Sidebar

SMART

„Programinė REST paslaugų sistema realiu laiku tolimai giminingiems baltymams ieškoti ir modeliuoti“

Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Programinė REST paslaugų sistema realiu laiku tolimai giminingiems baltymams ieškoti ir modeliuoti“ (Nr. 01.2.2-LMT-K-718-01-0028), finansuojamas pagal 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 1 prioriteto „Mokslinių tyrimų, eksperimentinės plėtros ir inovacijų skatinimas“ 01.2.2-LMT-K-718 priemonės „Tiksliniai moksliniai tyrimai sumanios specializacijos srityje“ veiklą „Aukšto lygio tyrėjų grupių vykdomi moksliniai tyrimai“.

Projekto trukmė: 2018-01-08 – 2022-01-07.
Projekto vadovas: dr. Mindaugas Margelevičius.
Projekto tikslas: didinti baltymų evoliucinio giminingumo nustatymo jautrumą ir tikslumą, sukurti patogias ir greitai veikiančias priemones, leidžiančias tyrėjams realiu laiku atlikti baltymų homologijų paieškas, evoliucijos tyrimus ir numatyti jų erdvines struktūras.

Santrauka
Baltymo struktūros numatymas pagal jo seką yra vienas svarbiausių uždavinių bioinformatikoje, kurio sėkmingas sprendimas apimtų beveik visas biomedicinos sritis. Šiuo metu patikimiausias būdas numatyti struktūrą – modeliavimas pagal homologiją, išvestą remiantis sekų šeimomis. Projekto tikslas – stiprinti baltymų homologijų nustatymo jautrumą, sukurti patogias ir greitai veikiančias priemones, leidžiančias tyrėjams realiu laiku atlikti baltymų homologijų paieškas, evoliucijos tyrimus ir modeliavimą. Siekiant šio tikslo planuojama sukurti bendrą sekų šeimų sugretinimų įverčių statistinio reikšmingumo vertinimo metodologiją, leisiančią žymiai padidinti COMER metodo (Margelevičius, Bioinformatics 32, 2016) jautrumą ir sekų šeimų sugretinimų tikslumą. COMER metodo našumui didinti planuojama sukurti savarankišką COMER programinės įrangos versiją, skaičiavimus vykdančią remiantis CUDA lygiagrečių skaičiavimų architektūra. Metodo naudojimosi galimybėms plėsti planuojama sukurti interneto paslaugų sistemą, skirtą realiu laiku vykdyti COMER homologijų paieškoms, rezultatų analizei ir baltymų modeliavimams pagal gautus sekų šeimų sugretinimus. Tikimasi, kad žymiai pagerinta visais atžvilgiais COMER metodo realizacija taps svarbia priemone tiek didelio masto duomenų analizei, tiek atskirų baltymų evoliucinei ir struktūrinei analizei realaus laiko aplinkoje. Tai prisidės prie gilesnio biologinių procesų supratimo.
Projektas finansuojamas iš Europos regioninės plėtros fondo. Plačiau

zenklas 2015 04 13

„Biokatalizinės sistemos nekrakmolinių poli- ir oligosacharidų konversijai“

Projekto tikslas – sukurti didelio našumo biokatalizines sistemas pramoninei nekrakmolinių poli- ir oligosacharidų redukuojančių galų oksidacijai, kuriant didelės pridėtinės vertės produktus – aldono rūgštis. Oligosacharidų aldono rūgštys naudojamos odos priežiūrai ir gydymui, polisacharidų aldono rūgštys yra paklausūs probiotikai, geležį kompleksuojantys maisto papildai ar biologiškai suderinamos medžiagos paviršių dengimui. Projekto naujumas – naujų fermentų, efektyvių ir iki šiol nepademonstruotų metodų dehidrogenazių kofaktorių regeneravimui sukūrimas ir efektyvaus, iki šiol nepademonstruoto biorektoriaus vystymas, kuris katalizuotų angliavandenių oksidaciją iki aldono rūgščių su didele išeiga ir pramoniniu efektyvumu.

Projekto mokslinio tyrimo vadovas – dr. Marius Dagys.

Projektas finansuojamas iš Europos regioninės plėtros fondo lėšų.

zenklas 2015 04 13

„Pacientui savitos plaučių vėžio heterogeninių ląstelių ex vivo modelinės sistemos sukūrimas priešvėžinių vaistų parinkimui personalizuotam gydymui“

Projekto tikslas – sukurti modelinę sistemą, sudarytą iš paciento ląstelių, kuri būtų skirta vaistų konkrečiam pacientui atrankai laboratorijoje, remiantis plaučių vėžio ląstelių atsaku į vaistus ir tyrimais jų veikimo mechanizmų skirtingose ląstelėse. Modelis remiasi vėžinį audinį sudarančių ląstelių ex vivo funkcine patikra bei galimų veiksmingų terapinių poveikių nustatymu individualioms ląstelėms. Atlikus įvairių vėžinių ląstelių jautrumo chemo- ir taikininei terapijai patikrą in vitro bei nustačius veiksmingus priešvėžinius terapinius poveikius, pacientui galėtų būti skiriamas individualus gydymas. Naviko ląstelių ex vivo modeliai ateityje gali tapti įrankiu gydytojams parinkti vėžio gydymą.

Projekto mokslinio tyrimo vadovė – dr. Audronė Kalvelytė.

Projektas finansuojamas iš Europos regioninės plėtros fondo lėšų.

zenklas 2015 04 13