Sidebar

Studentų veikla

„Blokatorių poveikio menturdumblio Nitellopsis obtusa tonoplasto joninių kanalų aktyvumui tyrimas „patch clamp“ metodu“

Įgyvendinant 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 9 prioriteto „Visuomenės švietimas ir žmogiškųjų išteklių potencialo didinimas“ 09.3.3-LMT-K-712 priemonės „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklos „Studentų gebėjimų vykdyti MTEP veiklą ugdymas“ poveiklės „Studentų gebėjimų ugdymas vykdant tyrimus semestro metu“ Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biomokslų instituto Neurobiologijos ir biofizikos katedroje vykdomas projektas „Blokatorių poveikio menturdumblio Nitellopsis obtusa tonoplasto joninių kanalų aktyvumui tyrimas „patch clamp“ metodu“, 09.3.3-LMT-K-712-03-0008.

Projekto trukmė – 2017-10-02–2018-04-30
Mokslinio tyrimo vadovas – Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biomokslų instituto Neurobiologijos ir biofizikos katedros doc. Vilma Kisnierienė.
Studentas – biofizikos studijų programos I kurso studentas Vilmantas Pupkis.
Projekto tikslas – tirti įvairių blokatorių poveikį menturdumblio Nitellopsis obtusa tonoplasto joninių kanalų elektrinėms savybėms, vykdant elektrofiziologinį tyrimą „patch clamp“ metodu vieno kanalo lygmeniu.

Santrauka
Projektu siekiama lavinti perspektyvaus jaunojo tyrėjo mokslinius įgūdžius tiriant joninių kanalų aktyvumą vieno kanalo lygmeniu realiu laiku in vivo bei kitas su projektu susijusias mokslines kompetencijas.
„Patch clamp“ metodas idealiai tinka atskirti joninių kanalų populiacijas, tirti kanalų funkcines savybes, selektyvumą įvairiems jonams, taip pat įvairių medžiagų poveikį joninių kanalų aktyvumui. Šiame tyrime bus naudojama citoplazminių lašų, suformuotų iš menturdumblio Nitellopsis obtusa tarpubamblinių ląstelių, modelinė sistema, leidžianti tirti ląstelių vakuolės membranos (tonoplasto) joninius kanalus „patch clamp“ metodu sąlygomis, artimomis fiziologinėms. Projekto metu „patch clamp“ metodu bus tiriamas blokatorių (Cs+ jonų, tetraetilamonio chlorido, etakrininės rūgšties) poveikis joninių kanalų aktyvumui, t. y. tokiems parametrams kaip joninio kanalo laidumo ar atsidarymo tikimybės priklausomybė nuo įtampos. Šis projektas suteiks fundamentinių žinių apie joninių kanalų veikimo principus, užpildys žinių apie augalų elektrogenezę spragas. Gautus rezultatus bus galima lyginti su menturdumbliams evoliuciškai artimų aukštesniųjų augalų tyrimų rezultatais.

zenklas 2015 04 13

„Kamieninėms ląstelėms būdingų žymenų raiška 5-fluoruracilui ir oksaliplatinai atspariose žmogaus kolorektalinės karcinomos ląstelėse“

Įgyvendinant 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 9 prioriteto „Visuomenės švietimas ir žmogiškųjų išteklių potencialo didinimas“ 09.3.3-LMT-K-712 priemonės „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklos „Studentų gebėjimų vykdyti MTEP veiklą ugdymas“ poveiklės „Studentų gebėjimų ugdymas vykdant tyrimus semestro metu“ Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biomokslų institute vykdomas projektas „Kamieninėms ląstelėms būdingų žymenų raiška 5-fluoruracilui ir oksaliplatinai atspariose žmogaus kolorektalinės karcinomos ląstelėse “, 09.3.3-LMT-K-712-03-0018.

Projekto trukmė – 2017-10-02–2018-04-30
Mokslinio tyrimo vadovas – Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biomokslų instituto docentė Daiva Dabkevičienė.
Studentas – bakalauro pakopos molekulinės biologijos studijų programos II kurso studentas Andrius Jasinevičius.
Projekto tikslas – nustatyti, ar 5-fluoruracilo ir oksaliplatinai atsparumą įgijusios žmogaus kolorektalinės karcinomos HCT116/FU+OXA ir SW620/FU+OXA ląstelėms būdingi vėžio kamieninių ląstelių žymenys.

