Sidebar

Biotermodinamikos ir vaistų tyrimų skyrius


Tyrimų kryptys

Pagrindinė mūsų skyriaus darbų kryptis yra priešvėžinių vaistų kūrimas, naudojant struktūrinės biotermodinamikos metodus. Tyrimams pasirinkome žmogaus karboanhidrazių ir žmogaus šaperonų (pirmiausia Hsp90) baltymų šeimas. Šiems baltymams ieškome galimų inhibitorių – naujų mažos molekulinės masės junginių. Šios naujos molekulės projektuojamos kompiuteriu, po to sintetinamos organinės chemijos specialistų. Vėliau biofizikiniais metodais tiriamas jų slopiklinis poveikis.

Skyriuje naudojame ir vystome naujoviškus tyrimo metodus ir termodinaminį požiūrį į baltymų-ligandų sąveiką. Šalia laisvosios Gibso energijos, entalpijos, entropijos ir šiluminės talpos, tiriame baltymo-ligando molekulių tūrio pokyčius bei spūdumą.

Skyriuje pasitelkinat molekulinį modeliavimą kuriami žmogaus fermentų slopikliai kaip potencialūs priešvėžiniai vaistai. Jų veiksmingumas įvertinamas struktūrinės biotermodinamikos bei ląstelės biologijos metodais.

Plačiau apie skyrių.


Publikacijos

2017 m. 

Zubrienė A., Smirnov A., Dudutienė V., Timm D.D., Matulienė J., Michailovienė V., Zakšauskas A., Manakova E., Gražulis S., Matulis D. Intrinsic Thermodynamics and Structures of 2,4- and 3,4-Substituted Fluorinated Benzenesulfonamides Binding to Carbonic Anhydrases. ChemMedChem. 2016, 12(2): 161–176. DOI: 10.1002/cmdc.201600509.

Zhang H., Liu D., Wang L., Liu Z., Wu R., Janonienė A., Ma M., Pan G., Baranauskienė L., Zhang L., Cui W., Petrikaitė V19., Matulis D., Zhao H., Pan J., Santos H.A. Microfluidic Encapsulation of Prickly Zinc-Doped Copper Oxide Nanoparticles with VD1142 Modified Spermine Acetalated Dextran for Efficient Cancer Therapy. Healthc. Mater. 2017, 6(11): doi: 10.1002/adhm.201601406.

Veteikytė A., Šiekštelė R., Tvaska B., Matijošytė I. Sequential application of waste whey as a medium component for Klyuveromyces lactis cultivation and a co-feeder for lipase immobilization by CLEA method. Microbiol. Biotechnol. 2017, 101(9): 3617–3626.

Kazokaite J., Aspatwar A., Kairys V., Parkkila P., Matulis D. Fluorinated benzenesulfonamide anticancer inhibitors of carbonic anhydrase IX exhibit lower toxic effects on zebrafish embryonic development than ethoxzolamide. Drug Chem. Toxicol. 2017, 40(3): 309-319. doi.org/10.1080/01480545.2016.1223095. 

Rutkauskas K., Zubrienė A., Tumosienė I., Kantminienė K., Mickevičius V., Matulis D. Benzenesulfonamides bearing pyrrolidinone moiety as inhibitors of carbonic anhydrase IX: synthesis and binding studies. Chem. Res. 2017, 26(1): 235-246.

Liu Z., Balasubramanian V., Bhat C., Vahermo M., Mäkilä E., Kemell M., Fontana F., Janoniene A., Petrikaite V20., Salonen J., Yli-Kauhaluoma J., Hirvonen J., Zhang H., Santos H.A. Quercetin-based Modified Porous Silicon Nanoparticles for Enhanced Inhibition of Doxorubicin-Resistant Cancer Cells. Healthcare Mater. 2017, 6(3): 10.1002/adhm.201601009.

Kazlauskas E., Brukštus A., Petrikas H., Petrikaitė V., Čikotienė I., Matulis D. Improving the Hsp90 Inhibitors Containing 4-(2,4-Dihydroxyphenyl)-1,2,3- thiadiazole Scaffold: Synthesis, Affinity and Effect on Cancer Cells. Anticancer Agents Med Chem. 2017. vol. 17. doi: 10.2174/1871520617666170213121718. 

Iashchishyn I.A., Šulskis D., Ngoc M.N., Smirnovas V., Morozova-Roche L.A. Finke−Watzky Two-Step Nucleation−Autocatalysis Model of S100A9 Amyloid Formation: Protein Misfolding as “Nucleation” Event. ACS Chem. Neurosci. 2017, doi: 10.1021/acschemneuro.7b00251. 

19 2 afiliacijos: kartu su Farmacijos fakultetu, Lietuvos sveikatos mokslų universitetas

20 2 afiliacijos: kartu su Farmacijos fakultetu, Lietuvos sveikatos mokslų universitetas

Smirnovienė J., Smirnovas V., Matulis D. Picomolar inhibitors of carbonic anhydrase: Importance of inhibition and binding assays. Biochem. 2017, 522:61-72.

