Sidebar

Molekulinės mikrobiologijos ir biotechnologijos skyrius

Apie

Milijonai mikroorganizmų rūšių dalyvauja biosferos medžiagų apykaitoje. Dėl žmogaus veiklos į aplinką patenka daugybė gamtai naujų cheminių junginių. Skyriuje tiriama, kaip šie junginiai (piridino, pirazino, hidroksi- ir karboksipiridinų, indolo ir indolino ir kitų dariniai) tiek natūralūs, tiek ksenobiotikai yra skaidomi bakterijose. Taip pat tiriame mikroorganizmų tRNR randamų modifikuotųjų nukleotidų (viozino) biosintezės kelius bei modifikuotųjų bazių ar nukleotidų (2- ir 4-tiouracilo, izocitozino, 2‘-O-metiluridino ir kitų) katabolizmo mikroorganizmuose kelius.

Sukaupėme didelę tokius junginius skaidančių bakterijų kolekciją. Paprastai šie organizmai savo savybėmis labai skiriasi nuo įprastų laboratorinių mikrobų, pvz. Escherichia coli, todėl dažnai, norint tirti metabolinius kelius natūralioje aplinkoje, t.y. laukinio tipo organizme, mums tenka ieškoti specialių genų klonavimo ir raiškos instrumentų, juos patiems adaptuoti ar kurti naujus.

Mes kuriame naujus efektyvius fermentų (oksidoreduktazių, hidrolazių, aminotransferazių ir kitų) atrankos metodus, tam panaudodami unikalius substratus bei tikslingai sukonstruotas bakterijas-šeimininkes. Taip pat sintetiname naujus nukleotidų trifosfatus ir tiriame ar DNR/RNR polimerazės gali naudoti juos kaip substratus.

Skyriuje tiriama gamtoje randamų bakterijų virusų įvairovė, nes tai viena gausiausių organizmų grupių biosferoje, daranti milžinišką įtaką bakterijų populiacijų susiformavimui. Analizuojame ankstyvąsias bakteriofaginės infekcijos stadijas ir galimybes tikslingai pakeisti šeimininko atpažinimą lemiančius antireceptorinius baltymus.

Siekdami fundamentinių tikslų, ieškome galimybių ir praktiškai taikyti sukauptas žinias, pvz., biojutiklių, biokatalizės ar nanotechnologijų srityse. Bandome savitvarkius baltymus (pvz., sinukleiną), bakteriofagų struktūrinius baltymus ir kitus) panaudoti nanostruktūrų konstravimui

Identifikuodami naujus bakteriofagų struktūrinius ir kitus funkcinius baltymus, katabolinius fermentus ir juos koduojančius genus mes prisidedame prie gilesnio supratimo apie biosferos biocheminių virsmų įvairovę bei teisingesnio duomenų anotavimo įvairiuose genų bankuose.

Svarbiausios publikacijos

2018 metai

Ratautas, D., Ramonas, E., Marcinkevičienė, L., Meškys, R. and Kulys, J., 2018. Wiring Gold Nanoparticles and Redox Enzymes: A Self‐Sufficient Nanocatalyst for the Direct Oxidation of Carbohydrates with Molecular Oxygen. ChemCatChem, 10(5), pp.971-974.

Petkevičius, V., Vaitekūnas, J., Stankevičiūtė, J., Gasparavičiūtė, R. and Meškys, R., 2018. Catabolism of 2-hydroxypyridine by Burkholderia sp. MAK1: a five-gene cluster encoded 2-hydroxypyridine 5-monooxygenase HpdABCDE catalyses the first step of biodegradation. Applied and environmental microbiology, pp.AEM-00387.

Mikalkėnas, A., Ravoitytė, B., Tauraitė, D., Servienė, E., Meškys, R. and Serva, S., 2018. Conjugation of phosphonoacetic acid to nucleobase promotes a mechanism-based inhibition. Journal of enzyme inhibition and medicinal chemistry, 33(1), pp.384-389.

Kaliniene, L., Truncaitė, L., Šimoliūnas, E., Zajančkauskaitė, A., Vilkaitytė, M., Kaupinis, A., Skapas, M. and Meškys, R., 2018. Molecular analysis of the low-temperature Escherichia coli phage vB_EcoS_NBD2. Archives of virology, 163(1), pp.105-114.

Aučynaitė, A., Rutkienė, R., Gasparavičiūtė, R., Meškys, R. and Urbonavičius, J., 2018. A gene encoding a DUF523 domain protein is involved in the conversion of 2‐thiouracil into uracil. Environmental microbiology reports, 10(1), pp.49-56.