Santrauka
Šio darbo tikslas – nustatyti, ar 5-fluoruracilo ir oksaliplatinai atsparumą įgijusios žmogaus kolorektalinės karcinomos HCT116/FU+OXA ir SW620/FU+OXA ląstelėms būdingi vėžio kamieninių ląstelių žymenys. Viena naviko atsinaujinimo priežasčių – jame esančios vėžio kamieninės ląstelės, kurios pasižymi padidėjusiu atsparumu stresui bei gebėjimu diferencijuoti į skirtingo tipo ląsteles. Nustatyta, kad kai kuriais atvejais ląstelės, pasižyminčios atsparumu tam tikriems vaistams, įgyja ir vėžio kamieninėms ląstelėms būdingų savybių, kurios galėtų būti svarbios atsparumo išsivystymui. Todėl nustatant galimas atsparumo priežastis būtų naudinga ištirti ir kamieninių ląstelių požymius, kurie galėtų tapti taikiniu ieškant veiksmingo gydymo būdo. Šiame darbe numatoma charakterizuoti 5-fluoruracilui ir oksaliplatinai atsparumą įgijusias HCT116 ir SW620 ląstelių sublinijas, palyginant ląstelių adhezijos greitį, ląstelės ciklo trukmę bei IC50 dozes su pradinėmis ląstelėmis. Taip pat bus palyginta žinomų molekulinių žymenų raiška, įvertintas vaistus iš ląstelių galinčių išmesti sistemų aktyvumas minėtose ląstelių linijose. Yra žinoma, kad kamieninėse ląstelėse yra pakitę Wnt, Notch ir Hedhehog signaliniai keliai. Šio projekto metu bus įvertintas Notch ir Wnt signalinių kelių raiškos pokytis, šių kelių slopinimo įtaka vaistus iš ląstelių galinčių išmesti sistemų aktyvumui.

zenklas 2015 04 13

„Antropogeninės veiklos užterštų teritorijų dirvožemio genotoksiškumo įvertinimas diferencinio vaizdinimo metodu“

Įgyvendinant 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 9 prioriteto „Visuomenės švietimas ir žmogiškųjų išteklių potencialo didinimas“ 09.3.3-LMT-K-712 priemonės „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklos „Studentų gebėjimų vykdyti MTEP veiklą ugdymas“ poveiklės „Studentų gebėjimų ugdymas vykdant tyrimus semestro metu“ VU GMC Biomokslų institute vykdomas projektas „Antropogeninės veiklos užterštų teritorijų dirvožemio genotoksiškumo įvertinimas diferencinio vaizdinimo metodu“ kodas 09.3.3.-LMT-K-712-03-0065.

Projekto trukmė – 2017-10-02–2018-05-01
Mokslinio tyrimo vadovė – VU GMC Biomokslų instituto doc. Dr. Tatjana Čėsnienė.
Studentas – genetikos bakalauro studijų IV kurso studentas Laurynas Mockeliūnas.
Projekto tikslas – ištirti antropogeninės veiklos užterštų teritorijų dirvožemio genotoksiškumą pritaikant molekulinius ir bioinformatinius metodus.

Santrauka
Šio projekto tikslas yra ištirti antropogeninės veiklos užterštų teritorijų dirvožemio genotoksiškumą pritaikant molekulinius ir bioinformatinius metodus. Tokie tyrimai padėtų nustatyti ir įvertinti užterštų teritorijų dirvožemio pavojingumo laipsnį gyvoms sistemoms. Planuojamas naudoti modifikuotas diferencinio vaizdinimo (angl. differential display) metodas augalų tranksriptų profilių pokyčiams įvertinti po ilgalaikio poveikio tiriamaisiais dirvožemiais panaudojant specifinius CPPD (angl. Conserved DNA-Derived Polymorphism) pradmenis, specifinius atskiroms augalų transkripcijos veiksnių šeimoms, kurie iki šiol nebuvo pritaikyti tokio pobūdžio tyrimams. Darbo planas – įvertinti augalų, augusių užterštuose dirvožemiuose vieną ir tris mėnesius, diferencinės raiškos skirtumus, taip pat pritaikyti bioinformatinę analizę, o gautus duomenis susieti su dirvožemių užterštumo rodikliais.

zenklas 2015 04 13

„Acinetobacter baumannii bakterijos virulentiškumo veiksnių struktūrinis ir funkcinis tyrimas“

Įgyvendinant 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 9 prioriteto „Visuomenės švietimas ir žmogiškųjų išteklių potencialo didinimas“ 09.3.3-LMT-K-712 priemonės „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklos „Studentų gebėjimų vykdyti MTEP veiklą ugdymas“ poveiklės „Studentų gebėjimų ugdymas vykdant tyrimus semestro metu“ Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biomokslų institute vykdomas projektas „Acinetobacter baumannii bakterijos virulentiškumo veiksnių struktūrinis ir funkcinis tyrimas“, 09.3.3-LMT-K-712-03-0015.

