Sidebar

Botanikos ir genetikos katedra

Apie

daniunaite 2crop

Katedra kuruoja genetikos I ir II pakopų studijų programas, dalyvauja vykdant visas GMC biomedicininės krypties studijų programas, taip pat vykdant kitų fakuletų studijų programas – chemijos ir geomokslų (biochemija), medicinos (farmacija, sistemų biologija, medicininė genetika) ir matematikos ir informatikos (bioinformatika).

Botanikos, algologijos ir mikologijos tyrimų grupė

2017 06 08 Dieveniskiu IRP

Tyrimų tikslai

Tirti:

sausumos ir vandens ekosistemų augalų, dumblių, kerpių ir grybų įvairovę, populiacijas ir bendrijas, jų organizacijos, būklės ir kaitos dėsningumus;

įvairių sistematinių grupių augalų, dumblių, kerpių ir grybų taksonomiją;

dumblių biotechnologinio pritaikymo galimybes;

Vilniaus universiteto Herbariumo rinkinių (kolekcijų) formavimo istoriografijos aspektus ir augalų, dumblių, grybų bei kerpių herbariumo pavyzdžių sistematinę priklausomybę šiuolaikiniais tyrimo metodais.

Pagrindiniai  naudojami metodai

Taikomi įvairūs lauko tyrimų metodai, šviesinė ir skenuojanti mikroskopija, gyvų organizmų kultūrų auginimas, organizmų identifikavimas, botanikos istoriografija, etnobotanika.

Tyrimams naudojami stereoskopiniai ir šviesiniai mikroskopai su vaizdų dokumentavimo sistemomis, mikrotomas, organizmų auginimo įranga (laminaras, inkubavimo spintos), herbariumo kolekcijų paruošimo (džiovyklos, gilaus šaldymo šaldiklis ir kt.) ir saugojimo (kontroliuojamo klimato patalpos, mobilios ir stacionarios saugojimo spintos ir kt.) įranga.

grybai

Pagrindinės publikacijos

Rimgailė-Voicik R, Naujalis JR. Presence of Juvenile Club Moss (Lycopodiaceae) Sporophytes and Gametophytes in Relation to Vegetation Cover in Dry Pine Forests. American Fern Journal. 2016; 106(4):242-57 (IF=0,857; Q3)

Motiejūnaitė J, Adamonytė G, Iršėnaitė R, Juzėnas S, Kasparavičius J, Kutorga E, Markovskaja S. Early fungal community succession following crown fire in Pinus mugo stands and surface fire in Pinus sylvestris stands. European Journal of Forest Research. 2014; 133:745-56 (IF=2,218; Q1)

Dementjev A., Kostkevičienė J. Applying the method of Coherent Anti-stokes Raman microscopy for imaging of carotenoids in microalgae and cyanobacteria. Journal of Raman Spectroscopy. 2013; 44(7):973-9 (IF=2,969; Q1)

Kutorga E, Adamonytė G, Iršėnaitė R, JuzėnasS, Kasparavičius J, Markovskaja S, Motiejūnaitė J, Treigienė A. Wildfire and post-fire management effects on early fungal succession in Pinus mugo plantations, located in Curonian Spit (Lithuania). Geoderma. 2012; 191;70-9 (IF=4,163; Q1)

Augalų genetikos tyrimų grupė

prof. emeritas V. Rančelis, prof. D. Žvingila

19.Tradesk

Atliekamų tyrimų reikšmė

Augalų genomų kintamumo ir populiacijų raidos tyrimai (aplinkos genotoksiškumo tyrimai naudojant augalų test-sistemas (Vicia faba, Tradescantia klono #4430), genetinės įvairovės nykimo priežasčių nustatymas, invazinių rūšių genetikos,  augalų atsparumo ligoms mechanizmų, žiedo morfogenezės tyrimai panaudojant Hordeum homeozinius viengubus ir dvigubus mutantus, molekulinių žymenų, tinkamų selekcijai, paieška ir kt.) yra svarbūs teoriniu ir taikomuoju aspektais, nes leidžia įvertinti gyvenamosios aplinkos ekologinę būklę, teikia medžiagą veislių kūrimui ir gerinimui, o taip pat yra svarbūs molekulinei taksonomijai.