 

2017 metai

Sadauskas, M., Vaitekūnas, J., Gasparavičiūtė, R. and Meškys, R., 2017. Indole Biodegradation in Acinetobacter sp. Strain O153: Genetic and Biochemical Characterization. Applied and environmental microbiology, 83(19), pp.e01453-17.

Tauraitė, D., Jakubovska, J., Dabužinskaitė, J., Bratchikov, M. and Meškys, R., 2017. Modified Nucleotides as Substrates of Terminal Deoxynucleotidyl Transferase. Molecules, 22(4), p.672.

Kaliniene, L., Šimoliūnas, E., Truncaitė, L., Zajančkauskaitė, A., Nainys, J., Kaupinis, A., Valius, M. and Meškys, R., 2017. Molecular analysis of Arthrobacter myovirus vB_ArtM-ArV1: we blame it on the tail. Journal of Virology, 91(8), pp.e00023-17.

Tetianec, L., Chaleckaja, A., Kulys, J., Janciene, R., Marcinkeviciene, L., Meskiene, R., Stankeviciute, J. and Meskys, R., 2017. Characterization of methylated azopyridine as a potential electron transfer mediator for electroenzymatic systems. Process Biochemistry, 54, pp.41-48.

Dagys, M., Laurynėnas, A., Ratautas, D., Kulys, J., Vidžiūnaitė, R., Talaikis, M., Niaura, G., Marcinkevičienė, L., Meškys, R. and Shleev, S., 2017. Oxygen electroreduction catalysed by laccase wired to gold nanoparticles via the trinuclear copper cluster. , 10(2), pp.498-502.

 

2016 metai

Urbonavičius, J., Rutkienė, R., Lopato, A., Tauraitė, D., Stankevičiūtė, J., Aučynaitė, A., Kaliniene, L., Van Tilbeurgh, H. and Meškys, R., 2016. Evolution of tRNAPhe: imG2 methyltransferases involved in the biosynthesis of wyosine derivatives in Archaea. RNA, 22(12), pp.1871-1883.

Stankevičiūtė, J., Vaitekūnas, J., Petkevičius, V., Gasparavičiūtė, R., Tauraitė, D. and Meškys, R., 2016. Oxyfunctionalization of pyridine derivatives using whole cells of Burkholderia sp. MAK1. Scientific reports, 6.

Vaitekūnas, J., Gasparavičiūtė, R., Rutkienė, R., Tauraitė, D. and Meškys, R., 2016. A 2-Hydroxypyridine Catabolism Pathway in Rhodococcus rhodochrous Strain PY11. Applied and environmental microbiology, 82(4), pp.1264-1273.

 

2015 metai

Stankevičiūtė, J., Kutanovas, S., Rutkienė, R., Tauraitė, D., Striela, R. and Meškys, R., 2015. Ketoreductase TpdE from Rhodococcus jostii TMP1: characterization and application in the synthesis of chiral alcohols. PeerJ, 3, p.e1387.

Povilonienė, S., Časaitė, V., Bukauskas, V., Šetkus, A., Staniulis, J. and Meškys, R., 2015. Functionalization of α-synuclein fibrils. Beilstein journal of nanotechnology, 6, p.124.

 

2014 metai

Urbonavičius, J., Meškys, R. and Grosjean, H., 2014. Biosynthesis of wyosine derivatives in tRNAPhe of Archaea: role of a remarkable bifunctional tRNAPhe: m1G/imG2 methyltransferase. Rna, 20(6), pp.747-753.

Šimoliūnas, E., Kaliniene, L., Stasilo, M., Truncaitė, L., Zajančkauskaitė, A., Staniulis, J., Nainys, J., Kaupinis, A., Valius, M. and Meškys, R., 2014. Isolation and Characterization of vB_ArS-ArV2–First Arthrobacter sp. Infecting Bacteriophage with Completely Sequenced Genome. PloS one, 9(10), p.e111230.

 

2013 metai

Šimoliūnas, E., Kaliniene, L., Truncaitė, L., Zajančkauskaitė, A., Staniulis, J., Kaupinis, A., Ger, M., Valius, M. and Meškys, R., 2013. Klebsiella phage vB_KleM-RaK2—a giant singleton virus of the family Myoviridae. PLoS One, 8(4), p.e60717.