Projekto trukmė – 2017-10-02–2018-04-30
Mokslinio tyrimo vadovas – Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biomokslų instituto vyresnioji mokslo darbuotoja dr. Julija Armalytė.
Studentas – molekulinės biologijos studijų programos IV kurso studentė Emilija Karazijaitė.
Projekto tikslas – tobulinti studento praktinius gebėjimus eksperimentinių gyvybės mokslų srityje konstruojant Acinetobacter baumannii bakterijos paviršiaus baltymų Blp1 ir OmpA domenų mutantus ir nustatant jų reikšmę virulentinėms bakterijos savybėms.

Santrauka
Projekto tikslas – tobulinti studento praktinius gebėjimus eksperimentinių gyvybės mokslų srityje konstruojant Acinetobacter baumannii bakterijos paviršiaus baltymų Blp1 ir OmpA domenų mutantus ir nustatant jų reikšmę virulentinėms bakterijos savybėms. A. baumannii yra neigiamas oportunistinis patogenas, kuris cirkuliuoja ligoninių aplinkoje ir sukelia sunkiai gydomas infekcijas dėl bakterijų atsparumo beveik visų klasių antibiotikams. Ieškoma alternatyvių antibiotikams priemonių, kurios pasižymėtų efektyviu antibakteriniu poveikiu. Bakterijų paviršiaus molekulės, kurios reikalingos sąveikai su abiotiniais paviršiais ir šeimininko ląstelėmis, yra itin patrauklūs terapijos taikiniai, pavyzdžiui, kuriant vakcinas. Siekiant projekto tikslo numatytas Blp1 ir OmpA baltymų mutacijų konstravimas ir įvedimas į A. baumannii genomą, mutantų virulentiškumo in vitro (bioplėvelių sudarymas, reakcija į serumą) bei in vivo (C. elegans gyvūnų modelis) tyrimai.

zenklas 2015 04 13

„Geobacillus genties bakterijų sintetinamų ureazių tyrimai“

Įgyvendinant 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 9 prioriteto „Visuomenės švietimas ir žmogiškųjų išteklių potencialo didinimas“ 09.3.3-LMT-K-712 priemonės „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklos „Studentų gebėjimų vykdyti MTEP veiklą ugdymas“ poveiklės „Studentų gebėjimų ugdymas vykdant tyrimus semestro metu“ Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biomokslų institute vykdomas projektas „Geobacillus genties bakterijų sintetinamų ureazių tyrimai“, 09.3.3-LMT-K-712-03-0002.

Projekto trukmė – 2017-10-02–2018-04-30
Mokslinio tyrimo vadovas – Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biomokslų instituto asistentė dr. Renata Gudiukaitė.
Studentas – Vilniaus universiteto antrosios pakopos mikrobiologijos ir biotechnologijos studijų programos I kurso studentas Vilius Malūnavičius.
Projekto tikslas – tirti Geobacillus genties bakterijų sintetinamas ureazes kaip potencialius rekombinantinius biokatalizatorius.

Santrauka
Didėjant žmonijos populiacijai kartu didėja ir pramoninės produkcijos paklausa. Siekiant patenkinti šią paklausą ieškoma naujų produktų gamybos metodų, substratų, naujų biokatalizatorių esamiems ir kuriamiems produktams sintetinti. Ureazės yra amidohidrolazių ir fosfotriesterazių superšeimos atstovės, kurių veiklą aktyvina nikelio jonai. Ureazės reikšmingos vykdant mikroorganizmų indukuotą kalcio karbonato precipitaciją. Šie procesai svarbūs statybų sektoriuje ir besivystančioje geotechnologijų srityje, siekiant sukurti patvaresnes konstrukcijas; siekiant pašalinti kalcio junginius iš nuotekų vandens; vykdant metalais užteršto dirvožemio ir požeminių vandenų remediaciją; teršalų biodegradacijoje ir kt. Dėl reakcijų, kuriose dalyvauja ureazės, galima pagerinti cemento skiedinio savybes, betone sumažėja vandens ir chlorido jonų skvarbumas, regeneruojami įtrūkimai, atsirandantys betono, smėlio, kalkmenio konstrukcijose ir paminkluose. Šiandien vis dar trūksta analizės, susijusios su mikroorganizmų sintetinamų ureazių savybėmis ir rekombinantinių jų variantų kūrimu. Šiame projekte siekiama įvertinti Geobacillus genties mikroorganizmų potencialą sintetinti ureazes bei pritaikyti rekombinantinių fermentų kūrimo strategijas padidinti šių fermentų išeigai, išsamiau charakterizuoti. Projekto metu bus atlikta išsami Geobacillus genties bakterijų sintetinamų ureazių genų ir baltymų analizė in silico. Tuo remiantis bus atliekami genų inžinerijos darbai, leisiantys sukurti rekombinantinius ureazių variantus. Taip pat bus nustatytos sąlygos, leidžiančios gauti didžiausią rekombinantinių ureazių sintezę. Įgyvendinus projektą pirmą kartą bus išsamiai ištirta Geobacillus genties bakterijų sintetinamų ureazių genetinė organizacija, savybės, pritaikymo biocementacijoje ar agrotechnologijose galimybės.