Pagrindiniai  naudojami metodai

Naudojami įvairūs molekulinės genetikos metodai (DNR sekoskaita, įvairios DNR ir biocheminių žymenų sistemos, diferencinis vaizdinimas, citogenetinė analizė, augalų ląstelių kultūros, statistiniai ir bioinformaciniai metodai rezultatams apdoroti).

Pagrindinės publikacijos

Butkuvienė J, Sinkevičienė Z, Naugžemys D, Patamsytė J, Žvingila D. Genetic diversity of Batrachium (Ranunculaceae) species reveals the necessity of their protection in Lithuanian rivers. Aquatic Botany. 2017; 142:61-70 (IF=1,714; Q2)

Šiukšta R, Vaitkūnienė V, Kaselytė G, Okockytė V, Žukauskaitė J, Žvingila D, Rančelis V. Inherited phenotype instability of inflorescence and floral organ development in homeotic barley double mutants and its specific modification by auxin inhibitors and 2,4-D. Annals of Botany. 2015; 115: 651-63 (IF=4,041; Q1)

Rancelis V, Cesniene T, Kleizaite V, Zvingila D, Balciuniene L. Influence of cobalt uptake into Vicia faba seeds on chlorophyll morphosis induction, SOD polymorphism and DNA methylation. Environmental Toxicology. 2012; 27(1):32-41 (IF=2,937; Q2)

Rancelis V, Cesniene T, Zvingila D, Barysas D, Balciuniene L, Dapkuniene S. Polymorphism of response to cobalt excess in individual Vicia faba plants. Environmental and Experimental Botany. 2006; 55:221-34 (IF=4,369; Q1)

Kleizaite V., Cesniene T., Rancelis V. The use of cobalt-induced chlorophyll morphoses for studying Co2+ interactions with cysteine and SOD. Plant Science. 2004; 167:1249-56 (IF=3,437; Q1)

Luoke 100mkMx100 5 

Genotoksikologijos tyrimų grupė

prof. J. Lazutka, prof. G. Slapšytė

Atliekamų tyrimų reikšmė

Genotoksiškumas – aplinkos ir endogeninių veiksnių gebėjimas sutrikdyti genomo integralumą ir funkcionalumą. Cheminių medžiagų genotoksinio aktyvumo tyrimai leidžia atrinkti mažiausiai genotoksiškus preparatus, identifikuoti antimutageninių savybių turinčius junginius.

Augalinės kilmės produktų (ekstraktų, eterinių aliejų, iš jų išskirtų veikliųjų medžiagų) tyrimai sudaro prielaidas saugiems maisto priedams atrinkti, jų maksimalioms leistinoms koncentracijoms nustatyti bei vartojimo rizikai įvertinti.

Žmogaus populiacijų citogenetinių tyrimų duomenys panaudoti atliekant bendrą Centrinės Europos kohortos analizę, kurios metu buvo patvirtinta, kad struktūrinės chromosomų pažaidos yra patikimas biologinis žymuo įvertinant susirgimo vėžiu riziką. 

Pagrindiniai  naudojami metodai

Citogenetiniai tyrimo metodai – chromosomų aberacijų, mikrobranduolių, seserinių chromatidžių mainų analizė žmogaus periferinio kraujo limfocituose in vitro ir graužikų kaulų čiulpų ląstelėse in vivo.

Pirminių DNR pažaidų analizė taikant pavienių ląstelių elektroforezės gelyje  (kometos) metodą (žmogaus limfocitai, kiaulės akies ragenos ląstelės, drozofilos neuroblastai).

