraujo–smegenų barjerą ir sukėlė gyvybei pavojingus neurologinius simptomus. Mokslininkai tikisi, kad jų aprašytas neįprastas ligos atvejis patarnaus ir praktinei medicinai: jeigu pasitaikys panašus atvejis, bus galima įtarti, kad galvos smegenų pažeidimą gali sukelti būtent ši bakterija.

 

„Mus ypač nustebino dr. J. Tankovico profesionalumas – šis medicinos mikrobiologas ne tik nustatė neįprastą ligos sukėlėją, bet ir pademonstravo tikrai platų, mokslinį požiūrį į problemą. Šis žmogus mus susirado perskaitęs mūsų straipsnius moksliniuose žurnaluose. Buvo išties įdomu bendradarbiauti su medicinos biologu, kuris skaito mokslinius straipsnius ir domisi naujausiais mokslo pasiekimais, nors tai galbūt nesusiję su jo darbu klinikinėje laboratorijoje“, – pažymi prof. A. Žvirblienė.

 

Prancūzės pacientės istorija baigėsi laimingai – laiku atlikta tiksli mikrobiologinė diagnostika leido parinkti tinkamą gydymą antibiotikais, Gardnerella vaginalis infekcija buvo įveikta ir ligonė pasveiko.

 

Šio atvejo analizė publikuota žurnale „Anaerobe“.

 

Straipsnio autoriai: VU GMC mokslininkai dr. Milda Plečkaitytė, dr. Albertas Timinskas, doktorantės Miglė Janulaitienė ir Milda Zilnytė, prof. Aurelija Žvirblienė, Prancūzijos mokslininkai dr. Jacquesas Tankovicas, Jeanas Lucas Baudelis ir Ericas Maury.

Lietuvių kilmės profesionalus, dirbančius gyvybės mokslų srityje, po dvejų metų pertraukos vėl suburs tarptautinė konferencija „Vita Scientia“. Ji vyks sausio 3 d. Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centre (VU GMC). Numatytos dvi sesijos, skirtos molekulinio ir ląstelinio lygmenų tyrimams.


Viena šios konferencijos organizatorių, VU GMC jaunesnioji mokslo darbuotoja Inga Songailienė sako, kad gyvybės mokslai šiandien yra viena įtakingiausių ir plačiausių mokslo šakų, kurią neretai pasirenka gabiausi Lietuvos abiturientai, nes mūsų šalis šiame sektoriuje turi nemažą potencialą. „Vis daugiau jaunų tyrėjų išvažiuoja studijuoti į užsienio universitetus. Tai leido susidaryti įvairiapusiam, tačiau vis dar mažai realizuotam ekspertų tinklui. Todėl „Vita Scientia“ skatina bendradarbiavimą, idėjų mainus ir švelnina „protų nutekėjimo“ pasekmes“, – tvirtina jaunoji mokslininkė.


Pasak kito organizacinio komiteto nario, VU GMC doktoranto Juozo Nainio, idėjų mainai ir bendradarbiavimas šiuolaikiniame moksle yra vienas neįkainojamo originalumo šaltinių: dialoguose gimsta naujos tyrimų kryptys, sudėtingų problemų sprendimo būdai.


„Šiandien labiau kaip niekada mokslo pažangai reikia komandinių pastangų. Todėl tarpusavio komunikacija ir nauji ryšiai yra gyvybiškai svarbūs. Plačios tematikos konferencijos, tokios kaip „Vita Scientia“, suteikia unikalią galimybę surasti naujų kolegų ir generuoti naujas idėjas“, – įsitikinusi VU GMC doktorantė Miglė Kazlauskienė.


Kitų metų sausio pradžioje vyksiančios konferencijos „Vita Scientia“ pagrindiniais pranešėjais pasirinkti dr. Joseph’as Yeeles’as iš Medicinos tyrimų tarybos Molekulinės biologijos laboratorijos Kembridže ir dr. Jonas Kubilius iš Masačusetso technologijos instituto. Dr. J. Yeeles’as kalbės apie chromosomų dauginimosi mechanizmus ir su tuo susijusias problemas. Dr. J. Kubilius kvies diskutuoti, kaip gilusis mokymasis spartina mūsų supratimą apie žmogaus protą, kaip technologijos padeda tirti informacinius procesus smegenyse ir kaip neuromokslai gali prisidėti prie dirbtinio intelekto tyrimų.


Konferencijoje pranešimus taip pat skaitys Aistė Baleišytė iš Federalinės Lozanos politechnikos mokyklos, UAB „Rho Nano“, kuriančios nanodalelių produkcijos technologiją, vadovas dr. Gediminas Galinis, VU GMC profesoriaus Virginijaus Šikšnio įkurto startuolio „CasZyme“ direktorė dr. Monika Kavaliauskė.


Tarptautinė gyvybės mokslų konferencija „Vita Scientia“ rengiama nuo 2014 m. Joje yra dalyvavęs VU GMC ir Harvardo universiteto mokslininkas dr. Linas Mažutis, Oksfordo universiteto Ludvigo vėžio tyrimų instituto mokslininkas dr. Skirmantas Kriaučionis, į VU GMC po studijų Kembridže grįžusi neuromokslininkė dr. Urtė Neniškytė, Sistemų biologijos departamento vadovas prof. Ole Lundas iš Danijos technikos universiteto ir daugelis kitų perspektyvių mokslininkų.


Prieš dvejus metus šis renginys subūrė apie 400 dalyvių iš 12 šalių.


Registruotis į 2018 m. sausio 3 d. vyksiančią konferenciją galima iki gruodžio 3 d.