zenklas 2015 04 13

„Bioaktyvių medžiagų sintezės genų raiškos tyrimai Kruberio-Voronja urvo mikroorganizmuose“

Įgyvendinant 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 9 prioriteto „Visuomenės švietimas ir žmogiškųjų išteklių potencialo didinimas“ 09.3.3-LMT-K-712 priemonės „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklos „Studentų gebėjimų vykdyti MTEP veiklą ugdymas“ poveiklės „Studentų gebėjimų ugdymas vykdant tyrimus semestro metu“ VU GMC Biomokslų institute vykdomas projektas „Bioaktyvių medžiagų sintezės genų raiškos tyrimai Kruberio-Voronja urvo mikroorganizmuose“ (kodas 09.3.3-LMT-K-712-03-0005).

Projekto trukmė – 2017-10-02–2018-05-01
Mokslinio tyrimo vadovė – VU GMC Biomokslų instituto prof. Nomeda Kuisienė.
Studentas – mikrobiologijos ir biotechnologijos magistrantūros studijų programos I kurso studentas Dominykas Bukelskis.
Projekto tikslas – ištirti bioaktyvių medžiagų biosintezės genų raišką Kruberio-Voronja urvo mikroorganizmų izoliatuose.

Santrauka
Naujų natūralių bioaktyvių medžiagų, pasižyminčių antibakteriniu, priešvėžiniu, priešgrybiniu, antivirusiniu, antidiabetiniu, prieš pirmuonis nukreiptu bei kitokiais aktyvumais, paieška yra labai svarbi šiuolaikinių biomedicininių tyrimų sritis. Mikroorganizmai kaip potencialūs bioaktyvių junginių producentai šiuose tyrimuose yra pagrindiniai taikiniai. Tokios unikalios, mažai ištirtos buveinės kaip požeminiai urvai laikomi ypač didelį potencialą turinčiu naujų bioaktyvių medžiagų šaltiniu. Šio projekto tikslas – ištirti bioaktyvių medžiagų biosintezės genų raišką giliausio Žemėje žinomo urvo – Kruberio-Voronja – mikroorganizmų izoliatuose. Tai izoliatai, kurie ankstesniuose mūsų mokslinės grupės tyrimuose pasirinktomis eksperimentų sąlygomis nerodė fenotipinio antibakterinio aktyvumo, tačiau juose buvo identifikuoti bioaktyvių medžiagų sintezėje dalyvaujantys poliketidų sintazių ir neribosominių peptidų sintetazių genai. Šiame projekte numatyta atlikti tiek kokybinę, tiek kiekybinę šių genų raiškos analizę. Atliekant tyrimus bus įvertinta mitybinės terpės, populiacijos tankio ir konkurencinių sąlygų įtaka genų raiškai. Tai bus pirmieji tokio pobūdžio darbai pasaulyje urvų mikrobiologijos srityje. Mūsų žiniomis, bioaktyvių medžiagų sintezės genų raiškos tyrimai urvų mikroorganizmuose iki šiol nebuvo atlikti. Nustatytos genų raiškos tendencijos leis efektyviau vykdyti naujų bioaktyvių medžiagų paiešką tokioje unikalioje gamtinėje aplinkoje – požeminiuose urvuose.

zenklas 2015 04 13

„Chemoterapinių vaistų 5-fluorouracilo ir oxaliplatinos sukeliamos žūties tyrimas kolorektalinės karcinomos ląstelėse“

Įgyvendinant 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 9 prioriteto „Visuomenės švietimas ir žmogiškųjų išteklių potencialo didinimas“ 09.3.3-LMT-K-712 priemonės „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklos „Studentų gebėjimų vykdyti MTEP veiklą ugdymas“ poveiklės „Studentų gebėjimų ugdymas vykdant tyrimus semestro metu“ Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biomokslų institute vykdomas projektas „Chemoterapinių vaistų 5-fluorouracilo ir oxaliplatinos sukeliamos žūties tyrimas kolorektalinės karcinomos ląstelėse“, 09.3.3-LMT-K-712-03-0015.

Projekto trukmė – 2017-10-02–2018-04-30
Mokslinio tyrimo vadovas – Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biomokslų instituto docentė Violeta Jonušienė.
Studentas – molekulinės biologijos magistrantūros studijų programos I kurso studentė Eigilė Eidėnaitė.
Projekto tikslas – ištirti 5-fluorouracilo ir oksaliplatinos sukeliamos žūties pobūdį ir moduliacijos galimybes kolorektalinės karcinomos HCT116 ir SW620 bei iš jų išvestose atsparesnėse šiems chemoterapiniams vaistams ląstelėse.

