Sidebar

DNR modifikacijos tyrimų skyrius

Tyrimų kryptys

DNR modifikacijos tyrimų skyrius jau daugiau kaip dvidešimtmetį vykdo fundamentinius ir taikomuosius nuo S-adenozil-L-metionino (AdoMet) priklausomų DNR ir RNR metiltransferazių tyrimus. Parodėme, kad šie fermentai sugeba ant specifinių nukleorūgščių substratų pernešti ne tik gamtinę metilo grupę, bet ir ilgesnes šonines grandines su funkcinėmis grupėmis nuo laboratorijoje sukurtų sintetinių AdoMet analogų. Metiltransferazių pagrindu kuriami nauji molekuliniai įrankiai taikomi epigenomo profiliams tirti ar tikslinėms RNR molekulių klasėms žymėti.

TOP corrected

Epigenetiniai DNR ir nekoduojančių RNR (tokių  kaip mikroRNR ar ilgosios nekoduojančios RNR) raiškos pokyčiai yra viena iš pagrindinių vėžinių ir daugelio kitų ligų atsiradimo ir vystymosi priežasčių. Mūsų skyrius intensyviai tiria molekulinius tokių pokyčių mechanizmus ląstelėje, ieško potencialių biožymenų, kuria naujus metodus ligų prevencijai ir diagnostikai.

Pagrindinės tyrimų kryptys:

  • DNR ir RNR metiltransferazių struktūrinis-funkcinis tyrimas;
  • seleno-metiltransferazių inžinerija ir funkcinis tyrimas;
  • metiltransferazių panaudojimas biopolimerų žymėjimui funkcinėmis grupėmis in vitro ir in vivo;
  • eukariotinių DNR metiltransferazių funkcijos in vivo bei metilinimo dinamika audinių vystymosi metu ir ląstelių diferenciacijoje;
  • epigenetiniai DNR modifikacijų tyrimai sveikuose ir vėžiniuose audiniuose bei epigenetinių vėžio diagnostikos metodų kūrimas;
  • baltymus nekoduojančių mažųjų RNR, kurios daro įtaką ląstelės procesams, susijusiems su žmogaus ligų vystymusi ar suteikia bakterijoms atsparumą antibiotikams / nespecifiniams antibakteriniams organizmo veiksniams, analizė;
  • mažųjų RNR žymenų paieška ligų prevencijai ir diagnostikai.

E Kurausko foto 0075


Publikacijos

2017 m. 

Staševskij Z., Gibas P., Gordevičius J., Kriukienė E., Klimašauskas S. Tethered Oligonucleotide-Primed sequencing, TOP-seq: a high resolution economical approach for DNA epigenome profiling. Molecular Cell 2017, 65(3): 554–564.

Osipenko A., Plotnikova A., Nainytė M., Masevičius V., Klimašauskas S., Vilkaitis G. Oligonucleotide-Addressed Covalent 3’-Terminal Derivatization of Small RNA Strands for Enrichment and Visualization. Angewandte Chemie Int. Ed. 2017, 56(23): 6507–6510.

Daniūnaitė K., Dubikaitytė M., Gibas P., Bakavičius A., Lazutka J.R., Ulys A., Jankevičius F., Jarmalaitė S. Human Molecular Genetics 2017, 26(13): 2451–2461.

Tomkuvienė M., Ličytė J., Olendraitė I., Liutkevičiūtė Z., Clouet-d’Orval B., Klimašauskas S. Archaeal fibrillarin-NOP5 heterodimer 2’-O-methylates RNA independently of the C/D guide RNP particle. RNA. 2017, 23:1329–1337.

Stankevičius V., Vasauskas G., Rynkevičienė R., Venius J., Pašukonienė V., Aleknavičius A., Sužiedėlis K. Microenvironment and Dose-Delivery-Dependent Response after Exposure to Ionizing Radiation in Human Colorectal Cancer Cell Lines. Radiation. Research 2017, 188(3): 291–302.

Stankevičius V., Kunigėnas L., Stankūnas E., Kuodytė K., Strainienė E., Cicėnas J., Samalavičius N.E., Sužiedėlis K. The expression of cancer stem cell markers in human colorectal carcinoma cells in a microenvironment dependent manner. Biochem Biophys Res Commun. 2017, 484(4): 726–733.

2016 m.

Labrie V., Buske O.J., Oh E., Jeremian R., Ptak C., Gasiunas G., Maleckas A., Petereit R., Zvirbliene A., Adamonis K., Kriukienė E., Koncevičius K., Gordevičius J., Nair A., Zhang A., Ebrahimi A., Oh G., Siksnys V., Kupcinskas L., Brudno M., Petronis A. Lactase nonpersistence is directed by DNA-variation-dependent epigenetic aging. Nature Structural & Molecular Biology. 2016, 23: 566–573. doi:10.1038/nsmb.3227.