Baranauskienė L., Matulis D. Herbicide oryzalin inhibits human carbonic anhydrases in vitroBiochem. Mol. Toxicol. 2017, 31(6). doi: 10.1002/jbt.21894.

Janonienė A21., Liu Z., Baranauskienė L., Mäkilä E., Ma M., Salonen J., Hirvonen J., Zhang H., Petrikaitė V22., Santos H.A. A Versatile Carbonic Anhydrase IX Targeting Ligand-Functionalized Porous Silicon Nanoplatform for Dual Hypoxia Cancer Therapy and Imaging. ACS Appl. Mater Interfaces. 2017, 9(16): 13976-13987. doi: 10.1021/acsami.7b04038.

Costa F.A., Scullin C., Al‐Taani G., Hawwa A.F., Anderson C., Bezverhni Z., Binakaj Z., Cordina M., Foulon V., Garcia de Bikuña B., de Gier H., Granås A.G., Grinstova O., Griese‐Mammen N., Grincevičius J., Grincevičienė Š., Kaae S., Kubilienė L., Mariño E.L., Martins S., Modamio P., Nadin G., Nørgaard L.S., Obarcanin E., Tadic I., Tasic L., McElnay J.C., Hersberger K.E., Westerlund T. Provision of pharmaceutical care by community pharmacists across Europe: Is it developing and spreading? Eval. Clin. Pract. 2017, 1-12. doi: 10.1111/jep.12783.

Donders G.G.G., Bellen G., Grincevičienė Š23., Ruban K., Vieira-Baptista P. Aerobic vaginitis: no longer a stranger. Microbiol. 2017, pii: S0923-2508(17)30086-4. doi: 10.1016/j.resmic.2017.04.004. 

Grincevičienė Š., Bellen G., Ruban K., Donders G. Non-response to fluconazole maintenance treatment (ReCiDiF regimen) for recurrent vulvovaginal candidosis is not related to impaired glucose metabolism. Mycoses. 2017, 60(8):546-551. doi: 10.1111/myc.12626. 

Čapkauskaitė E., Linkuvienė V., Smirnov A., Milinavičiūtė G., Timm D.D., Kasiliauskaitė A., Manakova E., Gražulis S., Matulis D. Combinatorial Design of Isoform-Selective N-Alkylated Benzimidazole-Based Inhibitors of Carbonic Anhydrases. Chemistryselect. 2017, 2(19): 5360-5371. doi: 10.1002/slct.201700531.

Pudžiuvelytė L., Stankevičius M., Maruška A., Petrikaitė V24., Ragažinskienė O., Drakšienė G., Bernatonienė J. Chemical composition and anticancer activity of Elsholtzia ciliata essential oils and extracts prepared by different methods. Industrial Crops & Products. 2017, 107: 90–96.

21 2 afiliacijos: kartu su Farmacijos fakultetu Helsinkio universitetas

22 2 afiliacijos: kartu su Farmacijos fakultetu, Lietuvos sveikatos mokslų universitetas

23 2 afiliacijos: kartu su Femicare vzw, Tienen, Belgija

24 2 afiliacijos: kartu su Farmacijos fakultetu, Lietuvos sveikatos mokslų universitetas

Vaškevičienė I., Paketurytė V., Zubrienė A., Kantminienė K., Mickevičius V., Matulis D. N-Sulfamoylphenyl- and N-sulfamoylphenyl-N-thiazolyl-b-alanines and their derivatives as inhibitors of human carbonic anhydrases. Bioorg Chem. 2017, 75: 16–29. 

Mickevičiūtė A., Timm D.D., Gedgaudas M., Linkuvienė V., Chen Z., Waheed A., Michailovienė V., Zubrienė A., Smirnov A., Čapkauskaitė E., Baranauskienė L., Jachno J., Revuckienė J., Manakova E., Gražulis S., Matulienė J., Di Cera E., Sly W.S., Matulis D. Intrinsic thermodynamics of high affinity inhibitor binding to recombinant human carbonic anhydrase IV. Eur Biophys J. 2017, DOI 10.1007/s00249-017-1256-0.


Projektai ir bendradarbiavimas

Bendradarbiaujame su:

Medicinos technologijos institutu, Tamperės universitetas, Suomija.
Florencijos universitetu, Italija.
Tarptautiniu molekulinės ir ląstelės biologijos institutu, Varšuva, Lenkija.
Pharmaceutical Research and Development, L.L.C., Johnson & Johnson, JAV.
Struktūrinės biochemijos centru, Montpeljė, Prancūzija.
Organinės sintezės institutu, Ryga, Latvija.
Organinės chemijos institutu, Tubingeno universitetas, Vokietija.
Madeiros chemijos centru, Madeiros universitetas, Portugalija.
Vėžio tyrimų centru, Edinburgo universitetas, Jungtinė Karalystė. 
Bristolio universitetu, Jungtinė Karalystė.
Chemijos ir geomokslų fakultetu, Vilniaus universitetas, Lietuva. 
VU GMC Biochemijos institutu, Lietuva.
Lietuvos žemės ūkio universitetu, Lietuva.
AB „Amilina“, Panevėžys, Lietuva.