Santrauka
Šio darbo tikslas yra ištirti 5-fluorouracilo ir oxaliplatinos sukeliamos žūties pobūdį ir moduliacijos galimybes kolorektalinės karcinomos HCT116 ir SW620 bei iš jų išvestose atsparesnėse šiems chemoterapiniams vaistams ląstelėse. Žūtis yra svarbus biologinis procesas, pašalinantis pažeistas ar netinkamas ląsteles. Daugelis vėžinių susirgimų gydomi chemoterapiniais vaistais, kurie sutrikdo viduląstelinius procesus ir skatina ląstelių žūtį. Tačiau didžiausia problema atsiranda tada, kai vartojamų vaistų poveikis mažai efektyvus, kai yra įgimtas ar įgytas atsparumas. Viena iš atsparumo vaistams priežasčių – pakitę žūties mechanizmai. Susidarantį atsparumą bandoma apeiti įvairiais būdais, vienas iš jų – paskatinti ląstelių žūtį. Šiame darbe bus tiriamos žmogaus kolorektalinės karcinomos ląstelės HCT116 ir SW620 ir iš jų išvestos 5-fluorouracilui ir oksaliplatinai atsparesnės ląstelės. Iš pradžių planuojam tirti, kaip veikiant 5-fluorouracilu ir oksaliplatina pasikeitė ląstelės žūtis joms įgijus atsparumą. Taip pat bus tiriama apoptozės ir nekroptozės svarba chemoterapijai, slopinant šiuos žūties kelius. Kadangi atsparumas chemoterapijai dažniausiai siejamas su sutrikusia apoptoze, bus tiriama galimybė paskatinti nekroptozę per TNF-alfą kartu blokuojant kaspazes. Tai galėtų padėti sustiprinti chemoterapinių vaistų poveikį aplenkiant sutrikusį apoptozės mechanizmą.

zenklas 2015 04 13

„Felixo1virus genties fagų bakterinius receptorius atpažįstančių baltymų funkciniai tyrimai“

Įgyvendinant 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 9 prioriteto „Visuomenės švietimas ir žmogiškųjų išteklių potencialo didinimas“ 09.3.3-LMT-K-712 priemonės „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklos „Studentų gebėjimų vykdyti MTEP veiklą ugdymas“ poveiklės „Studentų gebėjimų ugdymas vykdant tyrimus semestro metu“ Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biochemijos institute vykdomas projektas „Felixo1virus genties fagų bakterinius receptorius atpažįstančių baltymų funkciniai tyrimai“, 09.3.3-LMT-K-712-03-0001.

Projekto trukmė – 2017-10-02–2018-04-30
Mokslinio tyrimo vadovas – Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biochemijos instituto vyresnioji mokslo darbuotoja dr. Lidija Truncaitė.
Studentas – Vilniaus universiteto antrosios pakopos Biochemijos studijų programos 1 kurso studentas Laurynas Alijošius.
Projekto tikslas – nustatyti, kurie Felixo1virus genties bakteriofagų viriono baltymai yra atsakingi už skirtingų bakterinės ląstelės receptorių atpažinimą.

Santrauka
Bakteriofagai (fagai) yra bakterijų virusai, atrankiai atpažįstantys savo ląsteles-šeimininkes. Atpažinimui receptoriais gali tarnauti įvairios ląstelės paviršiaus struktūros, su kuriomis sąveikauja specialūs fagų virionų baltymai – antireceptoriai. Felixo1virus genties fagai atrankiai infekuoja skirtingas Esherichia ir Salmonella genčių bakterijas, tačiau jų atrankumo mechanizmas neištirtas. Šio darbo tikslas yra nustatyti už skirtingų bakterinių receptorių atpažinimą atsakingus Felixo1virus genties fagų baltymus. Darbo metu bus siekiama gauti šių fagų spėjamų antireceptorių rekombinantinius baltymus, kurie bus imobilizuojami ant magnetinių dalelių paviršiaus ir tikrinama, ar jie gebės surišti atitinkamas ląsteles-šeimininkes.

zenklas 2015 04 13

„Restrikcijos endonukleazės MnlI struktūros ir funkcijos ryšio tyrimas“

Įgyvendinant 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 9 prioriteto „Visuomenės švietimas ir žmogiškųjų išteklių potencialo didinimas“ 09.3.3-LMT-K-712 priemonės „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklos „Studentų gebėjimų vykdyti MTEP veiklą ugdymas“ poveiklės „Studentų gebėjimų ugdymas vykdant tyrimus semestro metu“ Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Restrikcijos endonukleazės MnlI struktūros ir funkcijos ryšio tyrimas“, 09.3.3-LMT-K-712-03-0016.

Projekto trukmė – 2017-10-02–2018-04-30
Mokslinio tyrimo vadovas – Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos instituto vyriausiasis mokslo darbuotojas Mindaugas Zaremba.
Studentas – bakalauro studentas Edvinas Stankūnas.