Genų mutacijų indukcijos tyrimas Ames (Salmonella/mikrosomų) testu.

Somatinių mutacijų ir rekombinacijos Drosophila melanogaster sparnų ląstelėse in vivo metodas.

IMAG0674 jpg

Pagrindinės publikacijos

Kundrotas G, Gasperskaja E, Slapsyte G, Gudleviciene Z, Krasko J, Stumbryte A, Liudkeviciene R. Identity, proliferation capacity, genomic stability and novel senescence markers of mesenchymal stem cells isolated from low volume of human bone marrow. Oncotarget. 2016; 7:10788-802 (IF=5,168; Q1)

Jones N, Ougham H, Thomas H, Pasakinskiene I. Markers and mapping revisited: finding your gene. New Phytologist. 2009; 183(4): 935-966 (IF=7,33; Q1)

Bonassi S, Norppa H, Ceppi M, Stromberg U, Vermeulen R, Znaor A, Cebulska-Wasilewska A, Fabianova E, Fucic A, Gundy S, Hansteen IL, Knudsen LE, Lazutka J, Rossner P, Sram RJ, Boffetta P. Chromosomal aberration frequency in lymphocytes predicts the risk of cancer: results from a pooled cohort study of 22 358 subjects in 11 countries. Carcinogenesis. 2008; 29:1178-83 (IF=5,105; Q1)

Lazutka JR, Mierauskienė J, Slapšytė G, Dedonytė G. Genotoxicity of dill (Anethum graveolens L.), peppermint (Mentha ´ piperita L.) and pine (Pinus sylvestris L.) essential oils in human lymphocytes and Drosophila melanogaster. Food and Chemical Toxicology. 2001; 39:485-92 (IF=3,778; Q1)

Žmogaus genomo tyrimų grupė

prof. S. Jarmalaitė

Atliekamų tyrimų reikšmė

Taikant molekulinės genetikos metodus, siekiama identifikuoti naujus molekulinius žymenis vėžiui diagnozuoti ir / ar prognozuoti ligos eigą bei atsaką į gydymą. Analizuojama įvairios lokalizacijos navikų genominis bei epigenominis profiliai. Tyrimams naudojami onkologinių ligonių naviko audiniai, organizmo skysčiai (kraujas, šlapimas). Siekiama ne tik išsiaiškinti kancerogenezės mechanizmus, daugiažidininių navikų profilius, bet ir sukurti epigenetinius testus, kurie galėtų būti pritaikyti neinvazinei klinikinei diagnostikai.

Atliekami ir vėžinių ląstelių atsparumo vaistams įgyjimo tyrimai, taip pat tiriami žmogaus mezenchiminių kamieninių ląstelių diferenciacijos epigenetiniai mechanizmai.

daniunaite

Pagrindiniai  naudojami metodai

Visuminei analizei pasitelkiamos mikrogardelių ir naujos kartos sekoskaitos technologijos: atliekama konkrečių taikinių DNR metilinimo (kokybinė / kiekybinė metilinimui jautri PGR, HRM, bisulfitinė sekoskaita, pirosekoskaita), hidroksimetilinimo (taikant restrikcijos endonukleazes, oksidacinę bisulfitinę sekoskaitą, TAB-seq), miRNR ir genų raiškos (kPGR) tyrimai, VNP bei mikrosatelitų polimorfizmų analizė.

Laboratorija aprūpinta modernia genetinės analizės įranga: mikrogardelių skeneriu (Agilent Technoligies), didelio našumo ir įprastinėmis realaus laiko PGR sistemomis, naujos kartos sekoskaitos ir pirosekoskaitos sistemomis, kita bazine genetinės laboratorijos įranga.

daniunaite 2

Žmogaus genomo tyrimų grupė aktyviai bendradarbiauja su Nacionaliniu vėžio institutu, Suomijos darbo sąlygų tyrimų institutu (FIOH), Tamperės universiteto Prostatos vėžio tyrimų centru ir kt.