Amiloidų tyrimo grupė

SMIRNOVAS amiloidai

Grupės vadovas dr. Vytautas Smirnovas
Tel. nr. 867069929
El. p.  

Amiloidinės baltymų struktūros siejamos su neurodegeneracinėmis ligomis (Alzheimerio ir Parkinsono ligos), skirtingomis amiloidozėmis ir net antrojo tipo diabetu. Infektyviųjų baltymų – prionų – struktūra taip pat amiloidinė (ar panaši į ją). Bandome išsiaiškinti baltymų amiloidinės agregacijos mechanizmus, tikriname įvairių aplinkos faktorių poveikį agregacijos procesui ir amiloidinių fibrilių struktūrai, ieškome junginių, galinčių sulėtinti ar sustabdyti baltymų agregaciją. Mus ypač domina amiloidinių agregatų savireplikacijos principai, nes manome, kad šis procesas yra baltyminės infekcijos pagrindas.


Pagrindinė grupės varomoji jėga – savanoriai studentai.
Šiuo metu grupėje dirba:
Tomas Šneideris – doktorantas, VU biochemija, 3 kursas
Mantas Žiaunys – magistrantas, VU biochemija, 2 kursas
Dovilė Skujienė – magistrantė, VDU molekulinė biologija ir biotechnologijos, 2 kursas
Greta Musteikytė – magistrantė, VGTU bioinžinerija, 1 kursas
Andrius Sakalauskas – magistrantas, VU biochemija, 1 kursas
Romuald Stanilko – VGTU bioinžinerija, 4 kursas
Elžbieta Kulicka – VGTU bioinžinerija, 4 kursas
Karina Sluckaitė – VU molekulinė biologija, 4 kursas
Izabelė Šuikaitė – VU biofizika, 4 kursas
Mai Nguyen Ngoc – VU biochemija, 4 kursas
Ieva Lubytė – VU biochemija, 3 kursas
Irmantas Rokaitis – VU biochemija, 3 kursas
Jei esi 1–2 kurso studentas ir labai norėtum padirbėti su amiloidiniais baltymais, parašyk ar užsuk į C303 kab. Trečiakursiams ir vyresniems studentams vietų šiuo metu neturime.

Publikacijos

Studentų darbai


Darbuotojai

BDD

Skyriaus vedėjas prof. Daumantas Matulis
Tel. nr. 852234364
El. p.  

 

Dr. Vytautas Petrauskas
vyresnysis mokslo darbuotojas
852239408
Dr. Vaida Linkuvienė
jaunesnioji mokslo darbuotoja
852239408
 
Dalia Širvinskė
inžinierė tyrėja
852239408
 
Jelena Jachno
jaunesnioji mokslo darbuotoja
852239409
 

Dr. Jurgita Matulienė
vyresnioji mokslo darbuotoja
852239409
 

Dr. Vaida Juozapaitienė
jaunesnioji mokslo darbuotoja
852239409
 

Joana Smirnovienė
doktorantė
852239410
 

Vaida Paketurytė
laborantė
852239410
 

 

Leokadija Davidian
laborantė  
852239410

Dr. Švitrigailė Grincevičienė
jaunesnioji mokslo darbuotoja
852239410
 

Darius Lingė
informacinių sistemų inžinierius
852239411
 
Aurelija Mickevičiūtė
biologė tyrėja
852239411
 

Vilma Michailovienė
jaunesnioji mokslo darbuotoja
852239411
 

Dr. Asta Zubrienė
vyresnioji mokslo darbuotoja
852239412

 
Dr. Egidijus Kazlauskas 
mokslo darbuotojas
852239412
 

Dr. Lina Baranauskienė
mokslo darbuotoja
852239412
 

Dr. Virginija Dudutienė 
mokslo darbuotoja
852239413
 
Audrius Zakšauskas 
jaunesnysis mokslo darbuotojas 
852239413
 
Dr. Edita Čapkauskaitė 
mokslo darbuotoja
852239413
Dr. Vilma Petrikaitė
vyresnioji mokslo darbuotoja
852239416
Agnė Janonienė
biologė tyrėja
852239416
Justina Kazokaitė 
jaunesnioji mokslo darbuotoja
852239416
 

Alexey Smirnov
biologas tyrėjas 
852239424
 
Dr. Vytautas Smirnovas 
vyresnysis mokslo darbuotojas
852239420, 852234362
 
Tomas Šneideris
jaunesnysis mokslo darbuotojas
852239407
 
Mantas Žiaunys
laborantas
852239407

Greta Musteikytė
laborantė
852239407