Santrauka
Šio projekto tikslas – pagerinti jaunųjų tyrėjų parengimą, patobulinti jų kvalifikaciją, kai studentas, įvykdęs projektą, atsakys į iškeltą mokslinį klausimą: pradedant nuo suformuluotos hipotezės, baigiant jos eksperimentiniu patikrinimu. Projekto mokslinė tema – restrikcijos endonukleazės MnlI stuktūros ir funkcijos ryšys.

zenklas 2015 04 13

„Prikabintų lipidinių membranų tyrimas skenuojančiu tuneliniu mikroskopu“

Įgyvendinant 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 9 prioriteto „Visuomenės švietimas ir žmogiškųjų išteklių potencialo didinimas“ 09.3.3-LMT-K-712 priemonės „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklos „Studentų gebėjimų vykdyti MTEP veiklą ugdymas“ poveiklės „Studentų gebėjimų ugdymas vykdant tyrimus semestro metu“ Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biochemijos institute vykdomas projektas „Prikabintų lipidinių membranų tyrimas skenuojančiu tuneliniu mikroskopu“, 09.3.3-LMT-K-712-03-0067.

Projekto trukmė – 2017-10-02–2018-04-30
Mokslinio tyrimo vadovas – Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biochemijos instituto mokslo darbuotojas dr. Tadas Ragaliauskas.
Studentas – magistrantūros pakopos chemijos studijų programos I kurso studentė Auksė Rapnikaitė.
Projekto tikslas – skenuojančio tunelinio mikroskopo pritaikymas įvairių lipidinių membranų ir jų sąveikos su toksinais tyrimuose.

Santrauka
Ląstelės membrana yra sudėtinga savitvarkė sistema, kurios viena pagrindinių funkcijų – apsaugoti ląstelės turinį nuo išorės veiksnių, ypač nuo įvairias ligas sukeliančių toksinų. Tad membranos studijos turi ypač didelę reikšmę medicinai, fiziologijai ir daugeliui kitų sričių. Šiuo metu kuriami įvairūs membranų modeliai, bet pastaruoju metu itin aktyviai vystomos prie paviršiaus prikabintos dvisluoksnės fosfolipidinės membranos (tBLM) – lipidinis dvisluoksnis padedant specialiems (inkariniams) junginiams tvirtinamas prie kieto pagrindo. Ši technologija leidžia dirbtines membranas priartinti prie natūralių sąlygų – membrana iš abiejų pusių apsupta vandens. Tai ypač svarbu dirbant su tam tikrais baltymais – toksinais, kurie perveria lipidinį barjerą ir jame suformuoja porą, taip sukeldami ląstelės žūtį. Šiuo metu aktyviai dirbama su nuo cholesterolio priklausomais baltymais (citolizinais) – pneumolizinu ir vaginolizinu. Vienas didžiausių iššūkių – vis dar nežinoma, kokią reikšmę šių baltymų sąveikai turi cholesterolis. Žinoma tik tai, kad membranose turi būti cholesterolio. Visi iki tol naudoti metodai tiriant šias membranas nesuteikia tokios informacijos. Tad šiame projekte bus bandyta pritaikyti kitą tyrimo metodą – tunelinį skenuojantį mikroskopą (STM). Šis metodas padės vizualizuoti paviršiaus morfologiją. Tai galima atlikti ir su atominiu jėgos mikroskopu (AJM), bet STM metodo pranašumas prieš kitus – pavyzdį galima tirti 0,1 nanometro tikslumu, ko negalima su jokiais kitais šiuo metu prieinamais metodais. Tai turėtų leisti nustatyti, kaip cholesterolis pasiskirstęs membranoje, kokią reikšmę turi membranos ir baltymo sąveikai.

zenklas 2015 04 13

„Oksopirolidino grupę turinčių benzensulfonamidų ir žmogaus rekombinantinių karboanhidrazių sąveikos termodinaminė analizė“

Įgyvendinant 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 9 prioriteto „Visuomenės švietimas ir žmogiškųjų išteklių potencialo didinimas“ 09.3.3-LMT-K-712 priemonės „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklos „Studentų gebėjimų vykdyti MTEP veiklą ugdymas“ poveiklės „Studentų gebėjimų ugdymas vykdant tyrimus semestro metu“ Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Oksopirolidino grupę turinčių benzensulfonamidų ir žmogaus rekombinantinių karboanhidrazių sąveikos termodinaminė analizė“ (Nr. 09.3.3.-LMT-K-712-03-0070).

Projekto trukmė – 2017-10-02–2018-04-30
Mokslinio tyrimo vadovas – Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos instituto vyriausiasis mokslo darbuotojas Daumantas Matulis.
Studentė – biochemijos magistrantūros studijų programos I kurso studentė Vaida Paketurytė.
Projekto tikslas – ištirti naujų susintetintų oksopirolidino grupę turinčių benzensulfonamidų jungimosi su rekombinantinėmis žmogaus karboanhidrazėmis stiprumą ir įvertinti šių sąveikų selektyvumą.