Kutanovas, S., Stankeviciute, J., Urbelis, G., Tauraite, D., Rutkiene, R. and Meskys, R., 2013. Identification and characterization of a tetramethylpyrazine catabolic pathway in Rhodococcus jostii TMP1. Applied and environmental microbiology, 79(12), pp.3649-3657.

Projektai

Dabar vykdomi
 

Naujos provaistų aktyvavimo sistemos vėžio genoterapijoms, (2015 - 2018), dr. J. Urbonavičius.

Finansavimo šaltinis: valstybės užsakomieji tyrimai, pagal programą "Sveikas senėjimas"
Įgyvendinančioji institucija: Lietuvos mokslų taryba.


Pramoninis jūrinių fermentų panaudojimas: inovativi paieška ir raiškos platformos atrankai bei funkcinių jūrinių baltymų įvairovės taikymas (INMARE), (2015 - 2019), dr. R. Meškys

Finansavimo šaltinis: tarptautinė ES programa "Horizon 2020".

 
Pasibaigę
 

Naujų fermentų, dalyvaujančių modifikuotųjų uracilo heterociklinių bazių ir nukleozidų katabolizme, paieška bei tyrimas, (2015 - 2017), dr. J. Urbonavičius.

Finansavimo šaltinis: mokslininkų grupių projektai
Įgyvendinančioji institucija: Lietuvos mokslų taryba.


Proteogenominiai Escherichia coli virulentinių bakteriofagų ankstyvųjų infekcijos stadijų tyrimai, (2014 - 2016), dr. L. Truncaitė.

Finansavimo šaltinis: mokslininkų grupių projektai
Įgyvendinančioji institucija: Lietuvos mokslų taryba.


Keiskis arba mirk: oksidoreduktazių perkonstravimas (CHORD), (2013 - 2015), dr. R. Meškys.

Finansavimo šaltinis: Europos sąjungos investiciniai fondai, pagal priemonę "Parama mokslininkų ir kitų tyrėjų mokslinei veiklai"
Įgyvendinančioji institucija: Lietuvos mokslų taryba.


tRNR modifikavimo keliai – fermentų evoliucijos atspindys, (2012 - 2014), dr. J. Urbonavičius.

Finansavimo šaltinis: mokslininkų grupių projektai
Įgyvendinančioji institucija: Lietuvos mokslų taryba.


Baeyer-Villiger monooksigenazių atrankos ir biosintezės metodų kūrimas, (2012 - 2014), dr. R. Meškys.

Finansavimo šaltinis: mokslininkų grupių projektai
Įgyvendinančioji institucija: Lietuvos mokslų taryba.

 

Darbuotojai

4

Skyriaus vadovas

Dr. Rolandas Meškys
852234386

 

Mokslo darbuotojai

Dr. Vida Časaitė
vyresnioji mokslo darbuotoja
852234397
 
Dr. Daiva Tauraitė
vyresnioji mokslo darbuotoja
852234384
 
Dr. Lidija Truncaitė
vyresnioji mokslo darbuotoja
852234385
 
Dr. Jaunius Urbonavičius
vyresnysis mokslo darbuotojas
852234384
Dr. Renata Gasparavičiūtė
mokslo darbuotoja
852234396
Dr. Laura Kalinienė
mokslo darbuotoja
852234384
Dr. Liucija Marcinkevičienė
mokslo darbuotoja
852234385
Dr. Simona Povilonienė
mokslo darbuotoja
852234397
Dr. Rasa Rutkienė
mokslo darbuotoja
852234398
Dr. Jonita Stankevičiūtė
mokslo darbuotoja
852234397
Dr. Aurelija Zajančkauskaitė
mokslo darbuotoja
852234385
Agota Aučynaitė
jaunesnioji mokslo darbuotoja
852234383
Rita Meškienė
jaunesnioji mokslo darbuotoja
852234398
Dr. Rūta Stanislauskienė
jaunesnioji mokslo darbuotoja
852234398
Dr. Eugenijus Šimoliūnas
jaunesnysis mokslo darbuotojas
852234395
Justas Vaitekūnas
jaunesnysis mokslo darbuotojas
852234396
   

 

Doktorantai

Jevgenija Jakubovska
852234383
 
Arūnas Krikštaponis
Algirdas Noreika
Vytautas Petkevičius
852234383
Mikas Sadauskas
852234395
Nina Urbelienė
852234395
 

 

Darbuotojai

Virginija Dzekevičienė
vyresnioji laborantė
852234399
Lina Juškienė
vyresnioji laborantė
tel:852234399

Nijolė Uždavinienė
laborantė
852234399

Algimantas Krutkis
inžinierius