Sidebar

Bioinformatikos skyrius

Tyrimų kryptys

Daugiausia dirbame su baltymų amino rūgščių sekomis ir jų erdvinėmis struktūromis. Pagrindinės mūsų mokslinių tyrimų kryptys:

Metodų kūrimas. Siekiame patobulinti kompiuterinius metodus, skirtus baltymų sekų giminingumo nustatymui ir jų palyginimui, baltymų erdvinių struktūrų modeliavimui ir šių struktūrų patikimumo vertinimui.

Kompiuterinių metodų taikymas konkrečioms biologinėms problemoms spręsti. Vienas dažniausiai pasitaikančių uždavinių yra baltymų ar jų kompleksų erdvinių struktūrų bei sąveikų charakterizavimas. Nors  naudojame kompiuterinius metodus įvairiems baltymams charakterizuoti, tačiau daugiausia dėmesio skiriame baltymams / baltymų kompleksams, dalyvaujantiems DNR metabolizmo procesuose, tarkime, DNR replikacija, rekombinacija ir reparacija. Šių tyrimų tikslas yra suprasti struktūrines, funkcines baltymų savybes, pasiūlyti molekulinius baltymų veikimo mechanizmus, nusakyti ar įvertinti molekulines sąveikas. Tokie rezultatai būna ypač naudingi, jei juos galima nesunkiai patikrinti atliekant vieną ar kitą laboratorinį eksperimentą. Dauguma šios krypties  darbų atliekame glaudžiai bendradarbiaudami su eksperimentatoriais tiek iš Lietuvos, tiek iš už jos ribų.

Publikacijos

2017 m.

Dapkūnas J, Olechnovič K, Venclovas Č. (2017) Modeling of protein complexes in CAPRI round 37 using template-based approach combined with model selection. Proteins, doi: 10.1002/prot.25378

Kazlauskiene M, Kostiuk G, Venclovas Č, Tamulaitis G, Siksnys V. (2017) A cyclic oligonucleotide signaling pathway in type III CRISPR-Cas systems. Science, 357(6351):605-609

Olechnovič K, Venclovas Č. (2017) VoroMQA: Assessment of protein structure quality using interatomic contact areas. Proteins, 85(6):1131-1145

Shemesh K, Sebesta M, Pacesa M, Sau S, Bronstein A, Parnas O, Liefshitz B, Venclovas Č, Krejci L, Kupiec M. (2017) A structure-function analysis of the yeast Elg1 protein reveals the importance of PCNA unloading in genome stability maintenance. Nucleic Acids Res, 45(6):3189-3203

Dapkūnas J, Timinskas A, Olechnovič K, Margelevičius M, Dičiūnas R, Venclovas Č. (2017) The PPI3D web server for searching, analyzing and modeling protein-protein interactions in the context of 3D structures. Bioinformatics, 33(6):935-937

Tamulaitis G, Venclovas Č, Siksnys V. (2017) Type III CRISPR-Cas immunity: major differences brushed aside. Trends Microbiol, 25:49-61

2016 m.

Venclovas Č. (2016) Structure of Csm2 elucidates the relationship between small subunits of CRISPR-Cas effector complexes. FEBS Lett, 590:1521-9

Kazlauskas D, Krupovic M, Venclovas Č. (2016) The logic of DNA replication in double-stranded DNA viruses: insights from global analysis of viral genomes. Nucleic Acids Res, 44:4551-64

Kazlauskiene M, Tamulaitis G, Kostiuk G, Venclovas Č, Siksnys V. (2016) Spatiotemporal control of Type III-A CRISPR-Cas immunity: coupling DNA degradation with the target RNA recognition. Mol Cell, 62:295-306

 

Darbuotojai

 

Skyriaus vedėjas dr. Česlovas Venclovas
Tel. nr. 852234368
El. p.

 

Dr. Justas Dapkūnas
mokslo darbuotojas
9446


Rytis Dičiūnas
inžinierius tyrėjas
9443

Dr. Mindaugas Margelevičius
mokslo darbuotojas
9442

Dr. Darius Kazlauskas
mokslo darbuotojas
9444

Dr. Visvaldas Kairys
vyresnysis mokslo darbuotojas
9441

Dr. Kliment Olechnovič
mokslo darbuotojas
9447

Dr. Albertas Timinskas
mokslo darbuotojas
9445

Kęstutis Timinskas
inžinierius tyrėjas
9447 
 

 



Doktorantai:

Aurimas Nausėdas ()

Studentai:

Justina Jankauskaitė