Santrauka
Baltymų ir mažamolekulinių junginių sąveikos tyrimai yra svarbus įrankis, padedantis kurti naujus vaistus, skirtus gydyti vėžį, glaukomą, epilepsiją ir kitas ligas. Šių ligų atsiradimo priežastis gali būti sutrikęs vienos ar kelių karboanhidrazių biologinis aktyvumas. Žmogaus organizme iš viso yra 12 aktyvių karboanhidrazių izoformų. Naujų junginių, selektyvių su ligomis susijusiomis karboanhidrazių izoformomis, kūrimas yra aktualus uždavinys. Šiuo projektu siekiama pagilinti žinias apie baltymų-ligandų giminingumą, įgyvendinant projekto tikslą – ištirti įvairių naujai susintetintų oksopirolidino grupę turinčių benzensulfonamidų sąveikos su rekombinantinėmis žmogaus karboanhidrazėmis stiprumą ir selektyvumą, atlikti išsamų termodinaminių parametrų nustatymą.

zenklas 2015 04 13

„Kalneksinas bei jo mutantinės formos“

Įgyvendinant 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 9 prioriteto „Visuomenės švietimas ir žmogiškųjų išteklių potencialo didinimas“ 09.3.3-LMT-K-712 priemonės „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklos „Studentų gebėjimų vykdyti MTEP veiklą ugdymas“ poveiklės „Studentų gebėjimų ugdymas vykdant tyrimus semestro metu“ Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Kalneksinas bei jo mutantinės formos“, 09.3.3-LMT-K-712-03-0088.

Projekto trukmė – 2017-10-02–2018-04-30
Mokslinio tyrimo vadovas – Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos instituto mokslo darbuotojas dr. Evaldas Čiplys.
Studentas – biochemijos studentas Rokas Statkevičius.

Santrauka
Projekto „Kalneksinas bei jo mutantinės formos“ metu bus tobulinami metodai, leidžiantys greitai ir efektyviai išgryninti žinduolių kalneksino baltymą, endoplazminio tinklo šaperoną bei jo mutantines formas iš mielių augimo terpės. Šių metodų ištobulinimas, taip pat gauti išgryninti baltymai yra svarbūs tolimesniems tyrimams, kurie siekia nustatyti kalneksino vaidmenį žmogaus įgimtiems sutrikimams.

zenklas 2015 04 13

„Metileno mėlio įtakos žmogaus superoksido dismutazės I (SOD1) amiloidinei agregacijai nustatymas“

Įgyvendinant 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 9 prioriteto „Visuomenės švietimas ir žmogiškųjų išteklių potencialo didinimas“ 09.3.3-LMT-K-712 priemonės „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklos „Studentų gebėjimų vykdyti MTEP veiklą ugdymas“ poveiklės „Studentų gebėjimų ugdymas vykdant tyrimus semestro metu“ VU GMC Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Metileno mėlio įtakos žmogaus superoksido dismutazės I (SOD1) amiloidinei agregacijai nustatymas“ (kodas 09.3.3-LMT-K-712-03-0059).

Projekto trukmė – 2017-10-02–2018-05-01
Mokslinio tyrimo vadovas – Biotechnologijos instituto vyr. m. d. Vytautas Smirnovas.
Studentė – bioinžinerijos magistrantūros studijų programos I kurso studentė Greta Musteikytė.
Projekto tikslas – tobulinti studentės gebėjimą savarankiškai atlikti mokslinius tyrimus ir įvertinti, kokią įtaką metileno mėlis turi SOD1 baltymo stabilumui, agregacijos kinetikai ir agregatų struktūrai in vitro.

Santrauka
Neurodegeneracinės ligos – lėtinės nervų sistemos ligos, tokios kaip Alzheimerio, Parkinsono, Hantingtono, kurių metu pažeidžiamos nervinės ląstelės. Viena tokių ligų yra amiotrofinė lateralinė sklerozė (ALS). Ji dažniausiai siejama su antioksidacinio fermento superoksido dismutazės I (SOD1) agregacija. Vaistų, išgydančių šią ligą, nėra, tačiau pastaruoju metu itin didelio tyrėjų susidomėjimo sulaukia metileno mėlis, kuris, sąveikaudamas su SOD1 baltymu, galimai veikia kaip agregacijos slopiklis. Šio projekto tikslas – įvertinti, kokią įtaką metileno mėlis turi SOD1 baltymo stabilumui, agregacijos kinetikai ir agregatų struktūrai in vitro. Šios žinios neabejotinai reikalingos metileno mėlio, kaip potencialaus vaisto, vystymui. Tyrimo metu atliekami baltymo stabilumo ir agregacijos kinetikos tyrimai fluorescencinės spektroskopijos metodu; agregatų morfologija vertinama pasitelkiant atominės jėgos mikroskopiją, o jų struktūra – infraraudonųjų spindulių spektroskopijos metodu.