Pagrindinės publikacijos

Demidenko R, Daniunaite K, Bakavicius A, Sabaliauskaite R, Skeberdyte A, Petroska D, Laurinavicius A, Jankevicius F, Lazutka JR, Jarmalaite S. Decreased expression of MT1E is a potential biomarker of prostate cancer progression. Oncotarget. 2017; 8:61709-18 (IF=5,168; Q1)

Daniunaite K, Dubikaityte M, Gibas P, Lazutka JR, Bakavicius A, Ulys A, Jankevicius F, Jarmalaite S. Clinical significance of microRNA host gene promoter methylation in prostate cancer. Hum Mol Genet. 2017; 26(13):2451-61 (IF=5,340; Q1)

Stuopelyte K, Daniunaite K, Bakavicius A, Lazutka JR, Jankevicius F, Jarmalaite S. The utility of urine-circulating miRNAs for detection of prostate cancer. Br J Cancer. 2016; 115(6):707-15 (IF=6,176; Q1)

Daniunaite K, Jarmalaite S Kalinauskaite N, Petroska D, Laurinavicius A, Lazutka JR, and Jankevicius F. Prognostic value of RASSF1 promoter methylation in prostate cancer. Journal Urology. 2014; 192:1-7 (IF=4,360; Q1).

Darbuotojai

Dr. Tatjana Arslanova
vyresnioji specialistė
 

Rima Briškaitė
vyresnioji specialistė, administratorė
Tel. nr. 852398263 
 

Doc. Tatjana Čėsnienė
852398261
 
Dr. Kristina Daniūnaitė
jaunesnioji mokslo darbuotoja, asistentė
852234441
 
Dr. Veronika Dedonytė
mokslo darbuotoja
852398260
 
Nijolė Gudavičienė
vyresnioji specialistė
852398248 
 
Prof. Sonata Jarmalaitė
852193242 
 
Sigitas Juzėnas
lektorius
852234440 
 
Dr. Jūratė Kazlauskaitė
mokslo darbuotoja
852398260
  
Dr. Violeta Kleizaitė 
vyresnioji mokslo darbuotoja
852398248
 
Doc. Jolanta Kostkevičienė
852398254
  

Prof. Ernestas Kutorga
852398251
 

Kotryna Kvederavičiūtė
jaunesnioji asistentė
9438
 
Prof. Juozas Rimantas Lazutka
852398257
 
Audronė Meldžiukienė
lektorė
852398253
Dr. Edita Meškauskaitė 
lektorė
852234440
Doc. Vaidotas Morkūnas 
852398260
 
Prof. Jonas Remigijus Naujalis
852398250
  
Prof. Izolda Pašakinskienė
852193137
 
Dr. Jolanta Patamsytė
mokslo darbuotoja
852234443
 
Dr. Ingrida Prigodina-Lukošienė
asistentė
852398201
Dr. Mindaugas Rasimavičius
jaunesnysis mokslo darbuotojas 
852234355
 
Dr. Radvilė Rimgailė-Voicik 
jaunesnioji mokslo darbuotoja
Tel. nr. 852398253
 
Dr. Jonė Rukšėnienė 
lektorė, jaunesnioji mokslo darbuotoja
852398251 
 
Prof. Gražina Slapšytė
852398258
 
Asta Stapulionytė
vyresnioji specialistė
852398259
 
Kristina Stuopelytė
doktorantė, vyresnioji specialistė
852234442
Šimanskienė Liucija
vyresnioji specialistė
852398259
Dr. Raimondas Šiukšta
asistentas
852193137
Dr. Jūratė Juzė Tupčiauskaitė
vyresnioji specialistė
852398253
 
Dr. Virginija Vaitkūnienė
mokslo darbuotoja
852398248
 
Petras Venckus
lektorius
852398254 
 
Prof. Donatas Žvingila
852398252
Prof. Arvydas Lubys
852602105