Esyunina D., Turtola M., Pupov D., Bass I., Klimašauskas S., Belogurov G., Kulbachinskiy A. Lineage-specific variations in the trigger loop modulate RNA proofreading by bacterial RNA polymerases. Nucleic Acids Research 2016, 44(3): 1298–1308.

Butkyte S., Ciupas L., Jakubauskiene E., Vilys L., Mocevicius P., Kanopka A., Vilkaitis G. Splicing-dependent expression of microRNAs of mirtron origin in human digestive and excretory system cancer cells. Clinical Epigenetics. 2016, 8(33): DOI 10.1186/s13148-016-0200-y.

Myrianthopoulos V., Cartron P.F., Liutkeviciute Z., Klimašauskas S., Matulis D., Bronner C., Martinet N., Mikros E. Tandem virtual screening targeting the SRA domain of UHRF1 identifies a novel chemical tool modulating DNA methylation. Eur J Med Chem. 2016, 114: 390–396.

Stankevicius V., Vasauskas G., Bulotiene D., Butkyte S., Jarmalaite S., Rotomskis R., Suziedelis K. Gene and miRNA expression signature of Lewis lung carcinoma LLC1 cells in extracellular matrix enriched microenvironment. BMC Cancer. 2016, 16(1): DOI: 10.1186/s12885-016-2825-9.

Tomkuviene M., Kriukiene E., Klimašauskas S. DNA Labeling Using DNA Methyltransferases. Advances in Experimental Medicine and Biology. 2016, 945: 511–535.

Masevičius V., Nainytė M., Klimašauskas S. Synthesis of S-adenosyl-L-methionine analogs with extended transferable groups for methyltransferase-directed labeling of DNA and RNA. Curr Protoc Nucleic Acid Chem. 2016, 64: 1.36.1-1.36.13.


Projektai ir bendradarbiavimas

ERC advanced grant

„Single-cell temporal tracking of epigenetic DNA marks“, 2017–2021 m.

Mokslininkų kvalifikacijos tobulinimas vykdant aukšto lygio MTEP projektus

„Vienos molekulės TOP-seq - inovatyvi technologinė platforma ankstyvai neinvazinei vėžio ir kitų epigenetinių susirgimų diagnostikai“, 2018–2022 m.

LMT mokslininkų iniciatyva parengti projektai

„Mažųjų nekoduojančių RNR, reguliuojančių Gram-teigiamų pienarūgščių bakterijų atsaką į antimikrobinių veiksnių poveikį, nustatymas ir analizė", 2015–2018 m.

„Vienos ląstelės technologija genominio DNR modifikavimo tyrimui ir neuroblastomos epigenetinio heterogeniškumo analizė“, 2017–2020 m.

„Šviesai jautrios selektyvios grupės biosintetinių baltymų manipuliavimui“, 2017–2020 m.

Nacionalinės mokslo programos „Sveikas senėjimas“ projektai

„Nauji žymenys storosios žarnos vėžio individualizuotai terapijai: proteomika, mikroRNRomika, klinika“, 2015–2018 m.

„Amžinis aortos remodeliavimasis ir kylančiosios aortos dilatacinė patologija: epigenetinių biožymenų paieška“, 2016–2018 m.


Darbuotojai

 

E Kurausko foto 0054

 

Skyriaus vadovas prof. Saulius Klimašauskas
Tel. nr. 852234350
El. p.

 

Stasė Gasiulė
jaunesnioji mokslo darbuotoja
9418


Dr. Juozas Gordevičius
mokslo darbuotojas
852109730
 
Dr. Edita Kriukienė
vyresnioji mokslo darbuotoja
852234351
 
Janina Ličytė
jaunesnioji mokslo darbuotoja, chemikė tyrėja
9419

Dr. Viktoras Masevičius
vyriausiasis mokslo darbuotojas
852234530

Milda Mickutė
jaunesnioji mokslo darbuotoja
9418

Aleksandr Osipenko
jaunesnysis mokslo darbuotojas
852234373

Dr. Rasa Rakauskaitė
vyresnioji mokslo darbuotoja
9421

Audronė Rukšėnaitė
chemikė tyrėja
852234373

Dr. Vaidotas Stankevičius
mokslo darbuotojas
Zdislav Staševskij
jaunesnysis mokslo darbuotojas
852234352
Dr. Miglė Tomkuvienė
mokslo darbuotoja
9419
Giedrė Urbanavičiūtė
jaunesnioji mokslo darbuotoja
9421
Dr. Giedrius Vilkaitis
vyriausiasis mokslo darbuotojas
852234372
 

 

 

Doktorantai:

Milda Rudytė ()

Povilas Gibas ()