zenklas 2015 04 13

„Modifikuotų citidino analogų sintezė ir jų įjungimas į oligonukleotidą“

Įgyvendinant 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 9 prioriteto „Visuomenės švietimas ir žmogiškųjų išteklių potencialo didinimas“ 09.3.3-LMT-K-712 priemonės „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklos „Studentų gebėjimų vykdyti MTEP veiklą ugdymas“ poveiklės „Studentų gebėjimų ugdymas vykdant tyrimus semestro metu“ Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biochemijos institute vykdomas projektas „Modifikuotų citidino analogų sintezė ir jų įjungimas į oligonukleotidą“, 09.3.3.-LMT-K-712-03-0047.

Projekto trukmė – 2017-10-02–2018-05-01
Mokslinio tyrimo vadovas – Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biochemijos instituto vyr. mokslo darbuotoja Daiva Tauraitė.
Studentas – magistrantūros pakopos biochemijos studijų programos I kurso studentas Povilas Virbickas.

Santrauka
Oligonukleotidai yra trumpi nukleorūgščių fragmentai, naudojami molekulinės biologijos, biotechnologijos, sintetinės biologijos srityse, taip pat medicinoje. Gamtiniai oligonukleotidai dažnai yra netinkami medicinoje dėl savo mažo atsparumo ir biostabilumo. Tam reikalingos įvairios modifikacijos, kurios galėtų pagerinti terapijai naudojamo nukleotido giminingumą ar specifiškumą taikinio molekulei, pasiskirstymą organizme, kontroliuoti kai kurių oligonukleotidų motyvų polinkį agreguotis ar sumažinti toksiškumą. Vystantis oligonukleotidų technologijoms išlieka didelis poreikis alternatyvioms nukleotidų modifikacijoms. Šio mokslinio darbo tikslas – susintetinti modifikuotus nukleotidus, tirti jų įjungimą į DNR. Projekto metu atliekama N4 acilintų 2'-deoksicitidino trifosfatų, turinčių įvairias funkcines grupes, sintezė. Naujai susintetinti, išgryninti bei identifikuoti tiriami kaip substratai fermentinėje modifikuotų oligonukleotidų sintezėje. Bus atliekama polimerazių, gebančių panaudoti modifikuotus nukleotidus, atranka bei susintetintų modifikuotų oligonukleotidų analizė ir jų savybių tyrimas.

zenklas 2015 04 13

„StCsm komplekso optimizavimas“

Įgyvendinant 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 9 prioriteto „Visuomenės švietimas ir žmogiškųjų išteklių potencialo didinimas“ 09.3.3-LMT-K-712 priemonės „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklos „Studentų gebėjimų vykdyti MTEP veiklą ugdymas“ poveiklės „Studentų gebėjimų ugdymas vykdant tyrimus semestro metu“ Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „StCsm komplekso optimizavimas“, 09.3.3-LMT-K-712-03-0066.

Projekto trukmė – 2017-10-02–2018-04-30
Mokslinio tyrimo vadovas – Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos instituto vyresnysis mokslo darbuotojas dr. Gintautas Tamulaitis.
Studentas – bakalauro molekulinės biologijos studentė Augustė Ambrazaitė.

Santrauka
Visų organizmų funkcionavimą lemia genų raiška, todėl jos reguliavimas yra itin svarbus tiek fundamentiniuose tyrimuose, tiek įvairių ligų gydymui. Šiuo metu vienas labiausiai vystomų genų raiškos reguliavimo metodų yra RNR nutildymas pasitelkiant mažąsias RNR molekules. Deja, tam tikri jo trūkumai apsunkina šio metodo taikymą praktikoje. Kaip alternatyvą siūlome III-A tipo CRISPR-Cas sistemos Csm efektorinį kompleksą, kurio veikimo mechanizmas panašus, tačiau šiais trūkumais nepasižymi. Kad galėtume Csm kompleksą naudoti kaip molekulinį įrankį genų raiškos reguliavimui, jį reikia optimizuoti. Šiame projekte, naudodami kryptingą mutagenezę, Csm kompleksą modifikuosime taip, kad jis pasižymėtų tik vienu, mums reikalingu aktyvumu. Taip Csm kompleksas taptų patogesnis ir saugesnis, norint jį naudoti genų raiškos reguliavimui ląstelėse. Optimizuotas Csm kompleksas galėtų tapti efektyvia RNR nutildymo mažomis RNR molekulėmis alternatyva tiek laboratorijoje, tiek terapijoje.

zenklas 2015 04 13